Beckett nyomtalanul eltűnik az első munkanapján, amikor rendőrkapitányként lépne szolgálatba. Castle kétségbeesetten próbál a nyomára bukkanni, ám ez meghaladja a képességeit. Sokként éri a hír, amikor megtudja, hogy Beckett egy indiai származású hackerrel menekül. Csak azt nem érti, hogy Kate mindezt miért csinálja.

Szuper profi bérgyilkos egység vadászik Beckettre, mert egy olyan összeesküvés célpontjává válik, ahol a szálak a CIA legfelsőbb köreibe vezetnek. Ahhoz, hogy mentse a saját és szerettei életét, elő kell csalogatnia azt, aki az összeesküvés szálait mozgatja.

Castle nem tud bele törődni abba, hogy Kate csak úgy elhagyta arra hivatkozva, hogy időre van szüksége. Bármit megtenne, hogy Beckett visszajöjjön hozzá, ennek érdekében még tanácsadók segítségét is elfogadja. Újabb sokként éri, hogy nem dolgozhat együtt a csapattal.

Megölnek egy férfit imádkozás közben. A nyomozás során kiderül, hogy egy beteges hazudozó az áldozat, aki híres írónak, illetve veszélyes bérgyilkosnak egyaránt kiadta magát. A szálak egyre bonyolódnak, miközben az egység tagjainak szembe kell nézniük saját hazugságaikkal is.

Ryan és Esposito nagy izgalommal várják a vizsga eredményét. Beckett egy ellopott Van Gogh festmény és egy holttest ügyében nyomoz. Egyetlen szemtanúja egy fura nő, aki rendkívül érzékeny a szagokra, és bárkit, bárhol azonnal kiszagol. Castle kap az alkalmon, és megpróbálja a nő képességét felhasználni arra, hogy újra elnyerje Beckett kegyeit.

Castle lassan beletörődik abba, hogy a házassága szünetel, és Kate elköltözött. Unalmasnak tűnő életébe váratlanul robban be Slaughter, régi cimborája, aki minden alkalommal csőbe húzza, bajba sodorja és rács mögé juttatja. Ryan és Esposito őszintén aggódnak barátjukért, aki nem is sejti, hogy a nagy dumás Slaughter most is készül valamire, és abban Nicknek egészen rendkívüli szerepet szán.

A két nyomozó, Ryan és Esposito képtelen vita nélkül együtt dolgozni. Esposito nem tudja megbocsátani, hogy társa faron lőtte, méghozzá féltékenységből, miután, vele ellentétben, Ryannek nem sikerült a nagy vizsga. A pszichológus úgy dönt, csak akkor dolgozhatnak tovább együtt, ha találnak egy mediátort, aki teljes munkaidőben elkíséri őket, és elsimítja a vitáikat. Mindketten úgy gondolják, hogy Castle lenne a legjobb személy erre a feladatra.

Castle azt hazudja a családjának, hogy a házassága Beckettel kezd rendbe jönni, miután randiztak. Ám a romantikusnak ígérkező estét megzavarja Beckett titkos társa, aki figyelmezteti Beckettet, hogy nem békülhet ki a férjével, amíg nem zárul le az ügy. Castle sejti, hogy valami sötét titok van a háttérben, és követi feleségét. Ennek köszönhetően egy luxushajón rekednek, ahol mindössze egy órát kapnak a kapitánytól a nyomozásra, mielőtt egy csónakba kitennék őket.

Castle remek ötletnek tartja, hogy ő legyen a titkos fegyver egy titkos akcióban. Kate azonban szeretné, ha férje kimaradna a közös nyomozásokból a biztonsága érdekében. Ezért közös megegyezéssel úgy határoznak, hogy nyilvános helyen folytatják vég nélküli vitáikat. Annyira sikeresen és élvezettel játsszák a szerepüket, hogy kollégáik és családtagjaik őszintén aggódni kezdenek.

Egy partin Castle szemtanúja volt egy gyilkosságnak, és most tanúskodnia kell. Az öt hónappal korábbi eset tárgyalásán váratlanul megjelenik Caleb Brown, mint a vádlott védőügyvédje. Caleb pillanatok alatt sarokba szorítja Nicket, aki végül megbízhatatlan tanúként távozik a tárgyalóteremből. Kate mindent elkövet, hogy segítsen, miután épp Caleb az, aki után titkos nyomozást folytat.

Castle rendkívül lelkes, amikor bevonják egy orosz ügybe. Úgy véli, végre megvan az új regényének a sztorija, ami magát írja. Lelkesedése kissé lelohad, amikor az orosz biztonsági főnökről kiderül, hogy valójában bérgyilkos, akinek titkos küldetése van. Castle hamarosan nem a kísérője, hanem a foglya lesz - Kate legnagyobb rémületére.

