Beckettet életveszélyes állapotban szállítják kórházba, ahol csak komoly küzdelem árán tudják megmenteni az életét. Hónapokkal később tér vissza a rendőrségre, de az eset nyomán mindig súlyos lelki sebeket hordoz, és Castle-től is elidegenedik. Amikor Montgomery utóda, az új kapitány nem hajlandó folytatni a nyomozást a lövöldözés miatt, Beckett úgy dönt, magánnyomozásba kezd, és ismét felveszi a kapcsolatot Castle-lel.

Beckett kezd ismét belelendülni a munkába, ráadásul igen rejtélyes eseten dolgozhat Castle-lel: New York utcáit egy szuperhős-képregényfigurának öltözött alak járja, és "igazságot oszt". Az önbíráskodó tettes kegyetlenül csap le bizonyos bűnözőkre, a helyzetet pedig bonyolítja a sajátos helyi háttér. Ebben viszont Castle igazán otthon érzi magát, s így komoly segítséget tud nyújtani a nyomozáshoz, s ezért Gates is kezdi elfogadni őt.

Különös esethez riasztják Beckettet és Castle-t: a gyilkosság helyszínén ugyanis csak egy vértócsa van, de holttest sehol. Szinte a semmiből kell kiindulniuk, majd alapos nyomozás során apránként derül fény arra, hogy ki az áldozat, s hogy a holttesthez egy hibernálással foglalkozó cégnek is köze van.

Betonban találják meg egy női hulláját, akiről a vizsgálat kideríti, hogy agyonlőtték, mégpedig pontosan azzal a fegyverrel, amelyet a Hármas gyilkos egykor Ryantől lopott el. Röjönnek, hogy az áldozat egy kínai maffiacsalád fiának házitanítója és szerelme volt. Ryant személyesen is mélyen érinti az ügy, és mindent megtesz, hogy nemcsak a mostani tettest, hanem a Hármas gyilkost is kézre keríthesse.

Az egyik New York-i modern művészeti múzeumból eltűnik egy 50 milliós értékű, gyémántokkal kirakott alkotás. A biztosító cég saját nyomozója, a vonzó és magabiztos Serena is bekapcsolódik az ügybe, aki rögtön megtetszik Castle-nek. Beckett nem kis féltékenységgel figyeli az ügyet, és azonnal lecsap, amikor kiderül, hogy Serena múltja sem éppen tiszta. Végül mégis közös erővel kapják el a tettest, aki nem csak rabolt, de ölt is.

Egy elhagyatott és a legendák szerint kísértet járta házban meggyilkolnak egy tévés műsorvezetőt, aki a természetfeletti erőkről akart forgatni. Beckett és Castle a nyomozás során nem csupán további gyilkosságok nyomaira bukkan, az is kiderül, hogy a legutóbbi eset hátterében féltékenység állt, és hogy egy rendőrtisztnek is köze lehet mindehhez.

Castle és Martha éppen egy bankban tárgyalnak, amikor fegyveres bankrablók törnek be és mindenkit túszul ejtenek. Ahogy telik az idő, Castle apránként rájön, hogy a rablók célja talán nem is a pénz. Minderről titokban informálja Beckettet is, akinek a terrorelhárító egység parancsnokával is meg kell küzdenie, hogy részt vehessenek az ügy megoldásában.

Amikor egy Atlantic City-beli kaszinó tulajdonosát holtan találják New Yorkban, Beckett és csapata kezd nyomozni az ügyben. Gates úgy dönt, hogy Ryan, Esposito és Castle induljon Atlantic City-be, Beckett pedig ezúttal Castle nélkül dolgozzon. A fiúk bejutnak a kaszinóba, és szálanként göngyölítik fel a gyilkossági és zsarolási ügyet, melyben a maffiának is szerep jut.

Hirtelen és ismeretlen helyen ébred fel Beckett és Castle, ráadásul arra riadnak, hogy foglyok, és hogy egymáshoz bilincselték őket. Apránként rakják össze emlékeiket arról, hogy mi történt velük, és kik rabolhatták el őket. Ryannek és Espositónak eközben minden tudására szüksége van, hogy társaik segítségére siethessenek, mert a két rabnak fogytán az ideje.

Szállodai ablakból zuhan ki egy meztelen férfi, aki már a földet érés előtt meghalt. Amikor Beckett és Castle nyomozni kezdenek az ügyben, kiderül, hogy Michael Bailey igazi profi szélhámos volt, aki rengeteg nőt szédített meg. Felvetődik az a lehetőség is, hogy talán nem egy dühös szerető, vagy egy külföldi titkosszolgálat tehette el láb alól a férfit.

Amikor egy fiatal nőt holtan találnak egy autóban, és Beckett nyomozni kezd az ügyben, hamar kiderül hogy a nő, noha irodalmat oktatott az egyetemen, egy ideje más munkát is végzett. Castle-t is kisebb sokk-ként éri, hogy személyes jóbarátja, a polgármester is érintett lehet az ügyben. Beckett úgy véli, hogy Castle nem elfogulatlan, ezért nem működhet közre a nyomozásban.

