記念すべき初めてのデートから帰ったペニーは頭脳明晰なレナードに引け目を感じていた。シェルドンに相談したペニーは、コミュニティ・カレッジを卒業したとレナードにウソをついたことを打ち明ける。秘密を打ち明けられたシェルドンは、秘密を守ることのプレッシャーに耐えかねて、レナードの前で不自然に振舞ってしまう。

結局、付き合うのをやめたレナードとペニー。早速、ペニーには新しい彼氏が見つかる。それを見たレナードは、これで心置きなく自分も彼女を探せると強がってみせる。そんな時、レナードがペニーと別れたことを知った同僚レズリーが、よりを戻そうとアプローチを始める。

惑星体を発見した功績を認められたラージが、ピープル・マガジン誌に掲載されることになる。喜んだラージは鼻高々だが、シェルドンは例によって例のごとく他人の成功を評価せず、加えてレナードとハワードも、あまりにも鼻持ちならないラージの態度に不愉快な気分になる。

レナードが徹夜で実験を始めたため、職場へ送ってもらえなくなったシェルドンは、ペニーに強引に頼み込んで車で送ってもらう。ペニーはエンジン点検ライトが点灯していても無頓着で、減速バンプでもスピードを落とさない。シェルドンは荒っぽいペニーの運転が気になって仕方なく、しきりにペニーに注意を呼びかけるが、全く聞く耳を持ってもらえない。

季節は秋、大学は新入院生を迎え、レナードとシェルドンはそれぞれの専門分野の説明を学生たちにすることに。するとシェルドンに感銘した女子院生ラモーナがシェルドンの元に現れた。ラモーナはシェルドンの今後の研究成果に興味津々で、部屋まで押しかける。シェルドンに女子学生という世にも珍しい組み合わせに、仲間たちは興味津々で見守るが…

リビングルームでみんなで揃って食事時に、ペニーはシェルドンの食事にうっかり手を触れ、部屋から追放される。レナードは、シェルドンに謝るようペニーを諭すものの、納得できないペニーは宣戦布告を宣言。エスカレートする一方の2人のケンカを見かねたレナードが、とうとう奥の手を出す。

ハワードは、バーで引っ掛けたステファニーに「火星の探査機を運転させてあげる」と誘い掛け火星無人探査機制御室に連れ込んだ。しかし遠隔操作に失敗して探査機を火星の溝に落としてしまい、のっぴきならない状況に、レナードたちを呼び出す。

レナードが付き合い始めたステファニーのことを気に入ったシェルドンは、2人の付き合いを持続させようとあれやこれやと画策する。レナードがヘマをしないか見守るため、2人のデートに自分も参加したり、ペニーやハワードたちに相談を持ちかけたりして、結局騒ぎを大きくしてしまう。

レナードとステファニーは急速に仲を深め、ほぼ同棲状態に。部屋に入り浸りのステファニーを見て、シェルドンはレナードに、以前取り決めておいた同棲に関する付帯条項の確認を求める。しかし、レナードはステファニーと一緒に暮らしているという自覚がない。

クリスマスのシーズンがやってきた。レナードはイケメンで優秀な物理学者デビッドと組んで実験を進めることになる。しかしデビッドのバイクに乗ろうとしてバイクの下敷きになり、足を痛める。デビッドの肩を借りてアパートの階段を上っていると、ペニーが現れ、ペニーとデビッドは意気投合してしまう。

シェルドンたちはロボット・ファイティング・リーグに備え、ロボット「モンティ」を作っていた。そんな時、相変わらず卑猥なトークで迫って来るハワードにとうとうキレたペニーは、ガツンときつい言葉を浴びせ、それに傷ついたハワードは家に引きこもって出て来なくなる。モンティの改良にはエンジニアのハワードが必要なのだが…

シェルドンはグリッドコンピューターを使いたいため、使用を管理している同僚のクリプキと友達になろうとするが作戦失敗する。そこで、子供の絵本から一連のプロセスを導き出したシェルドンは、クリプキに電話をかけ、友情を築くため共通の趣味などで一緒に何かをしようとするが…

家賃を滞納中のペニーが、大家の姿を見かけ、慌ててシェルドンの部屋に逃げ込んで来た。給料も減り、車の修理代で金欠だと言うペニーに、シェルドンはへそくりから何とも気前よくお金を貸す。レナードは、実はペニーが元カレのカートの罰金を肩代わりしたために金欠に陥っていると知り、仲間を連れてカートの元へお金を取り返しに行くが…

レナードの元へ母親のビバリーが様子を見にやってきた。神経科学が専門で精神科医のビバリーは、人の心の奥にズケズケと入り込み、歯に衣着せぬ分析で、出会ったばかりのペニーを早速泣かせてしまう。レナードはもちろん、ハワードもラージもビバリーの辛らつな発言に傷つき圧倒されるが、シェルドンだけはビバリーと意気投合し…

レナードたちはペイントボールを楽しむ。作戦会議を欠席したために、敵に包囲された納屋に取り残されたハワードは、駆け込んできたレズリーに誘惑され…。一方ペニーはリビングでペイントボール銃を見つけ、誤ってシェルドンの定位置であるソファーのクッションにペイント弾を撃ってしまい、大慌てで何とか元に戻そうとするが…

レナードたちはシンポジウムに出席するため、サンフランシスコへ行くことになった。シェルドンの独断で交通手段は飛行機ではなく列車に決定。この独断に大ブーイングの3人だったが、ターミネーターのキャメロン役サマー・グローが同じ車両に乗車してきたため、一同色めき立ち…

ヘアクリップ作りの新ビジネスを始めたペニー。得意気にシェルドンに報告するが、あまりにも利益が薄いことを指摘され、シェルドンにアドバイザーになってもらう。そこへ現れたレナードたちも仲間に引き入れ、販売と流通の道も開拓。レナードが作ったネット通販のウェブサイトはひどい出来だったが、何故か早速注文が入り、ペニーは大喜びだったが…

レナードたちの上の部屋に新しい住人が引っ越してきた。シェルドンは騒音などで迷惑をかけられないか、神経質に身構える。越してきた住人はスラッとした美女、アリシア。レナードは初対面でメロメロになり、ハワードとラージも引っ越しの整理を甲斐甲斐しく手伝う。一方、仲間が構ってくれなくなり、寂しいペニーは…

レナードたちは、マンネリから脱するため、毎月第3木曜を「何でもありの木曜日」と設定し、いつもと違う行動をとることに。バーに出かけてナンパしようと発奮するが、結局勇気は出ず、水曜の定番、コミックストアへ行くことに。ペニーも甥のプレゼントを買うため一緒に行くことになるが、そこでコミックストアの店長スチュアートと意気投合し…

レナードたちは、レズリーに捨てられたハワードを慰めるため、ラスベガスに行くことを決める。興味のないシェルドンは1人居残ることを選択。シェルドンは自由を謳歌しようとするが、買い物から帰宅すると、鍵を室内に置き忘れたことに気づく。

ペニーとコミックストアのオーナー、スチュアートは2回目のデートを楽しむことに。レナードは内心面白くないが、スチュアートとペニーそれぞれから個別に相談を受け、わざと2人の仲がうまくいかないようなアドバイスをする。

シェルドンが国立科学財団に提出していた助成金申請書が認められ、研究のため3カ月北極探検に参加するが決まった。レナードたちはシェルドン抜きの夏を過ごせると喜ぶが、シェルドンは3人に同行を提案。シェルドンからその件を聞いたペニーは、3カ月も留守にする事に対し、レナードから何も報告がなかった事が正直面白くない。