Leonard og Penny kommer tilbake fra date, men den ender litt merkelig fordi Penny ønsker å ta ting mer med ro. Mens Leonard lever sitt liv som normalt, lurer Penny nå på om hun er smart nok for Leonard siden hun ikke har noen av de samme interessene som ham. Penny spør Sheldon om råd og forteller ham til og med en hemmelighet. Men når det viser seg at Sheldon ikke klarer å holde på hemmeligheten kan forholdet mellom Leonard og Penny være ødelagt.

Etter at Leonard ser Penny med en ny type, finner han ut at det er på tide å komme seg videre i livet. Når Leslie Winkle kommer inn i laboratoriet, inviterer hun Leonard til å ha et forhold. Men siden Sheldon hater Leslie og Penny ønsker at de skal gjøre det slutt, gir Sheldon Penny råd - som ikke gir de ønskede resultater. Forholdet går på smell når det viser seg at Leonard støtter Sheldons vitenskap fremfor Leslies teorier.

Penny blir deprimert fordi hun synes hun mislykkes i alt her i livet. Guttene forsøker alt for å få henne til å føle seg bedre, uten resultater. Men når Penny ser Sheldons spill "Age of Conan", blir hun avhengig av å spille det.

Når Koothrappali oppdager en ny planet, blir han hedret med "30 under 30"-prisen fra People Magazine. Guttene inviterer ham ut på middag for å feire, men det er en person som ikke klarer å vise sin støtte; Sheldon. Han mener at det er feil å motta en pris for noe man ikke har skapt. Koothrappali selv blir så høy på pæra at de andre begynner å unngå ham. Samtidig inviterer Koothrappali Penny med på People Magazine-fest, men siden han bare klarer å snakke til henne når han er full, setter det en stopper for vennskapet.

Leonard gjør eksperimenter der han har behov for å bruke en laser som bare er tilgjengelig om natten, og er derfor ikke i stand til å kjøre Sheldon til og fra jobben på morgenen. Sheldon, som ikke kan kjøre bil, må lete etter hjelp andre steder, noe som skal vise seg å ikke være så lett.

Sheldon befinner seg i en merkelig situasjon etter å ha holdt tale på et studentseminar; ei jente tilbyr seg å hjelpe ham med researchen. Sheldon trenger ikke hjelp, men får henne i stedet til å gjøre alt hans daglige arbeid. Men da hun blir for pågående og til og med går så langt at hun vasker føttene hans mens han jobber, søker Sheldon råd hos Penny for å bli kvitt henne. Men det er vanskeligere enn han hadde trodd.

Penny har store problemer med å tilpasse seg husreglene. Når Penny får tre strikes, blir hun bannlyst og får ikke engang snakke til Sheldon mer. Noe som setter Leonard i en vanskelig situasjon når han må velge hvem han skal støtte. Penny erklærer krig mellom dem, og deres svake sider kommer fram.

Wolowitz har nok en gang rotet det til. Han inviterer Stephanie til å kjøre Mars Roveren, men så setter den seg fast i grøfta. Nå trenger han hjelp fra de andre guttene, men han ønsker også at noen skal ta vare på Stephanie, og Leonard kjører henne hjem. Men da Leonard og Stephanie kysser i bilen og starter et forhold, blir Wolowitz sint og begynner å ignorere dem begge.

Forholdet mellom Leonard og Stephanie går ganske bra, men Sheldon liker henne veldig godt og er redd for at Leonard ikke er mann nok. Han arrangerer derfor en situasjon der han trenger hjelp fra Leonard for å få ham til å gjøre inntrykk på Stephanie.

Da Penny avslører sannheten om Leonard og Stephanies forhold; at de bare dater fordi hun liker ham, bestemmer Penny seg for å snakke med Leonard om saken.

Leonard møter David Underhill, en prisvinnende forsker som er Leonards rake motsetning - kjekk, kul og intelligent. Og han settes i den verst tenkelige situasjon da David og Penny blir mer enn venner.

