Beckett heeft niets gehoord van Castle sinds hij vertrok naar de Hamptons maanden geleden om zijn tweede roman, "Naked Heat", af te ronden. Het enige wat Beckett, Ryan en Esposito hebben gezien van Castle is een boekhandelstandee van hem die een aanstaande signeersessie aankondigt. Dus als Beckett en haar team op onderzoek gaan in een schimmig appartement op het spoor van een moordenaar, is het laatste wat ze verwachten te zien de real-life Castle staande boven het lichaam van een dode vrouw met een pistool. Als Castle zijn onschuld volhoudt, heeft Beckett geen andere keuze dan hem te arresteren op verdenking van moord.

Wanneer een beroemde paragnost is vermoord, Gaan Beckett en Castle op zoek naar haar moordenaar, terwijl er ook een pittige discussie aan de gang is over het bestaan van buitenzintuiglijke vermogens. Bewijs wijst naar beide kanten, vooral wanneer er een brief van het slachtoffer, geschreven op de dag dat ze werd vermoord opduikt waarin haar dood staat voorspeld - of was het geschreven door een slimme moordenaar, in de hoop af te werpen van het onderzoek?

Tijdens het onderzoek naar de moord op een borgtocht slaaf, Beckett en Castle lopen tegen Becketts eerste training Officer, Mike Royce, nu werkzaam als premiejager. Een gecodeerd document laat Castles verbeelding op hol slaan.

Wanneer Castle en Beckett de moord op een jonge wiskundige onderzoeken, die is neergeschoten met een 200 jaar oude kogel, schieten er wilde theorieën door Castle over een tijdreizende moordenaar. Wanneer hun onderzoek een gepimpte DeLorean en een verdachte in Victoriaanse kleding onthult is het gekke idee van Castle ineens zo gek niet. Dit verhaal kronkelt door de torens van Wall Street en in de wereld van een geheime samenleving die de romantiek en de eenvoud van het verleden omvat, gekoppeld met de hoop en de beloftes van de toekomst.

Wanneer kistdragers de controle verliezen over een verrassend zware kist bij een begrafenis, valt een tweede, onbekende dode uit de kist. Als Castle en Beckett ontdekken dat het slachtoffer een dokter was in het County Hospital, neemt hun onderzoek hen mee naar de wereld van de amoureuze artsen. Was jaloezie de aanleiding voor moord? Of heeft de dokters mysterieuze werk buiten het ziekenhuis doen leiden tot haar ondergang?

Wanneer een dood lichaam van een vrouw tekenen van een oude moordenaar toont, ontdekken Castle en Beckett dat de 'Triple Killer', een moordenaar die verdween vier jaar geleden, kan zijn teruggekeerd. Ondertussen, stimuleert Castle afwisselend en ontmoedigt bij Alexis 'betrokkenheid bij een geheime aanbidder.

Beckett en Castle reageren op een noodoproep. Echter neemt de zaak een schokkende wending, wanneer zij erachter komen dat het gaat om een stripper verkleed als agent. De moord leidt hen in de wereld van mannelijke strippers.

Tijdens een onderzoek naar de moord op een New Yorkse metrowerknemer, die werd doodgeschoten in Central Park, ontdekken Castle en Beckett onverwacht de schokkende en gewelddadige ontvoering van een jonge jongen. Racend tegen de klok, moet het team de motieven achter de ontvoering zien te ontrafelen.

Na de vondst van het lichaam van een prominente astrofysicus - het slachtoffer van explosieve decompressie - theoretiseert Castle gekscherend dat ze misschien gedood werd in het vacuüm van de ruimte. Maar als ze dieper in het leven van het slachtoffer graven, worden ze geconfronteerd met het bewijs dat blijft wijzen naar het onmogelijke - ontvoering door buitenaardse wezens.

Het lichaam van een havenarbeider annex bareigenaar wordt gevonden in de East River. Het onderzoek van Castle en Beckett neemt ze mee naar lang vergeten tunnels en doorgangen die gebruikt werden in het oude New York, waar zij een geheim ontdekken wat verborgen is gebleven sinds de drooglegging.

Er wordt een film gemaakt van Castle zijn boek “Heat Wave”, en de knappe hoofdrolspeelster, Nathalie Rhodes, wordt uitgenodigd door Kate Beckett zodat ze haar karakter dat ze gaat spelen beter kan begrijpen. Als het drietal een moord op een ‘high-class’ koppelaar onderzoekt, gaat Natalie tot extreme hoogte onder het mom van “karakteronderzoek”, zo ver zelfs dat ze zich transformeert tot een bijna exacte kopie van Beckett.

