Le lendemain de leur nuit ensemble, Castle et Beckett se prouvent alors qu'elle n'était pas basée sur un coup de tête quand Martha rentre plus tôt que prévu et interrompt leurs ébats matinaux : Alexis a une gueule de bois au lendemain du bal des diplômes. Castle demande alors à Beckett de se cacher dans le placard ce qui la rend particulièrement de mauvaise humeur.

Ryan, avec la supervision du capitaine Gates, poursuit l'enquête sur Cole Maddox. Sans avertir Victoria, il va demander l'aide de Beckett et de Castle, car il a trouvé une piste. C'est ainsi qu'ils remontent à Michael Smith, le dernier lien qui protégeait Beckett. Malheureusement, Beckett et Castle arrivent trop tard car ils retrouvent Smith dans un sale état et le dossier a été brûlé par Maddox. Juste avant de partir en ambulance, Smith donne un indice important à Castle, ce qui lui permet de trouver le vrai dossier. De son côté, Esposito réussit à découvrir la véritable identité de Cole Maddox. Kate et Richard se rendent dans un immeuble de logements désaffectés pour chercher le véritable dossier. Sur place, ils sont piégés par Maddox qui les enferme dans une salle de bain. Esposito vient à leur rescousse et les libère. Ils se mettent alors à rechercher Maddox, mais celui-ci a trouvé le dossier si important et le prend. Cependant, le dossier étant piégé, Maddox meurt dans l'explosion, le dossier original est aussi détruit.

Plus tard, Castle et Beckett rendent visite à Smith, qui est à l'hôpital. Ce dernier conseille à Beckett de disparaître, comme lui s'apprête à le faire, mais celle-ci refuse. Quelques minutes après leur départ, Castle et Beckett reviennent dans la chambre de Smith afin d'avoir sa coopération dans l'affaire, mais celui-ci est mort d'une mystérieuse crise cardiaque.

À la suite de cela, Ryan apporte à Kate, Castle et Esposito les morceaux du dossier détruit dans l'explosion. L'équipe va assembler des morceaux de papier afin de reconstituer le dossier. C'est ainsi qu'ils vont trouver le nom de l'homme qui a commandité le meurtre de la mère de Kate. Il s'agit de William Bracken, un sénateur qui fait campagne à New York ; à l'époque, celui-ci finançait ses campagnes en prenant sa part dans les rançons des mafieux enlevés par les policiers.

Alors que Castle dormait, Kate se prépare à rencontrer Bracken. Au réveil de Castle, trouvant le lit vide, celui-ci panique à l'idée que Kate commette l'irréparable. Avec l'aide de Ryan et Esposito, ils arrivent à l'hôtel où se trouvent Bracken et Kate. Avant l'arrivée des garçons, Kate passe un marché avec Bracken : s'il lui arrive quelque chose à elle ou à un de ses proches, le dossier deviendra public, ce qui compromettra Bracken.

Enfin, Beckett demande la permission à son chef de reprendre son job de flic. Gates accepte mais Kate doit d'abord terminer sa mise à pied. Castle lui demande alors ce qu'elle veut faire pendant ce temps. Elle lui répond qu'elle trouvera bien quelque chose alors que l'ascenseur se referme.

C'est le premier jour de travail de Kate. Elle avertit Richard qu'elle et lui sont deux célibataires et que personne, au travail, ne doit savoir qu'ils sont en couple. Malheureusement, toute l'équipe remarque un changement, ce qui rend Beckett plus nerveuse.

L'équipe enquête sur la mort d'une miss météo, Mandy Michaels, dans le parc Paley. Plusieurs suspects potentiels au cours de l'enquête dont une autre miss météo et un homme que la victime voyait en secret, sont en cause. L'équipe de Beckett découvre trois possibilités sur cet homme mystérieux : Reggie Blake, un joueur de basketball en fin de carrière, le journaliste Miles Haxton et un propriétaire d'usine de fabrication de tapis, Georges Cazuli.

Richard est jaloux, car il y a un journaliste sportif qui veut sortir avec Kate. Celui-ci rend Kate jalouse, parce qu'il a accepté un dîner en tête à tête avec la sulfureuse journaliste Kristina Cottera, en prétextant avoir trouvé le meilleur moyen de renforcer leur prétendu célibat aux yeux de tous.

