Лятото протича приятно в дома на Дънфи – Алекс е заминала на доброволческо пътуване, а останалите от семейството релаксират и плуват. Когато тя се връща, настроението бързо се променя. Мич и Кам са се върнали от медения си месец, но Мичъл привиква към работната атмосфера много по-бързо, отколкото все още романтично настроения Камерън. Глория си е поставила за цел да накара Джей да започне да се грижи малко повече за външния си вид.

Семейство Дънфи отива на оглед в колежа Калтех, която Клер намира, че е особено подходящ за Алекс. Освен това е само на 45 минути от тях. Алекс обаче май има нещо друго на ум. Лили решава, че е време за нов семеен портрет, защото тя не присъства на онзи, който виси над камината. Оказва се, че не всички са толкова фотогенични, колкото си мислят. Джей е притеснен дали Глория ще оцени подаръка за годишнината им.

Явно Мич е донесъл някакъв вирус от медения месец и сега той върлува сред семейството. Фил монтира сватбеното видео на Мич и Кам и открива мистериозен гост, за кого иска никой да не разбира каква е истината. Мани е изключително нервен на терена, след като изпуска последните си възможности за гол. Кам смята, че може би трябва да го извади от игра, но се притеснява от реакцията на Джей и Глория. Мич организира среща-играна Лили и приятелката й Сидни.

Семейство Дънфи се мести в тясна хотелска стая, докато домът им се обработва срещу мухъл. Фил решава, че това е възможност с Клеър да прекарат време заедно, но тя и децата са на друго мнение. Глория е на нокти, когато Мани започва да излиза с по-голямо и по-популярно от него момиче. Кам е под напрежение да поддържа нивото на отбора, но когато започва да подозира, че Мичъл им носи лош късмет, не знае какво да прави.

Фил продава съседната къща и двамата с Клеър са ентусиазирани от това да имат интересни нови съседи. Скоро обаче са паникьосани, когато шумни и неприятни хора започват да идват на огледи. Джей забранява на Мани да се вижда с новото си гадже, когато научава, че тя е внучка на най-големият му бизнес съперник. Мич и Кам са решили да спрат Лили от класа на госпожа Планк, защото знаят, че тя ръководи децата с железен юмрук.

Макар Хелуин по принцип да е празникът на Клер, тази година Фил поема инициатива и вместо страшен празник, превръща къщата в Яколандия. Глория избира костюмите на принцеса Фиона и Шрек за себе си и Джей, но той е решил да бъде принца от приказките с всички бонуси към ролята, като например гъста нова коса. Кам не успява да се справи с дневните си задължение, а Мичъл има важно дело, а това, че стенографката е облечена като паяк, не му помага особено.

Фил и Клер не са сигурни дали трябва да са щастливи или притеснени от това, че Хейли и Анди прекарват много време заедно. Скоро обаче разбират, че нещата не са такива, каквито изглеждат. Глория кара Мани да учи испански, а не френски, затова му наема инструктор по испански – Диего. Последният се оказва доста привлекателен за разочарование на Мани и Джей. Мич и Кам се запознават с популярна млада репортерка, която намира нещо интересно в единия от двамата.

Тази година Фил и Люк ще приготвят пуйката за Деня на благодарността, но Клеър няма доверие на готварските им умения и също приготвя пуйка за всеки случай. Джей и Глория планират да изкарат празника на почивка, но пътуването им се отлага в последната минута, а те решават да не казват на останалите. Това става проблем, когато вечерята внезапно се мести в тяхната къща и двамата трябва да се крият в дома си. Мич е уморен вечно да играе лошия, затова кара Кам да се справи с Лили, когато тя отказва да облече хубава рокля за вечерята. Кам достига до нетрадиционно решение.

Когато Алекс казва на Фил и Клеър, че има сериозен приятел, с когото никой от семейството не се познава, те започват да се притесняват, че тя си измисля. Джей и Глория са канени на партита в една и съща вечер, а Джей има хитър план да се измъкне от гостито с Глория. Мани обаче може да развали всичко. Мич и Кам си купуват красив бял див диван. Когато Мич кани колегата си Бренда на гости вечерта, новата им придобивка е заплашена.

Claire and Gloria hang out with Haley on her 21st birthday. Alex, Luke and Manny babysit Lily and she decides to drop the ‘where do babies come from?’ bomb.

A near miss from a crash has everyone in the car either on edge or adopting a new carpe diem mentality.

The Dunphys learn that neighbor wars are not for the faint of heart.

When Phil thinks Luke is giving him the cold shoulder, Andy becomes Phil's new right-hand man. Joe might be allergic to Stella.

Claire believes that Phil could be more into "Juliana" than her. Gloria's sister pays a visit.

Jay shows Manny how to defend himself whilst Mitch and Cam decide to throw Sal a belated baby shower.

Claire does some online snooping that causes drama with the rest of the family.

Claire tackles spring cleaning; Haley tries to distract Alex by taking her to a music festival.

Jay's birthday comes with a number of interesting gifts, including Phil's high-tech outdoor grill, and Claire and Mitchell's offer to pay back some ancient loans—though they don't think he'll actually accept it. Meanwhile, Gloria teaches Manny and Luke a lesson about drinking; and Andy finds himself in an awkward situation when Haley brings her new doctor boyfriend.

Jay agrees to sub in on Cam's bowling team, not knowing it's an all-gay league. Phil and Clair have an unexpectedly nice time with their neighbors. Gloria and Mitch agree to go out with Haley.

Jay and Phil try to stand up for themselves on the home front while Haley attempts it at work.

Alex learns she has to share valedictorian honors with a rival, but the tie could be broken by a 1-mile run for a gym grade neither has completed. Meanwhile, Gloria studies for her U.S. citizenship test, but is distracted by a visit from Javier; and Mitchell and Cameron join a protest against a restaurant where they actually can't wait to dine.

Claire gets a job offer from a big hotel chain, but can't tell if Jay wants her to take it or keep working for him. Meanwhile, Phil, Haley and Luke are more interested in Alex's senior "ditch day" than she is; and Manny is dopey from pain killers after having his wisdom teeth pulled, so Gloria seizes the opportunity to get rid of his new girlfriend.

The sixth season ends with Alex's graduation party at Jay and Gloria's house, but Phil is stuck in Seattle on a business trip, so he uses the latest in technology to be as close as he can get. Meanwhile, Claire worries about Alex's gift, Jay complains that Gloria's cousin has overstayed his welcome, Mitchell keeps the news of his layoff a secret from Cameron, and a visit from Andy's girlfriend turns Haley's world upside down.