Het laatste seizoen eindigde met Beckett die worstelde met de vraag of ze een baan in DC moest nemen, een dilemma dat moeilijker werd gemaakt door het feit dat Castle haar ten huwelijk heeft gevraagd. In de seizoen 6 première moeten ze de consequenties overzien en ook nog een grote zaak proberen op te lossen.

Beckett racet tegen de klok om een gestolen gif te vinden dat het mogelijk maakt om tienduizenden mensen te doden. Alsof dat niet erg genoeg is, is Castle besmet geraakt, waardoor hij nog zo'n 24 uur te leven heeft.

Terwijl Beckett nog steeds is D.C. is onderzoeken Castle en de mannen de moord op het voormalig kindsterretje Charlie Reynolds. De zaak veranderd als Beckett en McCord vanuit Washington komen om de zaak over te nemen, wat zorgt voor een competitieve spanning op het bureau.

Een wanhopige jonge moord verdachte Emma Briggs, neemt gijzelaars onder schot en vraagt dan uit het niets dat ze alleen wil onderhandelen met één persoon, Richard Castle.

Een gruwelijk moordonderzoek lijdt naar een verdachte die claimt terug in de tijd te zijn gereisd om gruwelijke gebeurtenis te voorkomen. Een gebeurtenis die de mensheid zou veranderen.

Castle en Beckett onderzoeken de bizarre moord op een jonge vrouw die ritueel is geposeerd.

Alexis vraagt om de hulp van Castle om een ter dood veroordeelde die misschien onterecht is veroordeeld te helpen herbekijken, met nog 72 uur tot de executie.

Wanneer een bekende relatietherapeut is vermoord, lijkt het alsof dit komt door de toegang die ze heeft tot de elitaire en machtige cliënten. Castle en Becket ontdekken echter dat het slachtoffer een bijna uniek object in bezit had, dat miljoenen waard was.

Als Castle en Beckett arriveren bij het plaats delict zijn ze geschokt als blijkt dat het slachtoffer zeer veel lijkt op medisch onderzoeker Lanie Parish.

Voordat hij doodgaat geeft hij een mysterieuze bundel aan de priester. Als die bundel een baby blijkt te zijn moeten Castle en Beckett onverwacht oppassers spelen voor de pasgeborene.

Voordat hij doodgaat geeft hij een mysterieuze bundel aan de priester. Als die bundel een baby blijkt te zijn moeten Castle en Beckett onverwacht oppassers spelen voor de pasgeborene.

The moord op een jonge videotheekeigenaar begint vreemd te worden, wanneer blijkt dat hij in het verleden een zeer goede hacker was.

Wanneer een rijzende jonge popster dood wordt gevonden in een zijweggetje,duiken Castle en Beckett in het controleloze feestbeest leven van het slachtoffer.

De moord van een assistent van een groot modeblad leiden Castle en Beckett naar een web vol wantrouwen en bedrijfspolitiek en een redacteur die Castle's korte tijd als model kan herinneren.

De moord op een hogeschool meisje zorgt ervoor dat Castle terugkomt bij een van zijn vele alma maters.

Wanneer een met schuldgevoel overladen jonge vrouw een moord bekend op een falende acteur, met details die alleen de moordenaar kan weten, denken Beckett en Castle een makkelijke zaak te hebben, totdat ze ontdekken dat zij de dader niet kan zijn. Als een tweede persoon ook ervan overtuigd is schuldig te zijn aan de moord, realiseert het team zich dat deze zaak mysterieuzer is dan ze dachten.

Beckett wordt gerekruteerd om te helpen bij een onderzoek naar verdovende middelen, maar een routinemissie wordt dodelijk als een undercoveroperatie zich ontwikkelt. Om te overleven, moet Beckett een scherp gevecht aangaan tegen enkele van de gevaarlijkste mannen in de onderwereld van New York, waaronder een machtige vijand uit haar verleden.

Castle en Beckett onderzoeken de moord op een Wall Street-handelaar, maar de zaak neemt een schokkende wending wanneer ze ontdekken dat het slachtoffer een undercover-informant was voor de procureur-generaal. Om de zaken nog ingewikkelder te maken, is de betrokken Amerikaanse advocaat Elizabeth Weston, de vervreemde zus van kapitein Gates.

Wanneer bouwvakkers het lichaam vinden van een beruchte New Yorkse gangster die in de jaren zeventig verdween, proberen Beckett en Castle deze drie decennia oude maffia-moord op te lossen. Helaas is hun enige getuige een man die denkt dat het nog steeds de jaren 70 is, dus om te ontdekken wat hij weet, moeten ze in zijn waanidee meespelen en feesten alsof het de laatste dagen van de disco zijn.

Castle en Beckett duiken in de wereld van extreme sporten wanneer een mysterieuze motorrijder een opkomende professionele skateboarder neerschiet.

Een geheim onderzoek uitgevoerd door Beckett in verband met de moord op haar moeder gaat mis wanneer een man die ze onderzoekt wordt vermoord. Wanneer bewijs Beckett met het slachtoffer verbindt, worden zij en Castle het doelwit van een klopjacht die hen beiden in groot gevaar brengt.

De langverwachte bruiloft van Castle en Beckett is bijna hier, maar wanneer een schokkende verrassing de grote dag dreigt te verpesten, worden ze gestuurd op een wilde missie vol gemaskerde mannen, boze motorrijders en een charmante deugniet uit Beckett's verleden .