Vaikka treffit menivätkin hyvin, Pennyä mietityttää, voiko hänen ja Leonardin suhde onnistua. Hän tilittää huolensa vastahakoiselle Sheldonille ja pyytää tätä pitämään koko keskustelun salassa. Sosiaalisesti rajoittunut Sheldon ei kuitenkaan ole kovin hyvä säilyttämään salaisuuksia, eikä Valiumilla terästetty maito ainakaan paranna asiaa...

Nähtyään Pennyn toisen miehen seurassa Leonardkin päättää jatkaa elämäänsä ja päätyy treffeille Leslie Winklen, Sheldonin arkkivihollisen, kanssa. Jotta Leonard ja Leslie saavat kuherrella rauhassa, apea Sheldon joutuu viettämään iltansa rappukäytävässä seuranaan vain Super Mario.

Sheldon yrittää piristää masentunutta Pennyä opastamalla tämän barbaariaiheisen tietokonepelin saloihin, ja ennen pitkää Penny on täysin koukussa peliin. Loitsujen, taikamiekkojen, lumottujen porttien ja ilkeiden muumioiden ansiosta Penny unohtaa toki maalliset huolensa, mutta ikävä kyllä myös työvuoronsa, päivärytminsä ja henkilökohtaisen hygieniansa.

Raj saa mainetta ja pääsee People-lehteen löydettyään sattumalta uuden taivaankappaleen. Hänen tullessaan yhä ylimielisemmäksi ja itserakkaammaksi asian tiimoilta Leonard, Sheldon ja Howard eivät enää jaksa iloita hänen kanssaan. Sheldonille jopa hymyileminen on yllättävän vaikeaa.

Sheldonin ajokortittomuus alkaa ärsyttää Leonardia, Pennyä, Howardia ja Rajia, jotka joutuvat toimimaan Sheldonin kuskeina työmatkoilla. Yhdessä he päättävät pakottaa vastahakoisen Sheldonin ajokouluun. Mutta saadaanko neuroottisesta ja kireästä Sheldonista ikinä kelpoa kuskia?

Nuori opiskelijatyttö Ramona palvoo Sheldonin tieteellisiä saavutuksia ja tahtoo auttaa tätä tutkimustyössä. Aluksi Sheldon on tyytyväinen siihen, että hänen neroutensa viimeinkin tunnustetaan, mutta vähitellen Ramonan yli-innokas asenne ja tiukat säännöt alkavat käydä hänen hermoilleen. Viimeinen pisara on tietysti se, kun Ramona kieltää häneltä videopelit, sarjakuvat ja paintball-taistelut...

Penny erehtyy vahingossa koskemaan Sheldonin sipulirenkaaseen. Tuosta pienestä virheestä puhkeaa Pennyn ja Sheldonin välille suuri sota, joka alkaa porttikiellolla ja huipentuu puhelinlangalle heitettyihin pikkuhousuihin. Samaan aikaan Raj ja Howard päättävät hyödyntää satelliitteja paikantaakseen Huippumalli haussa -realitysarjan kilpailijoiden talon ja lähtevät tapaamaan kaunottaria.

Howard on kehitellyt uuden naistenhurmaamistaktiikan, jossa hyödynnetään silmälappua ja negatiivisia kohteliaisuuksia. Jostain syystä naiset eivät kuitenkaan tunnu innostuvan Howardin lähestymisyrityksistä. Leonardilla sen sijaan kerrankin käy liiankin hyvä flaksi. Sheldon keksii tavan, jolla kivi-paperi-sakset -leikistä saa hieman haastavamman: mukaan täytyy lisätä lisko ja Spock. Täysin loogista!

Leonardin ja Stephanien romanssi kukoistaa. Onnea varjostaa ainoastaan yksi este: Sheldon. Sheldonin mielestä Stephanie on juuri oikea nainen Leonardille, ja niinpä hän tekee kaikkensa saadakseen parin suhteen toimimaan. Ikävä kyllä Sheldon on sosiaalisesti ja romanttisesti sen verran rajoittunut, että tekee enemmän hallaa kuin hyötyä...

Stephanie on viime aikoina viettänyt yhä enemmän aikaa Sheldonin ja Leonardin luona. Kun Leonardin vaatekaappi on täyttynyt näteistä mekoista, sänkyyn on ilmestynyt kukalliset lakanat ja ikkunalaudalle tuoksukynttilöitä, Leonard viimein hoksaa, että hän ja Stephanie ilmeisesti asuvat yhdessä. Hän säikähtää suhteen pikaista etenemistä ja yrittää kertoa tunteistaan Stephanielle, mutta huonolla menestyksellä...

Joulu lähestyy, ja Penny ilmoittaa hankkineensa lahjat Leonardille ja Sheldonille. Sheldon järkyttyy pahemman kerran, sillä nyt hänen on puolestaan keksittävä Pennylle lahja, joka vastaa arvoltaan ja tunnelataukseltaan Pennyn hankkimaa lahjaa. Yliopiston uusin tutkija David on sekä älykäs että komea, ja onnistuukin herättämään Pennyssä yllättävän kiinnostuksen tiedettä kohtaan.

