晴れて宇宙飛行士として国際宇宙ステーションに滞在することになったハワード。しかし、地上と変わらず宇宙でも、母親と結婚したばかりの妻バーナデットとの板挟みで苦しむ。一方エイミーは、シェルドンと付き合って2周年記念日のディナーを楽しみにしていたのだが…

ラージに誘われて、仲間たちと一緒に映画に出かけるスチュアート。シェルドンは、スチュアートをハワードとことごとく比較する。一方ペニーは、愛情はあるものの以前ほどの情熱をレナードに感じられず、わだかまりを抱えていた。

子供の頃に書いた大量の研究資料を読み返すのに助手を雇うことにしたシェルドン。シェルドンの意地悪な面接を突破し、採用されたアレックス。彼女は美人で、心からシェルドンを尊敬していた。

国際宇宙ステーションから戻ってくることが決まるハワード。バーナデットの寝室で久々の再会に盛り上がる2人だったが、アレルギーでバーナデットの体調がすぐれない。

オタクたちばかりのコミックストアのパーティーに行くのを億劫に感じていたペニー。それを聞いたバーナデットは、ペニーに恋人とはお互いに歩み寄るべきだとアドバイスをする。

コミュニティ・カレッジで歴史の授業を一講座受講することにするペニー。レナードに騒がれるのが嫌で黙っていたが、エイミーたちにバレたのをきっかけに、レナードに打ち明ける。案の定、レナードは必要以上に騒ぎ立て…

ウィル・ウィートンがゲストとしてシェルドンのネット番組に出演してくれることになる。しかし、ウィルの演技に監督のエイミーが理不尽なダメ出しを始め、ウィルは「ウザい女」と暴言を吐く。エイミーは怒って帰ってしまい…

毎日2時45分から3時5分までシェルドンが姿を消すことにハワードが気づく。ハワードとラージは、シェルドンがどこに行ってるのか気になり、真相を突き止めることにする。シェルドンがオフィスを出た後をつけると、大学の地下倉庫へと入って行った。

新車を購入したハワードに、大学の駐車場の294番を割り当てられる。そこは車を持っていないシェルドンの駐車場だったが、使っていないため、大学が利用者をハワードに変更したのだった。シェルドンは294番のスペースにこだわるが、学長に取り合ってもらえず…

葬式に出席するためシェルドンはエイミーの家に迎えに行くが、エイミーはインフルエンザで寝込んでいた。シェルドンはすぐに帰ろうとするが、「恋人協定」で約束していたため、エイミーの看病をすることになる。

男性陣はクリスマスが近い土曜の夜に、「ダンジョンズ＆ドラゴンズ」のボードゲームをする。レナードが用意したのは、「捕らわれたサンタを救い出す」というクリスマスをテーマにした内容のものだった。クリスマスが嫌いなシェルドンは不満を口にするが…

家でレナードとシェルドンが巨大ジェンガで遊んでいると、アレックスが訪ねてくる。アレックスはレナードとの会話の流れで、レナードを食事に誘うことに。レナードは、デートに誘われて舞い上がり、シェルドン、ハワード、ラージにそのことを報告するが…

ある週末、ベーカーズフィールドへ向かう道中で男性陣4人はバスケス・ロックスに寄り道をする。ここで「スタートレック」の撮影が行われたこともあり、4人はコスプレ用の衣装に着替えて記念撮影をするが、撮影を楽しんでいる隙に車を盗まれてしまう。

シェルドンとクリプキは偶然にも同じ題材で研究計画書の作成を進めており、大学側から共同で取り組むように言われてしまう。シェルドンはクリプキが嫌いな上、格下の相手と組むことを嫌がるが、二人はレポートを交換することに。読んでみると、クリプキのレポートの方がレベルが高く、シェルドンはひどく落ち込む。

シェルドンが、『ハリー・ポッター』を読んでいたレナードにネタバレを言ってしまったことで、口論を始める２人。不満が爆発したレナードは、ルームシェアを解消すると言い出し…

ペニーとレナード、ハワードとバーナデットの４人はバレンタインデーの夜、一緒にレストランで食事をすること。しかし、店に現れたハワードとバーナデットは不機嫌で…。一方、エイミーに贈るバレンタインのプレゼントをシェルドンはアレックスに買ってこさせる。

ラージは、コミックストアのパーティーで知り合ったルーシーとカフェで話していた。しかし、トイレの窓からルーシーが逃げ出し、ラージは置き去りにされてしまう。一方、シェルドンはネット番組「旗で遊ぼう」の撮影にペニーをゲストとして招く。シェルドンは、ペニーから演技指導を受け、それを撮影に生かすことに。エイミーは、そのことを聞いて…

大学での仕事の一環で、レナード、シェルドン、ハワードの3人は、女子中学生に科学の面白さを伝えて学ぶ意欲をかき立てるというシェルドンのアイデアを実践しようとするが…。一方ペニー、エイミー、バーナデットの3人は、平日に仕事をサボってディズニーランドに行くことに。

ハワードとバーナデットの寝室のクローゼットは物であふれかえり、ひどい状態。シェルドンにクローゼットを見せれば解決するとハワードが言い出す。潔癖症の性格のシェルドンなら、片づけずにはいられなくなるはずだが、バーナデットは反対していた。

オフィスで、タッパーマン教授が人知れず死亡していたことが分かる。そのことを伝えに来た同僚のクリプキは、終身在職権のポストが空いたことを不謹慎にも喜び、選考委員に取り入ろうとしていた。博士号を持つレナード、シェルドン、ラージの３人も終身在職権を狙うが…

シェルドンはテレビシリーズ『アルファズ』のシーズン３が始まる前に見直そうと、シーズン２の最終回を録画して大事に保存していた。しかし、シリーズが打ち切りになったことがわかると、ショックを受け…

レナードとシェルドンは子供の頃、プロトン教授が科学の実験をする番組が大好きだった。シェルドンは、そのプロトン教授をパーティーやイベントに呼べることをインターネットで発見し、家に来てもらえるよう依頼する。しかし、当日の訪問時間になっても現れず…

女性陣3人は、週末にラスベガスへ行き、男性陣４人は「ダンジョンズ＆ドラゴンズ」をして過ごす予定だった。しかしエイミーが、空港でボディーチェックのために体を触った係員を反射的に殴ってしまう。女性陣は飛行機に乗れなくなったので、戻ってきてみんなでゲームをすることに。

ホーキング博士の研究チームの調査隊に欠員が出たため、北海の船の上での４ヶ月の調査旅行にレナードが参加できることになる。シェルドンは、レナードが大きなチャンスを得たことに嫉妬してしまい、レナードに思いとどまらせようと海の危険性を説くが…