Alors que Richard se prépare pour aller rejoindre Kristina Cottera, celle-ci arrive chez-lui. Kate reçoit un appel involontaire de Richard qui semble en pleine bagarre avec Kristina. Il ne lui en faut pas plus pour accourir chez Castle. En ouvrant la porte, Kate découvre Castle le nez dans les seins de Kristina. En apercevant Kate, il lui annonce qu'il a résolu l'affaire. Cette image de Richard et Kristina hante Kate.

En parallèle, il y a une certaine animosité entre Esposito et Ryan, depuis les évènements avec Cole Maddox, ce qui dérange Kate. Leur solidarité lors d'un pugilat vient aider leur amitié fragile.

C'est un grand jour pour Alexis, elle part vivre à l'université. Tout en faisant ses cartons, Martha annonce à Richard qu'elle est au courant pour lui et Kate. Elle lui demande de l'annoncer à Alexis avant qu'elle ne le découvre. Kate est affolée lorsque Richard lui annonce qu'il en a parlé à Alexis, car elle a peur que leur relation vienne aux oreilles de Gates.

L'équipe enquête sur la mort de Wendy Dupree, 25 ans, une serveuse de Philadelphie. Avant de mourir, elle avait écrit les lettres Lie avec son sang. Au cours de l'enquête, l'équipe de Beckett découvre que Wendy avait un frère jumeau du nom de Wendell Dupree. Ce dernier est mort dans un accident de métro. Cependant, la sœur suspectait que son frère ait été la victime d'un meurtre. L'équipe de Beckett apprend la raison pour laquelle Wendy était à New York, et soupçonne plusieurs personnes, dont la très riche Angelica Henley.

Richard et Kate trouvent très difficile de cacher leurs sentiments au travail. Pour ne rien ébruiter, ils se donnent la main en guise de câlin.

Richard a décidé d'emmener Kate en week-end, dans sa maison dans les Hamptons. Au moment du départ, Alexis et la mère de Richard lui donnent les dernières recommandations pour ne pas décevoir Kate, alors qu'au poste de police, Esposito et Ryan complotent afin de trouver qui est le nouveau petit ami de Beckett.

Lors de leur arrivée et la visite de la maison, le couple se prépare à prendre un bain de minuit, quand un homme ensanglanté vient s'écrouler dans la piscine de Richard. La victime est Randall Franklin, un employé d'une banque. L'affaire se classe rapidement, avec l'arrestation d'un dealer de drogue, mais Richard a un doute. Kate supplie Richard de ne pas penser au meurtre de Franklin, car ils sont en vacances, mais il réussit à convaincre cette dernière d'enquêter sur le meurtre. Avec l'aide de Ryan et Esposito, qui sont à New York, Richard, Kate et le chef Brady (des Hamptons) réussissent à trouver le meurtrier.

En parallèle, après avoir vérifié les ex-petits amis de Kate, Ryan découvre, lors de l'enquête sur le meurtre de Franklin, qui est le nouvel amoureux de Kate. Il demande à Esposito de ne pas essayer de découvrir qui est le nouvel amoureux de Kate.

Alexis est de retour à la maison et en profite pour dévaliser le frigo de Castle.

L'équipe de Beckett enquête sur la mort de Tessa Horton. Elle a été retrouvée accrochée avec du fil barbelé, au plafond du salon et un symbole gravé sur le front. Les premiers soupçons vont se tourner vers son mystérieux petit ami, mais les résultats des empreintes et des preuves vont désigner Richard Castle comme le suspect numéro 1 de l'affaire. Bien vite, Richard est arrêté pour le meurtre de Tess. Richard continue à clamer son innocence. Alors qu'il est en cellule au poste de police, Richard a la désagréable surprise d'avoir la visite de Jerry Tyson, le triple tueur (3XK), qui lui avoue avoir préparé ce piège pour que Richard aille en prison, afin de se venger. De son côté, Kate tente désespérément d'innocenter Richard.

En parallèle, Kevin raconte à Javier que Kate et Richard sont en couple et qu'il le sait depuis le week-end du couple aux Hamptons, mais cela doit rester secret pour ne pas perturber l'enquête. Kate raconte à Lanie qu'elle est amoureuse de Richard, mais ne sait pas si elle doit croire les preuves quant à ce qu'il a fait.