Castle remek hírt kap, Stephen King szeretne vele közösen regényt írni. Izgatottan elmegy a találkára, ahol azonban nem az író vár rá. Elveszíti az eszméletét, és egy osztályteremben ébred másik három férfi társaságában. Hamarosan kiderül, hogy Kate és a többiek felesége is fogoly egy hasonló teremben. Bár nem ismerik egymást, össze kell fogniuk, hogy élve megússzák.

Holtan találnak egy illegális bevándorlót, aki körül minden titokzatos. Castle szeretne segíteni a nyomozásban, és bármit megtenne, hogy kilábaljon az írói válságból. Beckett természetesen nem támogatja az ötletet, ám amikor a nyomozás zsákutcába jut, be kell látnia, hogy Castle segítségére szorul. Castle az ügy érdekében örömmel beiratkozik egy nyelviskolába, mint Jean-Luc Delacroix kanadai séf.

Castle Los Angelesbe utazik, hogy kiderítse, mi történt vele, amikor eltűnt. Lánya, Alexis és a fejvadász Haley és is vele utaznak, attól tartva, hogy Castle megint bajba keveredik. Közben meghívást kap a Legnagyobb Detektívek Társaságától, amire egész életében vágyott. Lehetőséget kap arra, hogy a megüresedett hely az övé legyen, amennyiben kinyomoz egy rendkívüli gyilkosságot, méghozzá gyorsabban, mint a tagságra pályázó másik jelölt.

Megölnek egy ifjú kadétot a rendőrakadémián. Beckett, mint tanár visszatér az akadémiára, hogy kinyomozza, ki a tettes. A nyomok alapján úgy tűnik, hogy az elkövető az áldozat osztályában van. Beckettnek 14 gyanúsított között kell megtalálnia a gyilkost. Közben Castle bevallja, hogy már jóval korábban tudott a LokSatről, de Kate védelmében töröltette az emlékeit.

Megölnek egy biztonsági őrt, és a nyomok egy 9 évvel ezelőtti esethez vezetnek vissza. Az ügy azonban bonyolultabb, mint aminek elsőre tűnik, ugyanis kénytelenek kihozni a börtönből a gyönyörű Sonját, Esposito egykori menyasszonyát. Sonja három hónap múlva szabadul, és ő az egyetlen olyan személy, aki be tud épülni a spanyol negyedbe, hogy megtalálják Pörölyt, a hírhedt tolvajt.

Holtan találnak egy fiatal férfit, aki nemrég tért haza Törökországból. A szálak az egzotikus Közel-Keletre vezetnek, egészen Salamon király sírjáig. Castle lelkesen veti bele magát a nyomozásba, annak reményében, hogy megtalálja Aladdin csodalámpását és kívánhat a dzsinntől. A második haláleset után azonban Kate visszatéríti a valóságba, mielőtt neki is nyoma veszne a különös esetben.

Haley elvállal egy akciót régi főnökének, és barátjával, Bryce-szal betörnek egy energetikai céghez, hogy feltelepítsenek egy vírust. Néhány órával később a társát holtan találják meg az épületben. Castle hamar észreveszi, hogy Haley titkol valamit. Amikor London energiaellátásában súlyos kimaradás áll be, Haley bevall mindent. Ám az angol titkos ügynökség biztos benne, hogy Haley összejátszik Wesleyvel, az egykori ügynökkel, akivel több évvel korábban megterveztek egy nagyszabású terrortámadást.

Alan biztonsági ellenőrre holtan találnak a saját otthonában. Néhány óra múlva a férfi magához tér a boncasztalon, és egészségesen távozik. Castle értetlenkedve figyeli a férfit, aki mit sem törődve már másnap dolgozni akar. Léni az idegösszeomlás határára kerül, amikor a szeme láttára a férfi meghal, majd újra feltámad. Castle szerint a férfi halhatatlan, és nyilván hamarosan szuperhőssé válik.

Az elmegyógyintézetbe zárt baltás gyilkos megszökik, és egy hatalmas baltával beront Castle irodájába, majd holtan esik össze. A testére biblikus latin szövegek vannak felfestve, és minden arra utal, hogy rögeszméjévé vált az antikrisztus. Castle több furcsa jelből rájön, hogy a sorozatgyilkos az Ómen című film forgatókönyve szerint ki is választotta már azt a személyt, akivel végeznie kell, mielőtt itt a világvége.

Beckett és Castle nyomon vannak, s úgy tűnik, végre elkapják a LocSatet. Hamarosan azonban rá kell jönniük, hogy csapdába csalták őket. Titkos segítőjük, Caleb Brown holtestét ugyanis megtalálják összeégve egy autóban. Esposito és Ryan csatlakoznak a nyomozáshoz, mellyel magukat is veszélybe sodorják. Castle próbálja menteni a családját, Kate azonban besétál a csapdába.