Beckett és a nyomozók egy gyilkosság helyszínére érkezve teljesen megdöbbennek, amikor a holttest mellett Castle-t találják - fegyverrel a kezében. Castle igyekszik kimagyarázni magát, de Beckett nem hisz neki. Az író végül azt ajánlja, hogy segít kinyomozni a valódi tettest, ha cserébe Beckett visszafogadja őt a csapatba.

Amikor megölnek egy óvadéki kezest, Beckett és Castle először azokat az elítélteket kérdezi ki, akikkel Carver dolgozott. De gyanússá válik a gyászoló feleség is, illetve egy kiöregedett bűnöző. Beckettnek mindeközben keserűen csalódnia kell egy barátjában.

A Central Parkban egy befektetési tanácsadó holttestére bukkannak, akivel antik fegyverből származó golyó végzett. Castle ismét előáll a maga összeesküvés-elméleteivel, és amellett kardoskodik, hogy a férfi időutazó volt. Beckett alapos nyomozással próbálja megcáfolni Castle vad ötleteit.

Egy ravatalozóban botrány tör ki, amikor a koporsó leesik, és az elhunyt mellett egy ismeretlen nő teste tűnik fel. Beckették nyomozni kezdenek az ügyben, és kiderül, hogy a nő orvos volt, aki számos rejtélyes kapcsolattal bírt. Ismert egy hajdani drogbárót, ugyanakkor az ügyészséggel is kapcsolatban állt. Ráadásul a kórházból is oka lehetett valakinek arra, hogy eltegye őt láb alól.

Amikor Beckett és Castle egy utcán meggyilkolt nő hulláját vizsgálják, Castle döbbenten veszi észre, hogy az elkövetési mód egy valamikori sorozatgyilkosra vall, aki évek óta nem hallatott magáról. A rendőrség most minden erőt bevet, hogy kézrekerítse a legvalószínűbb gyanúsítottat, és hogy bizonyítékot is szerezzen ellene.

Egy lánybuliba Chippendale-fiút rendelnek, akit viszont nem sokkal később meggyilkol valaki. Beckett és Castle nyomozni kezdenek, és rájönnek, hogy Dereknek nem csupán egy motoros bandával gyűlt meg a baja, de egy gazdag nő kitartottja is volt, továbbá szélhámosként pénzt csalt ki az ingatlanvásárlóktól. Sokak útjában állt, így a tettes is szinte bárki lehetett.

Amikor a Central Parkban a New York-i metró egyik alkalmazottját találják holtan, Castle és Beckett nyomozni kezdenek, melynek során képletesen, és valóságosan is a sötét mélységekbe kell alászállniuk. Leonard halála érthetetlennek tűnik, ám egy véletlen rávezeti Castle-ékat arra, hogy a férfi tanúja volt egy egy gyermekrablásnak.

Különös kegyetlenséggel gyilkolnak meg egy asztrofizikust, akinek egy ufókutatóval is kapcsolata volt. Castle egyre azt duruzsolja Beckett fülébe, hogy a tettesek a földönkívüliek, a rejtélyes eltűnések mögött pedig a kormány titkos ügynökei állnak, akik el akarják tussolni a dolgot. Egyre szaporodnak a rejtélyes jelenségek.

A folyóban talált vízi hulláról kiderül, hogy nem sokkal korábban vásárolta meg Castle egykori kedvenc bárját, amelyhez az írót megannyi kedves emlék fűzi. A nyomozás során kiderül, hogy Donnynak homályos forrásokból lett pénze a nagy üzletre, és hogy a város alatti üregekben, járatokban nem csupán régi emlékek rejtőznek, hanem egy olyan kincs is, amiért sokan öltek volna.

Castle Hőhullám című regényét megfilmesíti egy stúdió, és a próbafelvételek után Natalie Rhodes kapja meg Nikki szerepét, akit Castle köztudomásúan Beckettről mintázott. Natalie is engedélyt kap, hogy az aktuális gyilkossági nyomozásban részt vegyen. Beckett nagyon jól kijön Natalie-val, ám amikor Natalie a szerepre készülve mindjobban átveszi Kate gesztusait és szólásait, a nyomozónőt egyre inkább bosszantja az alteregója.

Egy közkedvelt bűvészbolt tulajdonosát, a mágusként ismert Zalmant holtan találják, és a jelek arra utalnak, hogy olyan trükkel próbálkozott, ami az életét követelte. A nyomozás azonban kideríti, hogy halála nem baleset és nem is öngyilkosság volt. Lanie és Esposito románca eközben egyre nyíltabb titokká válik.

Felbukkan az a rendőrnyomozó, aki valaha Beckett édesanyjának meggyilkolása ügyében vezette a vizsgálatot. Mivel már haldoklik, gyónni akart Beckettnek, s elmondani, hogy más is van a háttérben, és hogy a gyilkosság nem véletlen volt. Mielőtt mindent közölhetne, őt magát is agyonlövik. Beckett nyomozni kezd, és kiderül, hogy a gyilkossághoz néhány rendőrnek is köze volt.

Meggyilkolnak egy gazdag lottónyertest, aki azonban gyakran és nagylelkűen támogatta a szegényeket. Felmerül, hogy az esethez köze lehetett a komornyikjának, vagy éppen a kábítószeres kamaszlánya dílerjének is, de végül kiderül, hogy már magával a lottószelvénnyel sem stimmelt valami.

