Depois de guiar até Vegas para se casar, Penny debate-se com a confissão de Leonard de ter beijado outra rapariga no Mar do Norte, na estreia da nona temporada.

Leonard confronta a mulher que beijou no Mar do Norte, numa tentativa de deixar Penny descansada. E Sheldon tenta retaliar, depois da rutura com Amy, usando 'Diversão com Bandeiras.

Quando Sheldon descobre uma iminente alteração às condições de vida em casa, decide voltar a 2003 - uma época mais simples antes de conhecer Leonard ou Penny.

Quando os rapazes têm aulas de esgrima com Barry Kripke, Sheldon sente-se numa posição incómoda, quando Kripke expressa interesse por Amy.

No meio de uma escassez nacional de hélio, Leonard e Sheldon veem-se obrigados a fazer uma compra no mercado negro, a um traficante, para completarem uma experiência.

Leonard e Penny ficam chocados ao saber que Sheldon tinha um anel de noivado para Amy. Entretanto, Howard e Bernadette discordam sobre a remodelação da casa da infância dele.

Com Amy fora, num encontro com um homem misterioso, Sheldon pede ajuda a Howard e a Raj para arranjar nova namorada online.

Enquanto Howard concorda, relutante, em ser voluntário na Sopa dos Pobres com Bernadette, Raj e Emily, Sheldon e Amy passam o Dia de Ação de Graças juntos, no Aquário, como amigos.

Depois de endoidecer Leonard e Penny com as desesperadas tentativas de recordar o título de uma canção que tinha na cabeça, Sheldon tem uma revelação, quando percebe o porquê.

Depois de mais de cinco anos de namoro, Sheldon e Amy passam a primeira noite juntos; Bob Newhart regressa como o Obi-Wan de Sheldon, para o aconselhar.

Howard e Bernadette sentem o 'Síndrome do Ninho Vazio' depois de Stuart se mudar de casa, enquanto Penny arranja mais lenha para se queimar quando Leonard vai ter com uma psiquiatra em nome dela.

Depois de terem de lidar com Sheldon doente, Leonard, Penny e o grupo tentam regalar-se com um fim de semana sem Sheldon.

Sheldon fica exultante, com a visita da avó, mas o seu entusiasmo rapidamente se desvanece, quando ela entra em conflito com Amy.

Sheldon e Amy apresentam um episódio especial ao vivo de 'Diversão com Bandeiras' no Dia de S. Valentim; enquanto isso, Raj sente-se dividido entre Emily e a rapariga que conheceu na livraria de B.D..

Enquanto o grupo festeja a notícia da gravidez de Bernadette, Howard entra em pânico, convencido de que terá de ganhar mais dinheiro para sustentar o bebé.

Depois de nove anos juntos, o grupo festeja por fim os anos de Sheldon com alguns convidados especiais

Howard sente dúvidas sobre entrar numa parceria legal com Leonard e Sheldon para uma patente, enquanto Raj é aconselhado sobre encontros pelas raparigas, depois de se separar de Emily.

Amy is shocked at a revelation from Sheldon after she buys him a new laptop. Also, Koothrappali sells out Leonard and Wolowitz after they lie to their wives in order to attend an early screening of a movie.

Sheldon spills a secret of Leonard’s when the two take a weekend cabin trip with Penny and Amy. Also, when Koothrappali goes overboard with pregnancy gifts, Wolowitz and Bernadette must draw the line.

Everyone must choose sides when a small argument between Leonard and Sheldon erupts into a heated fight during a group get-together.

The gang goes to a wine bar and runs into Penny’s old boyfriend, Zack. Also, Bernadette gets stuck spending the evening with Sheldon when she can’t go wine tasting with the group, and things don’t go as planned when Koothrappali introduces his new girlfriend, Claire.

Sheldon hires Stuart to spend the day with Amy when he’d rather go to a movie screening. Also, Leonard’s mother, Beverly, comes to town and Penny struggles to make a connection with her.

Chaos ensues when Leonard’s recently divorced parents, Alfred and Beverly, and Sheldon’s devoutly religious mother, Mary, come to town. Also, Wolowitz and Koothrappali think the government is out to get them when they are contacted about their guidance system.