Nick Castle, un famoso romanziere annoiato dal suo successo, viene chiamato dalla polizia a collaborare in due casi di omicidio molto simili a delitti commessi nei suoi romanzi.

In corpo di un ragazzino viene trovato morto in una barca. Un tempo benestante, la sua famiglia ha però perso tutto nel fallimento della LemonBrothers. Beckett e Castle indagano sugli amici del giovane scoprendo, fra una menzogna e l'altra, che era entrato in un giro di spaccio a Central Park.. Intanto Castle non è sicuro di poter lasciare Martha da sola ad occuparsi della classe di Alexis nel corso di una gita a Washington.

Le indagini su un corpo trovato avvolto in un tappeto a bordo strada conducono Castle e Beckett nel profondo della vita politica newyorkese. I due scoprono un mondo di scorte costose, imprenditori arroganti, ispettori corrotti e gli effetti del tradimento. L'uomo era forse rimasto vittima di un ricatto.

Una donna congelata, trovata in un cantiere, conduce Castle e Beckett verso un caso che risale ad un anno prima e da tempo abbandonato. I due scoprono dettagli sconvolgenti sul passato della vittima e le indagini costringono l'agente Beckett ad affrontare aspetti difficili della sua vita che permettono a Castle di conoscerla meglio ed ottenere maggior materiale per il suo romanzo.

Un cadavere viene rinvenuto con segni di una cerimonia vudù, e nel caso risulta utile la conoscenza in materia di Castle, che in passato aveva svolto ricerche per un suo romanzo. Nel frattempo, sul versante casalingo, Castle deve occuparsi della possibile visita della madre di Alexis, la sua prima moglie.

Alcune rapine imperversano nelle abitazioni della creme di New York, e quando una donna viene uccisa, il caso passa in mano della Omicidi. Mentre Castle si rivolge ad un vecchio ed esperto ladro che conosce, si scopre un collegamento con delle serata di gala per beneficenza: Castle invita Beckett ad una di queste per investigare.

Una donna viene ritrovata uccisa in una vasca piena di olio motore. Beckett e Castle scoprono che la vittima aveva cambiato identità: 20 anni prima era stata un'ambientalista e aveva piazzato una bomba in una nave, nella cui esplosione un'amica attivista era rimasta uccisa, ed il capitano della nave era rimasto paralizzato. I sospetti si rivolgono verso l'ambientalista che aveva costruito la bomba, una scrittrice che stava redigendo le memorie della vittima, ed il figlio del capitano paralizzato.

Una bambina viene rapita e Beckett viene coinvolta nella ricerca dall'FBI, in particolare dall'agente che è stato sua vecchia fiamma, Will. Questo provoca degli attriti con Castle. In particolare quando Will bacia Beckett, anche se lei, al contrario dell'agente dell'FBI, non sembra voler riprendere la vecchia storia d'amore.

Castle e Beckett si occupano dell'omicidio di un chirurgo plastico. Intanto Castle indaga sul passato di Beckett e scopre qualcosa di importante, mentre Alexis viene invitata al suo primo ballo scolastico.