De eigenaar van het historische Drake’s Magic Shop wordt dood gevonden in de beroemde watertank van Houdini. Castle en Beckett duiken in de wereld van magie, goochelaars en hun geheimen om de moordenaar te vinden. Ondertussen zijn de goochelaars niet de enige met geheimen, wanneer er een nieuwe romantische relatie wordt ontdekt.

De detective die deel uitmaakte van het onderzoek naar de moord op de moeder van Kate Beckett belt haar op om te vertellen dat hij informatie heeft over de moord en dat hij deze met haar wil bespreken, vlak daarna wordt hij vermoord.

De gewelddadige moord op een loterijwinnaar zorgt ervoor dat Castle en Beckett een overvloed hebben aan verdachten, jaloers en boos door het plotselinge succes van het slachtoffer, die van armoede naar een penthouse ging. Terwijl iedereen op het politiebureau fantaseert over wat zei zouden doen als ze de loterij zouden winnen, heeft Martha het moeilijk als ze plotseling geld erft waarvan zij vindt dat ze het niet verdient.

Castle en Beckett komen recht tegenover elkaar te staan in deze zaak als een oude vriend van Castle de hoofdverdachte wordt in de moord op zijn eigen vrouw. Tijdens het onderzoek komt Castle erachter dat er twee afschuwelijke mogelijkheden zijn, of Beckett gaat een onschuldige man arresteren of zijn oude vriend is een koelbloedige moordenaar.

Castle en Beckett beginnen aan een onderzoek wat lijkt op een beroving/moord op een taxi chauffeur. Na verder onderzoek ontdekken ze dat hij betrokken was bij een mysterieus complot met onvoorstelbare gevolgen. Als het risico steeds groter wordt, neemt de keiharde FBI agent Mark Fallon het onderzoek over. Het drietal bevindt zich in een race tegen de klok om de waarheid over het slachtoffer te ontdekken.

Als de tijd begint de dringen, moeten Castle en Beckett hun problemen met Fallon op zij zetten om er voor te zorgen dat een grote ramp in New York wordt voorkomen.

Castle en Beckett onderzoeken de moord op Sarah Cutler, een belangrijke schrijfster van een van de langslopende soaps in New York, "Temptation Lane". Iedereen is verdacht als bekend wordt dat de gebeurtenissen achter de schermen net zo heftig zijn als de fictieve verhaallijnen in de soap.

Castle en Beckett werken aan een zaak waar iemand dood wordt gevonden in een pizza-oven, maar het blijkt niet iemand te zijn die verbonden was met het restaurant, het is een journalist. Hij werkte aan een verhaal genaamd “De Pizza Oorlogen”. Was dit de reden voor de moord of gaat het nog verder?

Als een zwemkampioen met Olympische aspiraties dood wordt gevonden in een trainingsbad, duiken Castle en Beckett in het onderzoek en ontdekken ze vele geheimen die tot zijn dood geleid kunnen hebben.

Wanneer de moord op de ex-partner van Beckett wordt onderzocht, is Beckett ervan overtuigd dat de verdachte gevlucht is naar Los Angeles. Ze negeert het bevel om in New York te blijven en reist af naar Los Angeles, Castle reist ongevraagd met haar mee. Ze ontdekken een spoor dat van een dakzwembad in Hollywood naar het strand van Santa Monica leidt. Hoe dichter ze bij de moordenaar komen, hoe meer Castle zich afvraagt of het Beckett gaat om gerechtigheid of wraak.

Tijdens de repetitie van “Baron’s All-American Beauty Pageant” worden de deelnemers onprettig verrast wanneer ze het levenloze lichaam van Miss Illinois vinden. Wanneer Castle en Beckett in het competitieve leven van de miss-verkiezingen duiken, ontdekken ze dat er een aantal verdachten zijn die een motief voor de moord hadden, waaronder jaloerse mede-deelnemers, de miljonair en tevens de sponsor van de miss-verkiezingen, Victor Baron en de presentator van de show, de hedonistische televisiepersoonlijkheid, Bobby Stark.

Het onderzoek naar de moord op de moeder van Kate Beckett krijgt een nieuwe impuls wanneer Hal Lockwood (een professionele moordenaar met kennis van de moord op haar moeder) op een spectaculaire manier ontsnapt tijdens een terechtzitting. Terwijl de politie de jacht opent op Lockwood, ontdekken Castle en het team bewijs van een diepgaand complot waarbij een mysterieus figuur met connecties binnen rechtshandhaving betrokken is. De zoektocht naar Lockwood en de speurtocht om zijn mede-samenzweerder te ontdekken leidt tot een verrassende en dodelijke conclusie.