Richard Castle est à une convention de fans, en train de signer des autographes pour la bande dessinée sur Derrick Storm, quand Kate vient le chercher. Elle lui annonce qu'il y a une personne morte à l'intérieur du vaisseau de la série "Nebula 9". Croyant à une plaisanterie, Richard se voit contraint de pénétrer à l'intérieur du vaisseau de la série, qu'il trouve ringarde et nulle. La victime est Annabelle Collins, 28 ans. Elle est la "propriétaire" de la série qu'elle a rachetée quand celle-ci a quitté les ondes, et l'idéatrice de sa résurrection à la convention de fans de Science-Fiction. Plusieurs personnes sont suspectées par l'équipe de Beckett, soit Gabriel Winster (comédien dans la série Nebula 9), Audrey et Davis (amis d'Annabelle), Stephanie Fry (comédienne dans la série Nebula 9) et Simon Wesport (un fan de la série). C'est par un malheureux concours de circonstances que Kate et Castle démasqueront le meurtrier.

Au cours de l'enquête, Castle croise Alexis à la convention des fans, dans une tenue très sexy. Cela perturbera Castle, mais Kate tentera de minimiser la chose.

Au cours de l'enquête, Castle découvre que Beckett est une fan de la série "Nebula 9" et qu'elle se déguise comme les personnages de la série. Déçu de découvrir que Beckett aime une série que lui déteste au plus haut point, Richard tentera de se racheter en demandant à Kate de porter le costume de la série qu'elle a. Kate accepte, mais cela se fera à ses conditions.

Le guitariste d'un groupe de rock qui émerge est tué. Kate et Castle mènent l'enquête, mais ils sont suivis par des caméras, car un documentaire est tourné sur le groupe. Grâce à une demande auprès de Gates, ils obtiennent le droit de filmer l'enquête. Castle, Esposito, Ryan et Lanie se laissent prendre au jeu, mais Beckett déteste que des personnes s'introduisent dans sa vie privée. Dans un moment de tendresse Castle caresse la joue de Kate, mais celle-ci s'aperçoit trop tard que les caméras l'ont filmé. Plusieurs personnes sont suspectées par Kate : un fan, une groupie, un membre du groupe et le gourou d'une secte. L'équipe de Beckett finit par attraper le tueur. Plus tard, Beckett et Castle sont convoqués dans le bureau de Gates. Ils craignent le pire car Gates a vu des enregistrements du documentaire. Gates fait uniquement des reproches à Castle qui faisait le clown derrière la caméra pendant qu'elle parlait.

Richard et Kate reçoivent à dîner leurs parents respectifs : Martha pour Richard et Jim pour Kate. Le repas tourne en querelle quand Martha et Jim découvrent que l'opinion de l'un sur un sujet est tout le contraire de l'autre. Cette situation est ensuite source de conflit entre Kate et Richard durant la nouvelle enquête.

L'équipe de Beckett enquête sur la mort d'un prêtre de 52 ans, le Père Joe McMurtry, qui a été tué par balle. Aucun indice n'a été retrouvé sur place. Cela laisse penser à Kate que c'est l'œuvre d'un professionnel. Beckett et Castle retrouvent un témoin du nom de Leo. Malheureusement, des membres de la famille O'Reilly, dont Michael Dolan est à la tête, poursuivent ces derniers afin d'éliminer Leo. Kate et Richard feront tout pour protéger la vie du témoin.

Le monde de Richard Castle s'écroule à la veille de Noël. Alors qu'il est en train d'installer les décorations de Noël avec Alexis, cette dernière lui annonce qu'elle ne sera pas présente au réveillon. Alexis a un nouveau petit ami, qui se prénomme Max et elle veut le voir avant qu'il parte pour les vacances de Noël. Richard est déçu car il espérait perpétuer la tradition de Noël de sa famille. En plus de sa déception, Kate annonce à Richard qu'elle ne peut pas aller à son réveillon de Noël puisqu'elle est de garde au poste de police. Castle découvre que Kate lui a menti sur sa garde et ne comprend pas la raison.

Au poste de police, Gates est furieuse à l'idée de passer un autre réveillon de Noël avec sa belle-mère. Alors qu'Esposito et Ryan passent habituellement leur réveillon ensemble, Kevin lui annonce qu'il va plutôt passer Noël avec Jenny. Esposito découvre la raison de ce refus de poursuivre la tradition. Javier drague à nouveau Lanie.

