Seizoen drie gaat verder waar seizoen twee is geëindigd (de bruiloft van Cece die niet doorging). Nick en Jess besluiten 'all in' te gaan en beginnen een liefdesrelatie. Ze gaan er samen vandoor naar een Mexicaans stadje aan het strand. Maar als Nick in aanraking komt met de politie, schieten Schmidt en Winston hem te hulp. Dat pakt echter alleen maar slechter uit voor Nick. Ondertussen neemt Nick een beslissing over hoe hij verder wil met Cece en Elizabeth, en Winston is geobsedeerd bezig met een puzzel.

Jess en Nick denken dat Schmidt voor Cece heeft gekozen en daarom nodigen ze hen uit om met zijn vieren op dubbeldate te gaan. Als Nick een schokkend geheim ontdekt, moet hij kiezen of hij trouw blijft aan zijn vriend of aan zijn vriendin. Ondertussen wil Winston met de groep gaan eten bij een exclusief restaurant waar je niet kunt reserveren.

Een wraakzuchtige Schmidt richt zich op de relatief gelukkige relatie van Jess en Nick. Ondertussen hoort Winston dat zijn kat Furguson gesteriliseerd moet worden en besluit hij zijn kat nog eenmaal een nacht te gunnen waarin het dier zijn vleselijke lusten kan bevredigen.

Als Nick geld erft van zijn overleden vader, is Jess vastbesloten om iets goeds te doen met het geld. Ze pakt stiekem Nicks doos met ongewenste verantwoordelijkheden - zijn rekeningen. Ondertussen wil Schmidt zijn leven meer zin geven en vraagt hij hulp aan rabbi Feiglin (gastrol Jon Lovitz).

In een poging om haar band met Cece te versterken, organiseert Jess een Halloweenfeestje bij hen thuis. In een poging om Schmidts sombere gedrag te veranderen, besluiten de vrienden hem in de val te laten lopen door zich voor te doen als acteur Michael Keaton, een van zijn idolen uit zijn jeugd. Dan neemt Schmidt een beslissing die de loft voor altijd kan veranderen.

Coach is weer vrijgezel en keert terug naar de loft. Hij wil weer verdergaan waar hij was gebleven toen hij vertrok. Ondertussen hebben Cece en Jess een meidenavondje en ontmoeten ze een knappe vreemdeling.

Een stapel afhaallijsten van een Chinees restaurant voor de deur van de vrienden, zorgt voor een reeks avonturen voor Jess en de jongens die allemaal met elkaar verbonden zijn.

Jess moet een gestreste Schmidt in de loft zien bezig te houden terwijl Coach en Cece voor de eerste keer samen uitgaan. Ondertussen ontmoeten Nick en Winston een montere buschauffeur, terwijl ze op zoek zijn naar een vermiste Furguson.

De overlevingsvaardigheden van de groep worden op de proef gesteld als Jess en Nick ze met Thanksgiving meenemen op kampeeravontuur. Coach en Schmidt strijden om wie de beste buitenman is, terwijl Cece en Winston beiden een afkeer hebben van de natuur, wat een band schept.

Jess heeft 20 minuten om te beslissen of ze wil stoppen met lesgeven en een andere baan wil nemen, waarna de vrienden vertellen hoe zij bij hun huidige baan terecht zijn gekomen.

Jess gaat vol in de aanval om haar vriendschap met Coach te versterken, maar Nick gaat in de verdediging als ze samen kletsen over zijn rivaliserende basketbalteam. Ondertussen krijgt Schmidt de opdracht om iemand in te werken die veel ouder is dan hij, en Winston heeft zijn zinnen gezet op een nieuwe carrière.

Nick wil graag het perfecte verjaardagsfeestje voor Jess organiseren, terwijl Schmidt overuren draait om Cece te helpen met haar nieuwe baan als barvrouw. Winston en Coach doen een wedstrijdje wie het beste kan bakken.

Jess is klaar om de paarse bloemetjes buiten te zetten als zij en Cece toevallig terechtkomen op een feest van muzieklegende Prince (gastrol Prince). Zoiets maak je maar één keer in je leven mee. Nick, Schmidt en Winston willen dit natuurlijk niet missen en proberen op het feest binnen te komen. Dit alles bouwt op naar een onvergetelijk einde. Victoria's Secret-modellen Alessandra Ambrosio en Ana Beatriz Barros en Cy Youn Award-winnaar Clayton Kershaw van de Los Angeles Dodgers spelen ook een gastrol in deze speciale aflevering.

Als Nick op een ongemakkelijk moment zijn ex Caroline tegenkomt, probeert Jess hem ervan te overtuigen dat hij best nog vrienden met haar kan zijn. Ze stelt hem voor aan haar ex-vriendje Berkley. Ondertussen gebruikt Coach de loft van Schmidt om indruk te maken op een meisje met wie hij uit is. Maar alles loopt uit op een catastrofe als Schmidt zelf thuiskomt met een meisje met wie hij graag in bed zou willen belanden.

Het wilde, jongere zusje van Jess, Abby, komt op bezoek en ze zorgt meteen voor chaos in de loft. Ondertussen vraagt Schmidt aan Nick of hij zijn wingman wil zijn als hij een bar mitswa wil gaan verstoren, en Winston en Bertie nodigen mensen uit om te komen eten. Maar dat wordt al gauw ongemakkelijk als alleen Cece en Coach komen opdagen.

Jess raakt in paniek als haar zusje Abby in Los Angeles wil blijven en haar zinnen heeft gezet op een van haar huisgenoten. Ondertussen blijft Winston het maar uitstellen om de uitslag van zijn toelatingstoets voor de LAPD te bekijken.

Als Jess intrekt in Nicks slaapkamer, hebben ze er allebei moeite mee dat ze weinig ruimte voor zichzelf hebben. Ondertussen is Cece bang dat Angie misbruik maakt van Schmidt, terwijl Coach bang is dat Cece hem als een van haar vriendinnen behandelt. Winston heeft het ook moeilijk met zijn fysieke gezondheid.

Jess neemt Coach aan als de nieuwe volleybaltrainer, maar ze moet hem direct ook weer ontslaan. Ondertussen wordt Schmidt aangeklaagd en roept hij de hulp in van Nick en misdaadliefhebber Winston om hem te vertegenwoordigen als hij een verklaring moet afleggen. Cece valt in de smaak bij een veel jongere man.

Jess en Nick komen een aantal waarheden over hun relatie onder ogen, terwijl Schmidt, Winston en Coach hun best doen om opnieuw een goede indruk te maken op hun knappe nieuwe buren. Cece raakt in paniek als ze dronken een berichtje stuurt aan Buster.

De ochtend na de breuk doen Jess en Nick hun best om het geheim te houden voor hun vrienden. Ondertussen wordt Winston toegelaten op de politieacademie en wil hij dat zijn vrienden hem ophemelen.

Jess is bang dat iemand haar eerste middelbareschoolfeest probeert te saboteren en roept de hulp van de groep in om op de grote avond te komen surveilleren.

Jess en Nick vragen of de groep met ze meegaat op een cruise die ze hadden geboekt toen ze nog samen waren. Coach probeert zijn angst voor boten te onderdrukken, Schmidt probeert Cece terug te winnen en Winston probeert de relatie van Jess en Nick te herstellen.