Leonard, Sheldon, Howard ja Raj ovat todella tyytyväisiä itseensä rakennettuaan upean tappajarobotin vuotuista robottikilpailua varten. Tarvitaan vain vähän hienosäätöä, ja robotti on valmis taistelutantereelle. Ikävä kyllä Pennyn suorat sanat saavat Howardin niin pois tolaltaan, että hän sulkeutuu huoneeseensa mököttämään päiväkausiksi. Muu tiimi on vaikean pulman edessä: miten viimeistellään robotti ilman Howardin insinöörintaitoja?

Edistääkseen tutkimustaan Sheldon päättää ystävystyä erään varsin epäsosiaalisen kollegansa kanssa. Sheldoninkaan ihmissuhdetaidoissa ei kuitenkaan ole kehumista, ja niinpä hän yrittää muuntaa lastenkirjoista oppimansa ystävystymisen alkeet yksinkertaiseksi algoritmiksi, jota noudattamalla jopa hänen pitäisi pystyä saamaan uusia ystäviä. Harmi vain, ettei ihmismieli ole kovin stabiili muuttuja missään yhtälössä...

Penny on rahapulassa, joten Leonard yrittää auttaa häntä järjestelemään raha-asioitaan ja Sheldon puolestaan lainaa auliisti rahaa. Pennyn tiliotteita selatessaan Leonard huomaa erään epäkohdan ja päättää puuttua siihen silläkin uhalla, että joutuu palaamaan kotiin ilman housuja...

Leonardin äiti Beverly saapuu vierailulle, eikä Leonard ole asiasta erityisen innoissaan. Maineikkaana psykiatrina ja tieteilijänä uraa tehnyt äiti ei nimittäin ole kovin kannustava tai lämmin poikaansa kohtaan. Kaiken lisäksi Beverlyn esittämät psykoanalyyttiset diagnoosit saavat Pennyn kyyneliin ja Rajin ja Howardin raivon partaalle.

Penny aiheuttaa kriisin naapureidensa huushollissa sotkettuaan vahingossa Sheldonin oman sohvatyynyn. Sheldon-parka ei osaa istua missään muualla. Samaan aikaan Howardilla on vipinää vastakkaisen sukupuolen kanssa.

Nörttinelikko suuntaa San Franciscoon osallituakseen tiedekonferenssiin, ja Sheldonin vaatimuksesta matka tehdään junalla. Leonard, Raj ja Howard eivät ole kovin innostuneita 11 tunnin matkasta kolisevassa junassa, kunnes samaan vaunuun istahtaa ihanainen Summer Glau, tuo kaikkien Terminator-fanien suuri rakkaus.

Penny alkaa askartelemaan kukanmuotoisia hiuskoruja myydäkseen niitä, mutta saa huomata, että hänen työtapansa eivät ole järin tehokkaat. Sheldon rientää apuun tuotantolinjan kehittelyyn, Leonard luo nettisivut kukkien myymiseen ja Raj ja Howard auttavat kukkien kuumaliimakokoamisessa. Huippuunsa hiotusta tuotanto- ja markkinointikoneistosta huolimatta tulos taitaa jälleen olla pannukakku...

Sheldon on kauhuissaan kun kuulee, että yläkertaan muuttaa uusi naapuri. Mitä jos uudet yläkertalaiset harrastavat vaikkapa tuubansoittoa tai puukenkätanssia? Penny puolestaan järkyttyy saadessaan selville, että uusi naapuri on nätti blondi. Uhkaako tulokas Pennyn asemaa nörttilauman kuningattarena?

Penny joutuu yhä syvemmälle nörttiystäviensä ihmeelliseen maailmaan, kun he vievät hänet sarjakuvakauppaan. Yllättäen kaupan tiskin takaa sarjakuvakirjojen keskeltä löytyykin varsin söpö mies nimeltä Stuart, ja pian Penny on sopinut treffit tämän kanssa. Mutta mikä Stuartissa oikein on hurmaavampaa kuin Leonardissa? Sitä ällistynyt Leonard ei kerta kaikkiaan ymmärrä.

Howard kärsii sydänsuruista Leslien jätettyä hänet, joten Leonard ja Raj päättävät piristää häntä viemällä hänet Las Vegasiin, tuohon kaikenlaisten paheiden välkkyvään ja kilisevään pesään. Sheldon puolestaan on innoissaan saadessaan viettää viikonlopun omassa ylhäisessä yksinäisyydessään, mutta joutuu muuttamaan suunnitelmaansa lukittuaan itsensä ulos asunnostaan.

Howard on kauhuissaan huomattuaan merkittävän virheen NASA:lle kehittelemänsä avaruusvessan toiminnassa. Vessa on jo lähetetty avaruusasemalle, joten odotettavissa on haistattelevaa palautetta... Stuart ja Penny suuntaavat toisille treffeille, mutta sitä ennen Leonard antaa kummallekin hieman kummallisia neuvoja sen suhteen, miten treffeillä kannattaa käyttäytyä.

Sheldon on innoissaan, kun hänelle tarjoutuu upea tilaisuus lähteä tutkimusretkelle pohjoisnavalle. Ylipuhuttuaan Leonardin, Howardin ja Rajin mukaansa Sheldon alkaa valmistautua kolmen kuukauden mittaiseen hyytävään koitokseen.