En parallèle, l'équipe de Beckett enquête sur la mort d'un père Noël, dans un parc de la ville. Un couple a vu le père Noël tomber du ciel avant que son corps s'écrase près d'eux. Après avoir examiné le corps, l'équipe de Beckett découvre l'identité de ce père Noël : Kriss Kringle. Son adresse est le Pôle Nord. Ces indices amènent Castle à diverses théories sur l'existence du père Noël. Au cours de l'enquête, l'équipe découvre une école qui apprend comment devenir le père Noël et dont la victime faisait partie. Derrière cette histoire se cache une affaire de justice que ni Kate, ni Richard n'auraient soupçonnée.

Alexis est malade. Elle a la mononucléose et reste chez Richard en attendant d'aller mieux. Au même moment, Meredith, l'ex-femme de Castle et la mère d'Alexis, débarque chez Richard. Cela ne fait pas l'affaire de Kate, qui vient vivre chez Richard, car son appartement s'est fait gazer au fumigène. Cette cohabitation entre Meredith et Kate agace cette dernière. Lanie en profite pour mettre la pression sur Kate pour défendre son couple devant Meredith. Meredith invite Kate à dîner, sans Richard. La situation va stresser Castle au plus au point se demandant ce qu'elles vont dire sur lui. Au moment où Meredith part pour Paris, elle révèle à Kate la raison pour laquelle elle a divorcé. Cela va créer un doute en Kate sur la relation qu'elle a avec Castle.

En parallèle, l'équipe de Beckett enquête sur la mort de Michelle Twohey, une avocate qui s'est spécialisée dans les divorces. Elle n'avait que des femmes pour clientes. Au moment de mourir, Michelle avait en sa possession une adresse et le nom de R. Garrison. Il s'agit de Rob Garrison, un comptable. Au cours de l'enquête, l'équipe va avoir plusieurs suspects : Corey Francis (l'amoureux de Michelle), Herman Poquille (photographe travaillant pour Michelle), Samantha Voss-peterman (cliente de Michelle qui a perdu son divorce), Walter Voss (ex-mari de Samantha), Billy Pipper et sa femme Leann Pipper. L'un des suspects disparaît. Quand Javier et Kevin le retrouvent, le suspect les met sur la voie de la vérité concernant la mort de Michelle Twohey.

L'équipe de Beckett enquête sur la mort de Holly Rhodes, alias « DJ Beat », survenue lors d'une fête organisée par la chanteuse Regina Cane où Josie Lang, une autre chanteuse, était invitée. Sur la main de la victime, un numéro de téléphone a été inscrit. Au cours de l'enquête, Kate et son équipe dévoilent un stratagème de vol assez ingénieux mis au point par « DJ Beat » et un mystérieux assistant. L'équipe découvre qu'il s'agit d'un adolescent de 14 ans, du nom de Joey Malone. L'équipe déduit que Joey est derrière les vols et qu'il connaît l'assassin de Holly Rhodes. Malheureusement, Joey est muet comme une carpe sur l'identité de celui qui l'a engagé pour voler. Esposito, dont le passé est celui d'un jeune délinquant, va tout mettre en œuvre pour faire craquer Joey et ainsi le ramener sur le droit chemin. Après quelques tentatives infructueuses, Esposito réussit à faire craquer Joey. L'enquête avance et l'identité du tueur ainsi que la raison de son geste créent une surprise de taille pour l'équipe de Beckett.

Castle a découvert le « vlog » (un blog sous forme de capsule vidéo) d'Alexis. Il est furieux de voir que sa fille donne des informations personnelles et intimes de sa vie sur ce site. Martha et Kate tentent de le raisonner sans succès. Alexis s'explique avec son père sur son « vlog ».

L'équipe de Beckett enquête sur la mort de Beau Randolph qui a été étranglé avec un soutien-gorge dans un bar de la boîte de nuit où se tenait une soirée organisée par la compagnie de la victime : College Girl Gone Crazy. Beckett et son équipe suivent plusieurs pistes, dont celle de l'ex-petite amie, de la garde du corps de Beau, de la fille et du fondateur de la voix de la décence. À ces suspects, se rajoutent le producteur porno de la version masculine de l'entreprise de Beau, College Guy Gone Nuts qui voulait s'associer à Beau et une entreprise qui vend des jouets d'enfants, la petite grenouille. C'est en suivant et en validant chacune des informations des suspects que Kate et Richard découvrent le mobile et le vrai coupable, que personne n'avait suspecté.

