Sheldon podejrzewa swoją matkę o romans z Alfredem. Rodzina Penny przyjeżdża do Kalifornii na ponowny ślub córki.

Howard mówi Leonardowi i Sheldonowi o wojskowym kontrakcie. Przed spotkaniem z pułkownikiem Wiliamsem, mężczyźni skontaktować z prawnikiem. Penny przypadkowo zdradza informację o ciąży Bernadette.

Leonard i Howard zmagają się do późna z projektem rządowym i przysypiającym Sheldonem. Następnego dnia zmęczonego Coopera Flash, który namawia go do wypicia napoju energetycznego. Amy zabiera Penny na imprezę, którą okazuje się spotkaniem naukowym u geologa Berta, który niegdyś podkochiwał się w neurobiolożce. Raj namawia Bernadette do przygotowania pokoju dla dziecka. Kobieta nie czuje szczęścia z bycia ciężarną. Z pomocą przychodzi ojciec Raja, który jest ginekologiem.

Mieszkanie Amy zostanie zalane. W związku z tym postanawia przez 5 tygodni mieszkać ze swoim chłopakiem w mieszkaniu Penny. Nie wszystko układa się po ich myśli. Leonard i Penny upajają się brakiem kłopotliwego współlokatora. Rajesh poznaje płeć dziecka Wolowitzów. Bernadette i Howard nie mogą się zdecydować, czy chcą poznać tę tajemnicę.

Penny dostaje zaproszenie na Comic-Con w Van-Nuys, po namowach męża postanawia wziąć w nim udział. Howard czuje kopnięcia dziecka w nocy. Wpada w euforię, robiąc z Rajem zakupy - drogiego łóżeczka i nowego minivana. Tymczasem Sheldon, po rozmowie z Amy, zaskakuje ją, robiąc imprezę w mieszkaniu, na którą zaprasza Stuarta, Berta i panią Petrescu z drugiego piętra. Podczas konwentu Leonard zaskakuje uczestników opowiadając o swoim związku z Penny. Podczas imprezy Sheldon obraża Stuarta, a następnie próbuje go przeprosić wznosząc za niego toast. Ostatecznie mężczyźni znajdują wspólny język po tym jak doprowadzają się stanu skrajnego upojenia alkoholowego.

Sheldon i Amy nagrywają pierwszy odcinek "Zabawy z flagami" we wspólnym mieszkaniu z udziałem kapeli Howarda i Raja. Bernadette zdradza, że mieszkanie Amy zostało wyremontowane już jakiś czas temu, a ona okłamuje Sheldona, by dłużej z nim mieszkać. Przy okazji okazuje się, że Penny od pewnego czasu chowa gadżety Leonarda do piwnicy.

Amy udaje się utworzyć układ nerwowy bazując na swoich i Sheldona komórkach skóry. Badania na nich dają bardzo dobre wyniki, co wprowadza Sheldona w taką ekstazę, że próbuje namówić swą dziewczynę na starania o dziecko. Raj poznaje w pracy Isabellę, która pracuję na Caltecu jako sprzątaczka. Zaczyna ją podrywać i przygotowuje dla niej kolację. Nie wszystko jednak idzie po jego myśli.

Bert otrzymuje prestiżowe wyróżnienie o które zazdrosny jest Sheldon. Cooper próbuje na różne sposoby radzić sobie z irracjonalną zazdrością. Howard prezentuje przyjaciołom miniaturę Stephena Hawkinga, który wykonuje ewolucje na wózku inwalidzkim. Zabawka nie przypada do gustu nikomu poza Barry'emu Kripke. Leonard organizuje Sheldonowi rozmowę z profesorem Hawkingiem. Naukowiec pomaga Cooperowi poradzić sobie z zazdrością o sukcesy innych.

Sheldon i Leonard próbują podzielić swoje rzeczy, które wspólnie nabyli przez ostatnie 13 lat. Na tym tle między byłymi lokatorami dochodzi do kłótni i serii złośliwości z obu stron. Stuart ponownie wprowadza się do Howarda i Bernadette. Aby odwdzięczyć się za gościnę, mężczyzna pomaga w pracach domowych, rywalizując w tym z Rajem. Sheldon aby zrobić na złość Leonardowi, wynajmuje swój pokój bezdomnemu.