Etter at Kripke utfordrer dem til en robotduell, bygger guttene roboten MONTE, med egenskaper som gjøre at den kan drepe. Men da roboten taper konkurransen, blir guttene ydmyket foran Kripke. Penny forteller endelig Howard hva han synes om hans uforskammede oppførsel overfor kvinner. Dette tar han veldig tungt og får ham til å tenke på alle kjærlighetsproblemene han har hatt.

Da Sheldon finner ut at Kripke er den eneste personen som kontrollerer en ny superdatamaskin ved universitetet, bestemmer han seg for å bli venn med ham. Men hvor lenge varer vennskapet når det avsløres at Kripke i virkeligheten ikke har noen kontroll over supermaskinen?

Etter at Penny får pengeproblemer, låner Sheldon henne penger selv om hun ikke liker det. Leonard bestemmer seg for å finne ut grunnen til krisen, og oppdager snart at ekskjæresten hennes, Kurt, skylder henne penger han ikke har gitt tilbake. Leonard tar med seg resten av guttene for å ta dette opp med Kurt, men ting går ikke helt som planlagt.

Da Leonards mor Beverly kommer på besøk tar hverdagen for guttene og Penny en uventet vending. Penny begynner å gråte som en liten jente, Leonard blir så sliten at han tilbringer mye tid i Pennys leilighet, Sheldon synes Beverly er en usedvanlig behagelig person og Beverly tror at Rajesh og Howard er i et homoseksuelt forhold.

Penny skyter, ved et uhell, en paintballkule på Sheldons pute i sofaen, noe som skaper store problemer. Samtidig starter Leslie og Howard et seksuelt forhold, men Howard er usikker på om han bare blir brukt som et sex-objekt. Men så viser det seg at Leslie er villig til å bruke penger på hans forskning. Hva gjør han nå?

Om bord på et tog på vei til en konferanse i San Francisco sliter alle guttene med hvert sitt problem. Mens Sheldon bekymrer seg for papirene han har glemt hjemme, forsøker Leonard å sove. Samtidig prøver Koothrappali og Howard seg på en skuespiller de har sett på toget (Summer Glau fra "The Terminator), men klarer ikke å bli enige om hvem av dem som skal få henne.

Penny ønsker å starte sin egen forretning og lage hårspenner hun kaller "Penny-blomster". Men siden hun ikke har noen kommersiell erfaring, får hun hjelp fra guttene, spesielt Sheldon. Men klarer hun en bestilling på tusen blomster til neste dag? Samtidig blir Sheldon hyperaktiv etter å ha drukket sin første kopp kaffe.

Penny føler seg truet da ei ny, pen jente flytter inn i leiligheten over guttene og helt tydelig bruker utseendet sitt for å få hjelp fra dem. Penny, som ikke lenger får noe oppmerksomhet fra guttene, bestemmer seg for å ta en prat med den nye jenta.

Da Stuart, selgeren i tegneseriebutikken, sjarmerer Penny og får henne til å gå ut med ham blir alle forundret over hvordan han fikk det til. Leonard fortviler over at Penny ville gå ut med Stuart og ikke ham, men han får senere muligheten til å tilby henne en trøstende skulder. Samtidig går Howard og Koothrappali på bar for å sjekke damer, med vekslende hell.

Da Leslie gjør det slutt med Howard blir han så knust at han går med på å bli med Leonard og Koothrappali til Las Vegas. Det viser seg å bli vanskelig å få ham med ut av leiligheten siden han bruker all sin tid på å spore Leslies nettaktiviteter. Samtidig låser Sheldon seg ute og må tilbringe natten hos Penny.

Da Sheldon møter Dean på universitetet og blir spurt om han vil lede en arktisk ekspedisjon til Nordpolen, spør han vennene sine om de vil være med. Under sterk tvil bestemmer de seg for å bli med, men begynner fort å angre når treningen starter. Da Penny finner ut at de skal reise bort bestemmer hun seg for å vise Leonard hva hun føler ved å strikke et skjerf til ham.