L'équipe de Beckett enquête sur la mort de Melanie Rogers, 27 ans, une ingénieure en écologie du New Jersey qui aurait une liaison avec un homme marié vivant à Washington DC. Kate et son équipe vont découvrir qu'il s'agit du sénateur William Bracken. Au cours de l'enquête, l'équipe de Beckett va découvrir que celui qui était le suspect numéro un du meurtre de Melanie Rogers est en fait la prochaine victime d'un assassinat, et la victime était un témoin gênant. Kate doit plier sur son orgueil et protéger le sénateur Bracken. Bien vite un suspect est identifié en la personne de Robert McManus, un schizophrène tenant Bracken pour responsable de la mort de son fils. Il est arrêté, mais plusieurs détails font douter Kate de sa culpabilité. Après réflexion, elle en vient à élaborer une théorie selon laquelle McManus a été piégé. Richard ne trouve rien pour démolir la théorie de Kate. Alors que le sénateur Bracken allait donner une conférence à l'hôtel Widmark, Kate exige de faire évacuer l'hôtel pour chercher une bombe que le vrai tueur y a cachée. La fouille s'avère infructueuse, quand un indice important saute aux oreilles de Kate, qui sauve la vie du Sénateur Bracken au moment où la bombe explose. Richard réussit à rattraper le vrai meurtrier. À la suite des événements, William Bracken s'arrange pour faire arrêter un adversaire politique, qu'il soupçonne de vouloir l'éliminer, afin de montrer sa gratitude envers Kate.

L'équipe de Beckett enquête sur la mort d'Hannah Green, 23 ans, poignardée avec un couteau de cuisine. Richard fait remarquer à l'équipe que le couteau de cuisine coûte dans les 200 $. La victime travaillait sur l'émission de télé-réalité Les femmes de Wall Street, basée sur les épouses de traders ruinés par la crise qui ont repris les rênes de leurs familles. Bien vite, les soupçons se portent sur l'une des candidates, Penelope, mais celle-ci est innocentée. De fil en aiguille, les suspectes et suspects seront : Bob, l'époux de Penelope ; Margo Cowan, une autre candidate ; Peter Monroe, producteur de l'émission ; le milliardaire Chilean, vedette de l'émission Pool Shark et Stone Gower, le fils de Margo Cowan. L'équipe de Kate, avec l'aide du Capitaine Gates, vont découvrir la vraie raison qui a poussé le meurtrier à tuer Hannah, mais aussi un meurtrier qu'ils ne soupçonnaient pas.

En parallèle, Jenny et Kevin essaient d'avoir un bébé. Lanie et Javier vont à un dîner de la Saint-Valentin. Richard tente de savoir le cadeau que Kate va lui offrir pour la Saint-Valentin, mais celui de Castle tombe par malchance entre les mains de Victoria.

Martha tente de faire avouer à Richard que sa fille lui manque, mais ce dernier tente de philosopher sur la situation, tout en niant l'évidence. L'équipe de Beckett enquête sur la mort de Hasim Farouk, étudiant saoudien, frappé par un van alors qu'il tirait sur le conducteur. En cherchant dans son appartement, Esposito et Ryan trouvent un arsenal d'armes et d'équipements de surveillance. L'équipe pense qu'il s'agit d'un terroriste ou d'un espion. L'histoire se complique lorsque l'équipe découvre que le matériel de surveillance sert à espionner Sara El-Masri, étudiante et fille d'un homme d'affaires égyptien. Peu de temps après, Kevin découvre une vidéo de surveillance montrant Sara El Masri se faisant enlever en pleine rue. C'est alors que Richard conclut qu'Hasim Farouk protégeait Sara. Cela donne l'occasion à l'équipe de sortir toute sorte de théories sur le lien qui unit Farouk à Sara. Après avoir parlé au père de Sara, Castle découvre le véritable travail d'Hasim Farouk : il était le garde du corps de Sara et a été engagé par son père. L'équipe de Beckett travaille par la suite avec le FBI afin de retrouver Sara El-Masri. L'agent Harris prend alors en charge l'enquête de l'enlèvement. Au cours de l'enquête, Castle et Beckett découvrent que Sara se rendait à une conférence à l'Hôtel Beaumont. Castle découvre que sa fille était présente à la conférence et commence à devenir inquiet quand il retrouve son téléphone parmi les objets perdus. Richard conclut qu'Alexis et Sara étaient ensemble et ont été enlevées toutes les deux. L'agent Harris explique à Castle et Beckett les circonstances de l'enlèvement d'Alexis et leur annonce que le FBI a identifié le chauffeur. Kate et Martha tentent de réconforter Castle. Richard découvre comment les ravisseurs étaient au courant de l'amitié entre Alexis et Sara. L'équipe réussit à retrouver le van. Cela rend Castle très nerveux. Kate tente de le réconforter. Ils réussissent à retrouver le partenaire de Roger Henson, Douglas Steven, l'homme qui conduisait le van lors de l'enlèvement. Après avoir parlé avec Richard, Douglas donne l'adresse d'une ferme où pourraient se trouver les filles. Le FBI envahit la ferme mais ne trouve pas les filles, seul gît Roger Henson, mort et torturé. Alexis et Sara sont détenues dans un local dont elles parviennent à s'échapper, et Alexis parvient à appeler son père avant d'être retrouvée par les ravisseurs. Seulement, le FBI localise l'appel et découvre qu'Alexis est détenue à Paris.