Z okazji urodzin Amy, Sheldon oprócz prezentu proponuje także intymne zbliżenie. Randka zostaje jednak przerwana po tym jak przyjaciele dowiadują się o tym, iż Bernadette została zabrana przez Howarda, Stuarta i Stuarta do szpitala. Kiedy Sheldon, Amy, Penny i Leonard zbiegają do samochodu, zostają zawróceni, po tym jak okazuje się iż akcja porodowa się jeszcze nie rozpoczęła. Tej samej jednak nocy dochodzi do porodu, Bernadette wydaje na świat córeczkę o imieniu Halley.

Bohaterowie serialu opowiadają jak spędzili Święta. Amy i Sheldon relacjonują wypad do Teksasu, podczas którego powiedzieli mamie Sheldona, o tym iż mieszkają razem. Leonard i Penny opowiadają o swoich przygodach podczas zdobywania choinki, podczas gdy Bernadette i Howard dzielą się z przyjaciółmi informacjami o swoim dziecku.

Małżeństwo Leonarda i Penny przeżywa kryzys. Kobieta dostaje w prezencie od pracodawcy weekend w spa, na który zabiera Amy. Do ośrodka dojeżdża także Leonard, który zabiera ze sobą Sheldona. Howard i Raj pracują nad rozwiązaniem problemu skrzypiącej podłogi w pokoju Halley.

Sheldon otrzymuje od MIT eksperymentalne urządzenie, które wykrywa emocje innych osób. Z jego pomocą Sheldon odkrywa, iż Leonard i Penny kłócą się z powodu brata kobiety, który chciałby tymczasowo zamieszkać w mieszkaniu Leonarda. W międzyczasie Raj zaprasza do siebie swoje byłe dziewczyny, po to by dowiedzieć się dlaczego nie może sobie znaleźć nowej dziewczyny. Kobiety wyjawiają brutalną prawdę na temat wad Raja. Howard chcąc pocieszyć przyjaciela oświadcza mu, iż jeżeli rozstanie się z Bernadette, zostanie jego partnerem.

Leonard, Sheldon i Howard kończą urządzenie nawigacyjny dla wojska. Sheldon stwierdza, iż można by było urządzenie zmniejszyć, ale wymagałoby to dodatkowej pracy. Leonard i Howard chcąc zniechęcić Sheldona do dodatkowej pracy, kupują mu wycieczkę podczas której mógłby poprowadzić pociąg. Pułkownik Williams dowiedziawszy się o pomyśle Sheldona, nakazuje pomniejszenie urządzenia. Leonard i Howard zostają sami z dodatkowym zadaniem i muszą zmotywować Sheldona do powrotu do pracy. W międzyczasie Amy i Penny zabierają Bernadette na wspólny wieczór, po to by kobieta mogła odpocząć o obowiązków macierzyńskich. Małą Halley zajmują się Raj i Stuart.

Amy i Sheldon udają się na randkę do lokalu. Dosiada się do nich Bert, który został wcześniej wystawiony przez poznaną przez Internet partnerkę. Bert wyjawia, iż Sheldon rozpowiada na uniwersytecie o swoim życiu seksualnym. Amy jest zła na swojego chłopaka, za to iż opowiada o ich relacji intymnej. Sheldon starając się naprawić sytuację, wyjawia Amy swój sekret o tym, iż dwa lata wcześniej zdał na prawo jazdy, ale nikomu o tym nie powiedział Ojciec oświadcza Rajowi, iż nie będzie go już wspierał finansowo.

Raj nie ma funduszy by pojechać na Comic-Con. Mężczyzna próbuje dorobić, sprzedając swoje pamiątki i pracując u Stuarta. Penny również chce jechać na imprezę komiksową, co nie podoba się Leonardowi. Howard nadgania obowiązki domowe, po to by uzyskać zgodę żony na wyjazd.