Egy gazdag New York-i üzletasszonyt gyilkolnak meg, a gyanú pedig rögtön a léha férjre terelődik, aki azonban Castle egyik legrégibb barátja. Castle állhatatosan bizonygatja Beckett-nek Damian ártatlanságát, noha egyre több jel utal arra, hogy a férfinak sötét titkai voltak. Castle végül elhatározza, hogy maga jár az ügy végére, és a nyomozás megdöbbentő eredményt hoz.

Amikor holtan találnak egy taxist, az autóját pedig darabokra szedve, Beckett és Castle kezdenek nyomozni az ügyben. Kiderül, hogy a halott neve Amir, és Szíriából vándorolt be. Az ügy hamarosan drámai fordulatot vesz, amikor Castle és Beckett egy raktárban nukleáris anyag nyomaira bukkannak, és a nemzetbiztonsági hivatal egyik ügynöke veszi át a nyomozás irányítását. Castle-t ki akarják rakni az ügyből, de ő Beckett segítségével a saját szakállára folytatja a kutatást, ami viszont halálos kelepcébe vezeti őket.

Castle és Beckett még mindig a fagyasztókamrában vannak, ahová a terroristák bezárták őket, Fallon és Montgomery pedig egészen más nyomon járnak: Jamalt keresik. Csak Esposito és Ryan állhatatosságának - no meg Alexisnek - köszönhető, hogy Castle-t és Beckettet végül élve sikerül megtalálni. Ám a munka java még csak ezután jön, mielőbb ki kell deríteniük, hogy ha nem Amir és Jamal készítették a bombát, akkor vajon ki, és azt is, hogy hol akarja felrobbantani.

Amikor meggyilkolják az egyik népszerű szappanopera íróját, Castle és Beckett kezd nyomozni az ügyben. Castle édesanyja, Martha pedig szintén segíteni próbál a maga módján - hiszen egykor ő is játszott a sorozatban. Ármány és cselszövés, szerelem és gyűlölet között kell lavírozniuk, a színészek világában pedig semmi nem az, aminek látszik.

Gyilkossági ügyet tárgyalnak a bíróságon, amikor az egyik esküdt hirtelen összeesik és meghal. Az ügyet emiatt újra kell tárgyalni, de az esküdt halála ügyében nyomozó Beckett és Castle hamar kideríti, hogy az esküdtet megmérgezték. Először a vádlottra terelődik a gyanú, akinek érdekében állhatott halogatni az eljárást, de nemsokára kiderül, hogy alighanem ártatlan ember ellen folyt a tárgyalás, amiben az ügyészségnek is benne volt a keze.

Egy New York-i olasz pizzéria sütőjében egy félig elszenesedett holttestet találnak. Castle és Beckett az első nyomok alapján arra gyanakszik, hogy a szomszédos, konkurens pizzériák közötti háborúskodás áldozatára találtak. Később azonban kiderül, hogy a halott egy kiváló oknyomozó riporter volt, aki úgy tett, mintha a pizzéria-háborúról írna riportot, valójában azonban az egyik leghatalmasabb New York-i drogterjesztő hálózat vezérének akadt a nyomára, és ezért kellett meghalnia.

Zacket, az egyik New York-i egyetemi úszócsapat szépreményű bajnokát vízbe fúlva találják meg. Hamar megindul a találgatás, a nyomozás pedig gyorsan a dopping-ügyek felé terelődik. Lanie azonban kideríti, hogy Zack tiszta volt, de előkerül néhány adat, ami szerint autólopással is foglalkozott. Beckett minden erejével azon van, hogy előkerítse a gyilkost, Castle pedig eközben féltékenyen figyeli, hogy egy kezdő író - akit ő vett a szárnyai alá - mennyire megkedvelteti magát Beckett-tel.

Amikor meggyilkolják Michael Royce-ot, aki valaha Beckett tanítója és mentora volt, a lány minden erejével nyomozni kezd a gyilkos után. Noha Royce-nak azóta sem tudott megbocsátani, hogy visszaélt a bizalmával, mégis el akarja kapni a gyilkost. Amikor a szálak Los Angelesbe vezetnek, Beckett Montgomery parancsával is dacolva, a saját szakállára odautazik és elkezd kutatni. Castle most is vele tart, és kettejük kapcsolata még a korábbinál is szorosabbra fűződik.

Victor Baron, a gazdag New York-i milliárdos szépségversenyének döntője előtt megölik a leginkább esélyes résztvevőt, Ambert. Beckett hamar kideríti, hogy kik voltak a fiatal lány riválisai, akik eltehették láb alól. Képbe kerül egy fotós is, aki valószínűleg aktképeket készített Amberről, de a szálak végül másfelé vezetnek.

Hal Lockwood, aki megölte Raglan nyomozót, és akinek köze van Beckett anyjának meggyilkolásához is, megszökik a börtönből. Beckett és Castle újult erővel kezdik meg a nyomozást, hogy kézre kerítsék Lockwoodot, és felgöngyölítsék Beckett anyjának ügyét is. Kiderül, hogy McCallister és Raglan mellett egy harmadik rendőr is tagja volt a "bűnösök brigádjának", és amikor fény derül a kilétére, Beckettnek nem csak egész addigi pályáját és emberi kapcsolatait kell átértékelnie, de hamarosan az élete is veszélybe kerül.