Castle et l'équipe de Beckett enquêtent sur la mort de Val Butler qui a été retrouvée morte de peur dans son appartement. Les premiers soupçons se portent sur son ex-petit ami, Freddie Baker, mais quand celui-ci annonce que Val a reçu un paquet et qu'elle lui a dit des propos concernant le pouvoir maléfique, Kate doit l'innocenter et part à la recherche de ce mystérieux paquet. Dans l'appartement de Val, Kate et Richard trouve le paquet : il s'agit de plusieurs DVD. Richard écoute l'un d'eux et croit qu'il est la prochaine victime. Il élabore une théorie sur un esprit meurtrier.

Du côté de la morgue, le médecin légiste conclut à une mort de cause inconnue, ce qui alimente la peur de Castle. Comme personne ne veut regarder le DVD, Kate se dévoue et ne croit nullement qu'elle va mourir au bout de 3 jours. Au cours de l'enquête, l'équipe de Kate vont retrouver d'autres victimes du mystérieux DVD. Alors que l'enquête n'avance pas, Richard soumet l'une des images du DVD à ses fans, ce qui va permettre de relancer l'enquête. Kate et Richard vont découvrir derrière cette histoire paranormale, une histoire bien réelle dont ils ne se doutaient pas.

Beckett annonce à Castle qu'il parle en dormant. À plusieurs reprises, alors qu'il dormait, Richard a prononcé le prénom de Jordan. Cela intrigue Kate qui lui demande sans cesse qui est Jordan. Castle finit par lui avouer la vérité à propos de cette personne.

Au poste de police, l'équipe enquête sur la mort d'un pâtissier, Jimmy Whelan, dont le corps a été retrouvé dans un mélange de chocolat. Au début de l'enquête, Esposito trouve une mallette contenant 50 000 dollars dans le bureau de Whelan. Personne ne sait pourquoi il avait cette mallette, même pas son assistant. Bien vite, un lien est fait entre Whelan et la mafia irlandaise de New York. Alors que Kate avait terminé d'interroger Siobhan O'Doul, cette dernière tombe sur Kevin et l'embrasse devant Jenny. Kevin doit s'expliquer. C'est alors qu'arrive l'agent Sam Walker du FBI, un ancien collègue de Ryan, pour les aider à capturer le meurtrier et à y voir plus clair dans l'affaire. Kevin se propose de reprendre sa couverture, sous les traits de Fenton O'Connell afin de capturer Bobby S et récupérer « la Bible », un livre qui contrôle le gang de Bobby S.

En parallèle, Kevin et Jenny vont passer des tests afin de se rassurer sur leur fertilité.

À la suite d'un accident de ski, Castle est coincé chez lui avec la jambe cassée, seul, sans sa mère. Pour faire une blague à son père, Alexis lui a donné une paire de jumelle afin d'espionner ses voisins. Alors qu'il s'ennuie Castle se met à espionner ses voisins et assiste au meurtre d'une jeune femme. Lorsqu'il en parle à Beckett, celle-ci ne le croit pas. Richard tente alors de lui prouver qu'il a bel et bien été témoin d'un meurtre et avec l'aide d'Alexis, il échafaude un plan.

Beckett et l'équipe enquêtent sur le meurtre de Clara Dewinter, 35 ans, mariée, assassinée avec une batte de baseball dans une ruelle. Alors que le meurtre a été filmé, ils ne peuvent identifier le meurtrier, car une lumière, identifié par l'équipe comme une caméra infrarouge, cache le visage du meurtrier ainsi que le véhicule. Au cours de leur investigation, l'équipe découvre que la victime souhaitait changer d'identité et cachait une partie de ses revenus à son mari.