Raj popada w coraz większe kłopoty finansowe i zmuszony jest zwolnić swoje mieszkanie. Penny i Leonard oferują mu pokój, który pozostał po Sheldonie. Cooper słysząc o planach przyjaciół zaczyna czuć niepokój, wiedząc iż jego były pokój zostanie wynajęty. Mężczyzna prosi Beverly o konsultacje psychiatryczne, podczas których dowiaduje się iż utrata starego pokoju oznacza dla niego brak możliwości ucieczki ze związku z Amy.

Sheldon i Amy pracują nad tematem kopenhaskiej interpretacji mechaniki kwantowej. Dobra atmosfera pracy paradoksalnie źle wpływa na jej jakość. Para postanawia, wzmocnić kreatywność poprzez wzajemne obrażanie się. W tym czasie Leonard jest przygnębiony tym, jak dobrze Raj dogaduje się z Penny. Mężczyzna prosi o poradę Howarda i Bernadette.

Sheldon przepracowuje się, pracując nad projektem dla wojska oraz współpracując z Amy, chorując także na przeziębienie. Mężczyzna budzi się kolejnego dnia z dziurą w pamięci. Okazuje się, iż dzień wcześniej bawił się w lokalu w stylu westernowym, w którym zostawił notatki na temat projektu wojskowego. Bernadette czuje się źle, w związku z tym iż wraca do pracy i zostawi Halley samą. Howard stara się pocieszyć żonę.

Bert zakłóca nagranie odcinka "Fun with Flags" aby pochwalić się, iż ma dziewczynę – trenerkę personalną o imieniu Rebecca. Wkrótce mężczyzna przedstawia swoją wybrankę przyjaciołom. Okazuje się, iż kobieta jest z Bertem tylko dla pieniędzy, wobec czego przyjaciele przekonują mężczyznę by ją zostawił. Niedługo potem Bert ponownie zakłóca program "Fun with Flags", oznajmiając iż po rzuceniu Rebeccy, aby zdobyć ją z powrotem, musiał jej kupić motorówkę. W międzyczasie Howard, Bernadette i Stuart są zasmuceni, z powodu oddania Halley do uczelnianego przedszkola. Howard i Stuart zabierają ją pierwszego dnia pobytu w przedszkolu do Akwarium.

Sheldon przez granie w gry komputerowe traci bystrość umysłu. Mężczyzna próbuje różnych metod, by wrócić do formy: piecze ciasto z Rajem, żongluje z Howardem i próbuje jazdy na monocyklu. Amy radzi mu, by spróbował bardziej skupić się na życiu. W międzyczasie Zack, były chłopak Penny, proponuje jej pracę. Leonard niechętnie wspiera żonę w podjęciu decyzji o nowej pracy. Oferta okazuje się być jednak nieaktualna, po tym jak obecna dziewczyna Zacka wybija mu z głowy pomysł zatrudnienia jego byłej. Howard jest zmęczony zachowaniem Bernadette, która naśmiewa się z jego sztuczek magicznych.

Po tym jak Sheldon, Leonard i Howard kończą pracę nad żyroskopem dla wojska, urządzenie zostaje od razu skonfiskowane przez służby. Niepowodzenie w pracy, przekłada się na konflikt w małżeństwie Wolowitzów. Raj wyprowadza się od Penny i Leonarda by zamieszkać w garażu Berta. Amy dostaje ofertę letniego wyjazdu służbowego do Princeton. Sheldon początkowo źle przyjmuje tę wiadomość, jednakże ostatecznie namawia partnerkę by przyjęła tę pracę.

Po tym jak Amy opuszcza Pasadenę, Sheldonem zaczyna się interesować ponownie doktor Nowitzki. Przyjaciele Sheldona informują o tym Amy, jednakże sam Sheldon bagatelizuje całą sprawę, twierdząc iż tak atrakcyjna kobieta jak Ramona Nowitzki nie może być nim zainteresowana. Ostatecznie jednak, Sheldon orientuje się, iż doktor naprawdę jest nim zainteresowana, po tym jak kobieta całuje go. Mężczyzna od razu po tym wydarzeniu udaje się do New Jersey, gdzie oświadcza się Amy.