페니는 똑똑한 레너드가 대학을 나오지 않은 자신에게 실망할까 봐 전문대를 졸업했다고 거짓말을 하고, 그 사실을 쉘든에게 털어놓으며 고민 상담을 한다. 비밀을 지켜야 한다는 압박감에 시달리던 쉘든은 급기야 레너드에게 이사를 가겠다고 선언하고 짐을 싸서 친구 집으로 간다.

페니와 결별한 레너드는 레슬리와 다시 데이트를 시작하고, 셸든은 레슬리를 레너드와 갈라놓기 위해 애쓴다. 급기야는 페니에게 레너드와 다시 사귈 생각이 없냐고 묻지만 페니는 레너드와 친구로 남겠다고 말한다. 하지만 레슬리는 물리학 이론에 대한 견해 차이 때문에 결별을 선언하고 만다.

어느 날 쉘든은 집 앞에서 문을 못 열어 들어가지 못하고 쩔쩔 매는 페니를 집에 데려가 온라인 게임을 가르쳐 주고, 그 후로 페니는 온라인 게임에 중독되어 밤낮으로 쉘든을 귀찮게 한다. 페니 때문에 잠도 못 자고 일도 못하던 쉘든은 페니에게 남자를 소개시키려 하지만 그것마저 헛수고로 돌아가는데...

어느 날 라지가 피플 지에 실리게 됐다며 기뻐한다. 피플 지가 선정한 30세 미만의 촉망받는 30인의 인물에 라지가 포함된 것이다. 처음엔 라지의 성공을 기뻐하던 레너드와 쉘든, 하워드는 라지가 자꾸만 거만하게 굴자 라지를 멀리하게 되고, 파티에 함께 가자는 라지의 간청을 거절하고 만다.

레너드와 하워드, 라지와 페니는 매일 학교에 데려다 달라며 귀찮게 구는 쉘든에게 운전 면허증을 따라고 선언한다. 가까스로 운전면허 시험장에 간 쉘든은 면허국 직원을 열받게 해 임시 면허증을 따내고, 실기 시험을 위해 하워드가 고안한 시뮬레이션 기계로 연습을 하지만 곧 포기하고 마든데...

어느 날 페니는 쉘든의 양파링에 손을 댔다가 삼진 아웃을 당하고, 화가 난 페니는 쉘든과의 전쟁을 선언한다. 두 사람은 온갖 수를 써서 서로에게 악몽을 선사하고, 보다 못한 레너드는 페니에게 쉘든의 크립토나이트라며 쪽지를 건넨다. 결국 엄마의 전화를 받은 쉘든이 마지못해 페니에게 사과를 하게 된다.

하워드는 술집에서 만난 스테파니에게 화성의 차를 운전하게 해 준다고 꼬드긴다. 그런데 마스 로버가 배수로에 빠져 하워드는 레너드와 쉘든, 라지에게 도움을 청하고 레너드가 하워드 대신 스테파니를 집에 데려다 준다. 집에 가는 길에 레너드는 스테파니와 키스를 하고, 하워드 몰래 스테파니를 만나는데...

쉘든은 레너드와 스테파니가 헤어지지 않게 하려고 애를 쓴다. 레너드가 남성적인 모습을 보이면 스테파니가 사랑에 빠질 거라며 레너드에게 병 뚜껑을 열게 하다가 레너드는 그만 손을 베고 만다. 병원을 무서워하는 레너드는 오히려 스테파니 앞에서 약한 모습을 보이고 급기야 눈물까지 흘리는데...

스테파니와 함께 살다시피 하는 레너드는 처음엔 자신이 스테파니와 함께 산다는 것을 인정하지 않지만 점점 현실을 깨닫고 겁에 질린다. 하지만 함께 사는 것이 불편하면서도 스테파니에게 나가라고 하면 스테파니에게 차일까 봐 두려워 꾹 참고 있는데...

크리스마스를 맞아 페니는 쉘든과 레너드의 선물을 준비하지만 쉘든은 자신도 같은 가치의 선물을 줘야 한다며 불만을 표시한다. 한편, 작년에 맥아더 장학금을 받은 잘생긴 데이비드가 나타나 레너드에게 같이 실험을 하자는 제안을 하고 레너드는 기뻐하지만 그가 페니에게 관심을 보이기 시작하는데...

쉘든과 레너드, 하워드와 라지는 로봇 대회에 나가기 위해 로봇을 만들고, 같은 학교에 다니는 크립키의 로봇 결투 신청을 얼떨결에 수락하고 만다. 하워드는 페니가 한 말 때문에 상처를 받고, 하워드가 걱정되는 레너드는 페니에게 하워드와 얘기해 보라고 애원한다.

