Kate zostaje przewieziona do szpitala, gdzie walczy o życie. Trzy miesiące po postrzale Beckett wraca do pracy. Na posterunku zachodzą jednak widoczne zmiany, nową panią kapitan zostaje Victoria Gates, która zabrania Castlowi współpracy z posterunkiem. Tymczasem Beckett nie odpuszcza sprawy zabójstwa swej matki, podczas gdy Esposito i Rayan zajmują się morderstwem 27-letniej Soni Gilbert, która została postrzelona w klatkę piersiową. Pierwszą osobą podejrzaną w zabójstwo jest jej chłopak.

Zespół bada sprawę brutalnego zabójstwa znanego policji kryminalisty Tylera Farisa. Mężczyzna został przecięty na pół mieczem samurajskim. Śledztwo prowadzi w świat superbohaterów i komiksów. Tymczasem w domu Ricka powraca temat przeprowadzki Alexis na uniwersytet w Stanford. Castle jest pełen obaw.

Beckett i towarzyszący jej Castle pracują nad kolejną sprawą morderstwa. Jednak jest to inne śledztwo niż zazwyczaj, ponieważ brakuje ofiary. Na miejscu zbrodni zastają jedynie kałuże krwi i kilka drobnych śladów. Tymczasem Alexis dowiaduję się, że nie została przyjęta na uczelnię w Stanford. Ta wiadomość całkowicie rujnuje jej plany życiowe.

Na budowie znaleziono w betonie ciało młodej kobiety. Ofiara zginęła poprzez dwukrotny postrzał w głowę. Okoliczności zabójstwa i ukrycia ciała wskazują na porachunki mafijne. Wszystko się zmienia, gdy okazuje się, że broń, z której zamordowano kobietę należy do detektywa Rayna. W wyniku tego powraca sprawa seryjnego zabójcy 3XK, który miał pistolet Kevina.

Zespół zajmuje się kolejnym morderstwem. Tym razem ofiarą jest 39-letni Brian Hayes, dyrektor wykonawczy muzeum. Sprawa wiąże się z kradzieżą niezwykle cennej rzeźby. Detektywom pomaga Serena Kaye, śledczy z ubezpieczalni muzeum. Beckett nie jest zachwycona współpracą z atrakcyjna agentką. Innego zdania jest Castle.

While doing some investigative work at a New York mansion, a prominent ghost hunter is murdered. Castle and Beckett must figure out if paranormal activities are to blame.

Podczas wizyty Castla i Marthy w jednym z nowojorskich banków dochodzi do napadu. Castle, który w tym czasie rozmawia przez telefon z Kate, próbuje opanować sytuację i przekazuje jej najważniejsze informacje na temat rabusiów. Richard odkrywa, że bandytom nie zależy na pieniądzach, a na zawartości pewnej skrytki.

Castle, Esposito oraz Ryan jadą do Atlantic City, by rozwiązać zagadkę zabójstwa właściciela kasyna w New Jersey, którego znaleziono w opuszczonym, nowojorskim magazynie. Na miejscu, koledzy urządzają Ryanowi wieczór kawalerski.

Trwa dochodzenie w sprawie snajpera terroryzującego Nowy Jork. Beckett próbuje ukryć przed zespołem pogłębiające się objawy zespołu stresu pourazowego.

Castle i Beckett budzą się skuci razem kajdankami w zapieczętowanym pomieszczeniu. Nie pamiętają, jak się tu znaleźli.

Mroczne sekrety narzeczonej Ryana wychodzą na jaw, gdy Castle i Beckett prowadzą dochodzenie w sprawie śmierci prowadzącego podwójne życie kobieciarza.

W samochodzie, znajdującym się w garażu należącym do władz miasta, znalezione zostaje martwe ciało. Sytuacja stwarza zagrożenie dla obecnej administracji oraz może mieć wpływ na współpracę Castle’a z policją, którą burmistrz zarekomendował.

Popularna gwiazda reality TV trafia na listę podejrzanych, gdy dobrze znany trener psów znaleziony zostaje martwy.

Castle i Beckett muszą znaleźć mordercę z 1947 roku. Sprawa sprzed lat ma im pomóc w rozwikłaniu obecnie prowadzonego śledztwa.

Castle i Beckett współpracują z CIA, polując na zabójcę powiązanego z międzynarodowym spiskiem. Do sprawy zostaje przydzielona agentka, z którą Richard się kiedyś spotykał.

Castle i Beckett starają się powstrzymać serię zdarzeń, które mogą doprowadzić Stany Zjednoczone do wojny. W ramach współpracy z CIA, Richard nadal spędza dużo czasu w towarzystwie agentki Sophii Conrad.

Castle i Beckett muszą sobie poradzić ze złapaniem mordercy psychopaty, który zabił dwie kobiety - jedną z nich przebrał za Czerwonego Kapturka, a drugą za Królewnę Śnieżkę.

Podczas tanecznego show emitowanego na żywo zostaje zamordowana jedna z uczestniczek. Ofiarą jest Odette Morton, która ginie przez postrzał w serce. W trakcie śledztwa wychodzi na jaw, że kobieta miała swojego sobowtóra. Beckett i Castle próbują dowiedzieć się co się stało z dziewczyną. Tymczasem Esposito i Rayan biorą udział w eksperymencie, by dowiedzieć się czy obrączka na palcu mężczyzny zwiększa szanse na flirt z innymi kobietami.

Castle, Beckett i nowojorscy policjanci próbują znaleźć osobę odpowiedzialną za atak bombowy podczas protestu na Wall Street.

Detektyw ze Scotland Yardu nawiązuje współpracę z Castlem i Beckett, by rozwikłać sprawę morderstwa brytyjskiej modelki, która była jego znajomą. Tymczasem Lanie doradza Kate, by przestała grać na zwłokę i okazała Richardowi swoje zainteresowanie.

Gdy relacje pomiędzy Castlem z Beckett robią się napięta, ten postanawia rozpocząć współpracę z nowym partnerem, twardym detektywem z jednostki do spraw gangów, który pokazuje mu obskurniejszą stronę policyjnej roboty oraz naraża go na większe ryzyko.

Na parkingu zostaje znalezione ciało 29-letniego Davida Locka. Świadek zdarzenia twierdzi, że zostali zaatakowani przez zombie. Na ciele ofiary widać ślady licznych ugryzień. Castle układa swoją teorię, w której mordercą jest żywy trup. Jednocześnie postanawia, że będzie to jego ostatnia sprawa.

Beckett ściga mężczyznę, który ją postrzelił. W komisariacie wychodzą na jaw takie sprawy, po których nic już nie będzie tak samo jak poprzednio.