Castle n'en revient pas car de la nourriture disparaît depuis un mois. Il demande à Martha si c'est elle qui l'aurait mangée, mais celle-ci l'accuse d'avoir consommé la nourriture en pleine nuit, alors qu'il dormait. Alexis élabore une théorie de petits hommes qui viennent voler dans le réfrigérateur, mais Castle ne la croit pas. Il élabore un plan pour attraper le voleur de nourriture.

L'équipe de Beckett enquête sur la mort d'une femme qui a été éjecté d'un véhicule en mouvement, près d'un hôpital, à 4 heures du matin. Lors de l'examen avec le médecin légiste, Kate et Richard voit le visage abîmé de la jeune femme. Le légiste suppose que cela a été fait par un pied-de-biche ou un ouvre-boite. Il émet même l'hypothèse que la jeune femme a été attaqué par un animal. Au cours de l'enquête, Beckett et son équipe identifient la victime comme étant Anne Cardinal, 27 ans, elle a grandi dans la réserve Onagonda. La victime travaillait avec des primates, retraité du monde de la télévision et du cinéma. L'équipe suit plusieurs pistes afin de trouver le vrai lieu du crime ainsi qu'une grande empreinte. Il n'en faut pas plus à Castle pour élaborer une théorie impliquant le « Bigfoot ». Plus tard, ils découvrent l'existence d'une émission de télévision qui propose de l'argent à celui ou celle qui prouve l'existence du « Bigfoot ». L'équipe découvre aussi plusieurs indices dont un pendentif qui se trouvait dans l'estomac de la victime et une lentille de caméra qui se trouvait dans sa tête. L'enquête prend l'allure d'une compétition où les preuves de l'existence du « Bigfoot » (Castle et Ryan) et celle d'un fugitif meurtrier en fuite (Kate et Javier) s'accumulent.

Alors qu'elle s'apprêtait à passer une soirée romantique avec Castle, Kate est furieuse de s'apercevoir que Richard doit choisir entre son jeu vidéo et elle. Cette déception vis-à-vis de Richard va se refléter tout au long de l'enquête et engendre beaucoup de questions au sein du couple notamment sur le fait d'être acquis l'un pour l'autre.

L'équipe de Kate enquête sur la mort d'Arthur Felder, 54 ans, un riche investisseur, mort sur la table d'un restaurant après une bouchée. Parmi les témoins se trouvent Eric Vaughn, un milliardaire qui séduit Kate, au grand désarroi de Richard qui en devient maladivement jaloux et fera tout pour l'éloigner d'elle. Au cours de l'enquête, Kate et Richard apprennent que le serveur à échanger par erreur les plats. La vrai victime qui était visée est Eric Vaughn. L'affaire se complique pour le couple Beckett-Castle, quand ils apprennent qu'Eric Vaughn a exigé uniquement Beckett pour assurer sa sécurité. Richard prend alors l'enquête et l'équipe en main, mais accumule les gaffes. Au terme de l'enquête, Kate se pose de plus en plus de question sur le couple qu'elle forme avec Richard.

Cela fait quelques jours que Castle n'a pas parlé et vu Kate. Cette dernière travaille sur l'enquête d'une explosion d'un appartement. Castle tente de retenir Kate afin de passer un peu de temps romantique avec elle, mais celle-ci privilégie son enquête, ce qui déçoit Richard. Cette enquête permet d'identifier Archibald Fosse comme étant l'auteur. Au moment où l'équipe de Beckett envahit l'appartement d'Archibald Fosse, ce dernier s'enfuit mais est vite rattrapé par Esposito et Ryan. Malheureusement, ce que l'équipe de Beckett ne sait pas, c'est que l'appartement d'Archibald Fosse cache une bombe. Fosse l'a activé lors de son arrestation. Beckett s'aperçoit que sous ces pieds, quelques choses a cédé et pense tout de suite à une bombe. Après que les démineurs ont fouillé l'appartement, la confirmation est établie : Beckett a belle et bien mis les pieds sur une bombe. Elle ne doit pas bouger, sans quoi, l'immeuble va exploser. Après quelques tentatives, Esposito et Ryan tente de faire parler Fosse sur la bombe mais Archibald se suicide et meurt sans révéler quoi que ce soit sur celle-ci. Les démineurs doivent donc travailler à l'aveugle. Alors que Kate est debout, immobile, sur la bombe, Castle en profite donc pour discuter de leur relation, des meilleurs moments depuis qu'ils se sont connus et régler ses comptes avec Beckett.