크립키가 관장하는 OSG 컴퓨터를 연구에 사용하고 싶은 쉘든은 그의 친구가 되기로 결심하고 갖은 노력을 하지만 쉽지만은 않다. 친구들을 대상으로 설문 조사도 하고, 최신 이론서를 사기 위해 서점에도 간다. 결국 쉘든은 친구 사귀기 알고리즘을 만들어 크립키와 가까워지기에 돌입하는데...

페니가 돈이 없어 집세를 못 낸다는 걸 안 쉘든은 모아놨던 돈을 페니에게 빌려준다. 곧 레너드가 그 사실을 알고 페니에게 생활비를 줄일 것을 제안하다가 페니의 옛 남자친구인 커트가 페니에게 큰돈을 빌렸다는 사실을 알게 된다. 곧 레너드는 페니를 위해 커트에게 가서 돈을 돌려달라고 말하는데...

레너드의 어머니가 레너드의 집을 방문한다. 정신과 의사인 비벌리 호프스태터 박사는 페니의 어린 시절의 상처를 끄집어내 그녀를 술독에 빠뜨리고 레너드는 죽을 맛이다. 결국 참다 못한 레너드는 자신을 놀리는 친구들에게 복수의 칼날을 빼든다.

어느 날 하워드는 쉘든, 라지, 레너드와 함께 서바이벌 게임을 하다가 레슬리와 섹스를 하게 된다. 곧 레너드와 라지, 쉘든은 예산이 삭감됐다는 소식을 듣지만 하워드는 레슬리 덕분에 새 실험 장비를 살 수 있게 되어 기뻐한다. 한편 페니는 쉘든의 쿠션에 실수로 페인트볼 총을 쏴 염료를 묻히고 마는데...

쉘든과 라지, 레너드, 하워드는 샌프란시스코에서 열리는 심포지엄에 참석한다. 기차가 출발한 후 플래시 드라이브를 깜박한 것을 깨달은 쉘든은 집으로 다시 돌아가야 한다며 안절부절한다. 레너드는 페니에게 플래시 드라이브에 있는 쉘든의 논문을 이메일로 보내 달라고 부탁하라고 제안한다.

페니는 페니 블라섬이라는 머리핀을 만들어 팔겠다며 사업이 잘 되면 웨이트리스를 그만두겠다고 하고, 쉘든은 페니에게 제조 과정을 개선할 것을 제안한다. 결국 하워드와 라지, 레너드도 합세해 인터넷 쇼핑몰을 만들고 금세 페니 블라섬 1,000개의 주문이 들어오는데...

어느 날 쉘든과 레너드의 집 위층에 알리샤라는 배우 지망생이 이사를 오고 알리샤는 자신에게 반한 레너드와 하워드, 라지에게 짐을 들어 달라고 하고 가전기기를 연결해 달라고 하는 등 온갖 잡일로 부려먹는다. 이를 보다 못한 페니는 알리샤에게 친구들을 이용하지 말라고 경고하는데...

페니는 레너드와 함께 만화 가게에 갔다가 만화 가게 주인인 스튜어트에게 연락처를 주게 되고, 곧 두 사람은 데이트를 한다. 이 모습을 본 레너드는 절망한 나머지 하워드에게 술집에 가서 여자들을 만나게 해 달라고 한다. 하지만 술집에 간 하워드와 레너드는 계속 여자들에게 퇴짜만 맞는데...

레슬리가 결별을 선언하자 하워드는 크게 상심하고, 보다 못한 레너드는 하워드를 위로하기 위해 라지와 함께 라스베가스로 향한다. 라스베가스에 도착한 레너드와 라지는 방안에 틀어박혀 우울해하는 하워드를 위해 바에서 우연히 만난 아름다운 창녀를 고용한다.

레너드는 페니와 두 번째 데이트를 하게 됐다는 스튜어트가 조언을 구하자 데이트를 방해하고 싶은 마음에 엉터리 조언을 한다. 하지만 곧 양심의 가책을 느낀 레너드는 스튜어트에게 가서 사과하고, 스튜어트에게 페니가 레너드의 이름을 불렀다는 사실을 듣게 되는데...

쉘든은 국립 과학 재단에서 자신의 북극 탐사를 지원하게 됐다는 소식을 알린다. 쉘든 없는 여름을 보내게 됐다는 기쁨도 잠시, 하워드와 라지, 레너드는 곧 북극에 같이 가자는 쉘든의 말에 고민하지만 좋은 기회라고 생각한 레너드의 설득에 세 사람은 결국 제안을 수락한다.