Egy kutyakiállítás nemzetközileg is elismert bíráját hirtelen meggyilkolják. Már a nyomozás kezdetén felmerül, hogy az egyik kutya tulajdonosának lehetett köze az esethez, aki egy valóságshow csinos és híres sztárja. Az eleinte butácskának és bűnösnek tartott Kay-ről azonban kiderül, hogy korántsem annyira ostoba, s bár a látszat ellene szól, mégsem ő volt a gyilkos.

New York, 1947. Egy magánnyomozó és egy gengszterfőnök barátnője egymásba szeretnek, de kapcsolatuk kilátástalanul indul a bűn és a pénz árnyékában. Később mind a ketten eltűnnek egy homályos gyilkossági ügy során, aminek egészen a XXI. századig ható kihatásai vannak. Az 1947-ben eltűnt gyémánt nyakéket ugyanis többen keresik, egyvalaki pedig gyilkolt is érte, így Beckettnek és Castle-nak kell elővennie a "döglött" aktát.

Gyilkosság áldozata lesz egy ismeretlen férfi. A gyilkosnak hamar nyomára akadnak, de mire részletesen kihallgatnák, rejtélyesen eltűnik a cellájából. Beckett és Castle nem adja fel, de az újabb nyomravezető helyről már őket tüntetik el. Fény derül arra, hogy a hírszerzés is nyomoz ebben az ügyben, mely az ország biztonságát fenyegeti. A CIA-csoportot Castle egy régi ismerőse, a felettébb vonzó Sophia vezeti, és Beckettnek - bár ezt erősen tagadja - szembesülnie kell a féltékenység érzésével.

Meggyilkolják Blakely professzort, a dominó-elmélet atyját, majd a vízbe szorítják Beckették kocsiját. Castle és Beckett élete csak egy hajszálon múlik. Megmenekülésük után kettőzött erővel folytatják a nyomozást az előző részben megismert ügyben. Kiderül azonban, hogy a CIA ügynökei között tégla van.

A Central Parkban két mesebeli szereplőnek, Piroskának és Hófehérkének öltözött nőt gyilkolnak meg. Castle attól tart, hogy a sorozatgyilkos folytatja az öldöklést. A nyomozás során kiderül, hogy a lehetséges harmadik áldozat ismerte az első kettőt, s hogy közös, sötét titkuk volt. Képbe kerül az egyik áldozat sógora, aki bosszút akart állni a lányokon.

Egy televíziós táncvetélkedő női sztárját holtan találják öltözőjében éppen a felvétel idején. Castle és Beckett nyomozni kezdenek, és hamar kiderül, hogy Odette-nek több ellensége is volt, és hogy azok, akiket megzsarolt, jó okkal akarhatták megölni. Váratlan fordulatot hoz viszont, amikor rájönnek, hogy a megölt lány nem is Odette Morton, hanem egy alteregója, akit plasztikai műtéttel formáltak át. Immár két haláleset ügyében kell nyomozniuk.

A Wall Street-en hatalmas tüntetés közepette robban fel egy bomba, több ártatlan ember halálát okozva. Beckett és csoportja megpróbál minél többet megtudni az ügy hátteréről, de az FBI csak másodlagos feladatokat hajlandó rájuk bízni. Castle és Beckett módszeresen mégis felgöngyölíti az ügyet.

New Yorkban egy neves brit modellt találnak holtan egy motelszobában, ám az egyik takarítónő jó személyleírást tud adni egy sietve távozó férfiról. A nyomozás mellékvágányra fut, mikor kiderül, hogy az illető ártatlan, sőt a Scotland Yard felügyelője, de Colin Hunt hamar rábeszéli Beckettet, hogy hadd vehessen részt ő is a nyomozásban. A szálak végül a brit konzulátusra vezetnek, ahol egy magas rangú diplomata fegyvercsempészési ügybe bonyolódott.

Különös holttestre bukkan a rendőrség. A meggyilkolt ír maffiózó táskájában ugyanis három levágott fejet találnak. Az ügyet a kemény és könyörtelen rendőr, Slaughter nyomozó kapja. Castle, aki éppen igen hűvös viszonyban van Beckett-tel, elhatározza, hogy új kihívásokat keres, és beszáll Slaughter mellé. Hamarosan rá kell azonban jönnie, hogy a férfi veszélyes helyzetekbe sodorja őt magát, és bármire képes az ügy érdekében. Castle-nek nincs más választása: Beckett-től kell segítséget kérnie, hogy visszatérhessenek a törvényes útra.

Egy Wall Street-i parkolóházban különös gyilkosság áldozatára bukkannak, a halotton ugyanis emberi harapásnyomok látszanak. Castle azonnal és lelkesen közli, hogy a tettes csakis valódi zombi lehetett, Beckett viszont lehűti azzal, hogy zombik nincsenek. A nyomozás során bizarr körülményekre derül fény.

Egy szokványosnak induló gyilkossági ügy nyomozása során az egész csapat megdöbben, amikor kiderül, hogy a mexikói bandatagot kivégző tettes talán ugyanaz, akinek köze volt a Beckett elleni merénylethez is. Castle egyre erősebb aggodalommal figyeli, amint Beckett mindjobban belebonyolódik az ügybe.