Au terme du sauvetage de Kate, Victoria annonce à Kate et Richard qu'elle est au courant pour leur relation et espère que le couple restera professionnel

L'équipe de Beckett enquête sur l'explosion d'une automobile et de son occupant lorsque les agents fédéraux viennent enlever la voiture et le corps. L'équipe ne peut malheureusement enquêter, mais bien vite Esposito rapporte à Kate l'identité de la victime : Dale Tanner. Plus tard, Kate et Richard découvrent que la moitié du gouvernement s'intéressait à Dale. Depuis que son père a été injustement emprisonné et décédé, Dale consacre sa vie à faire sortir des innocents de prison. L'équipe de Kate découvre que la bombe qui a fait exploser la voiture provenait du ciel. Richard en conclut que Dale Tanner a été tué par un drone (missile) mais refuse de croire que des militaires sont derrière le meurtre. En allant sur la base militaire de Fort Drummond, Beckett découvre l'homme qui était sur les lieux du crime, mais elle n'a pas l'autorisation de lui parler. Elle jure de tout faire pour parler à cet homme et d'avoir une réponse au meurtre de Tanner. Elle finit par l'interroger et s'aperçoit que son identité est fausse. De surcroît, l'homme refuse de parler. À la suite de l'intervention du procureur général, l'homme se présente comme Jared Stack, de la section d'investigation spécial du bureau du procureur général et révèle pourquoi il suivait Dale Tanner. Kate et Richard veulent continuer l'enquête avec Jared, mais celui-ci refuse. Kate et Richard vont découvrir que la mort de Dale est reliée à une triste histoire de famille. Au terme de l'enquête, Jared Stack propose à Kate de travailler pour le procureur général et ainsi travailler avec lui. Kate ment à Richard sur la discussion avec Stack et ne sait plus quoi penser

Kate est à Washington pour passer un entretien d'embauche, à la suite de l'offre de l'agent Stack. Pendant ce temps, Alexis questionne son père sur le fait qu'il n'a pas envoyé l'argent à son professeur pour le voyage dans la forêt tropicale. Richard tente de convaincre Alexis de ne pas y aller. Alexis tente de le raisonner et finit par le convaincre d'envoyer l'argent à son professeur.

L'équipe de Beckett enquête sur la mort d'une femme qui a été retrouvée dans la réserve d'eau d'un hôtel. Il s'agit de Crystal Sky et vit dans l'immeuble depuis 10 jours. Esposito en profite pour taquiner Castle sur les noms qu'il choisit pour mettre dans ses romans. Ryan fait des recherches sur la victime et découvre que tout est faux et que sa véritable identité est Erika Albroock, une des meilleures étudiantes d'Harvard. Au cours de l'enquête, les témoins désignaient la victime comme une prostituée, mais les analyses démontrent qu'elle n'en était pas une et qu'elle en a donné l'image. L'équipe de Kate va découvrir qu'Erika était en fait une pirate informatique. Les journées avant le meurtre, Erika piratait le système informatique d'un bureau d'avocats. Un suspect est vite identifié par l'équipe, mais malheureusement la police arrive trop tard. L'enquête va révéler trois morts où il n'y a aucun témoin, aucune trace d'ADN et tous pointeront le cabinet d'avocats comme principal suspect. Esposito et Ryan s'aperçoivent de l'humeur changeante de Beckett et s'interrogent sur ce qui ne va pas. Ryan en profite pour annoncer à Esposito qu'il va être papa. En parallèle, Victoria annonce à Kate qu'elle a appuyé fortement sa candidature au FBI. Elle lui annonce aussi qu'elle a de très fortes chances d'avoir le poste à Washington. Kate se confie à Lanie sur sa relation avec Castle et de son futur boulot à Washington, afin de pouvoir prendre une décision. Castle découvre un billet d'avion pour Washington. Kate lui explique qu'elle a eu un entretien d'embauche pour travailler au FBI. Castle est furieux que Kate lui ait menti. Il lui reproche de ne pas l'avoir inclus dans ses projets d'avenir. Kate reçoit un appel de Washington lui disant qu'elle a le poste. Kate consulte son père, Jim, sur ce qu'elle doit faire à propos de l'offre de travail et de sa relation avec Castle. Kate rencontre Richard afin de lui faire part de sa décision, mais ce dernier la demande en mariage