レナードとシェルドンはカリフォルニア工科大の物理学者、アパートで同居中。IQが高く頭はいいけど、世間一般からはちょっとズレてるオタク青年。ある日、向かいの部屋にセクシーな美女ペニーが越してくる。レナードは彼女に一目ぼれしてしまい、シェルドンの反対を押し切ってランチに招待するが…？！

ペニーの留守中に届く家具を受け取るため、レナードたちはペニーの部屋の合鍵を預かる。レナードがここまでするのには下心がない訳でもない。2人は家具を受け取り、エレベーターが故障中のため、苦労して階段で運び部屋に入れる。ペニーの部屋は乱雑に散らかっていた。気になって仕方ないシェルドンは勝手に片付け始め…

廊下でペニーが男とキスしているのを見てショックを受けるレナード。もうペニーは忘れると宣言して、同じラボの同僚レズリーをデートに誘う。レズリーは手っ取り早くキスして相性を確かめる事を提案するが…

シェルドンは学部パーティーで新学部長ゲーブルハウザー博士を愚弄し、仕事をクビに。この機会に仮説の証明を思い立ったシェルドンは、早速スクランブルエッグで卵の実験を開始。そこへ買い物に行くというペニーが訪ねてきて、卵を買い足しに一緒にスーパーへ行く事になるが…

ペニーが働くチーズケーキファクトリーに食事に来たオタク青年4人組。そこへ偶然レズリーが現れ、レナードを弦楽カルテットに誘う。ペニーは、レナードとレズリーがお似合いのカップルだと言うが、そう言われたレナードの胸中は複雑で･･･

レナードたち4人はペニーのハロウィーン・パーティーに招かれる。4人は張り切って仮装して出向くが、シェルドンは仮装パーティーがないと知ってガッカリする。そんな中、レナードはペニーの元彼カートが来ているのを目ざとく見つける。

ネブラスカらペニーの友達クリスティが出てくる。彼女は誰とでも寝る悪癖があり、クリスティが語る男遍歴にうんざりしたペニーは、レナードたちの部屋に避難してくる。ところが、その隙にハワードがクリスティのいるペニーの部屋へ入り込んでしまい、4人で対戦ゲームをするはずだったレナードたちは困ってしまうのだが…

ブロードバンドを導入したラージの両親はパソコンでテレビ電話に夢中。ラージの幼馴染ラリータがカリフォルニアにいて、歯学部の学生だと言う。ラージの両親は孫欲しさに、ラージの連絡先をラリータに伝え、結婚は決まったかのような口ぶり。ラージの携帯には早速ラリータからメッセージが･･･

レナードはゴミ箱の中から１通の手紙を見つける。それはレナードたちに学会で論文のプレゼンを依頼する手紙だった。レナードはプレゼンに乗り気だが、手紙を捨てたシェルドンは無関心。1人でもプレゼンするというレナードをシェルドンは止めようとして、2人は冷戦状態に陥る。

ミュージカルの試演舞台に立つことになったペニーはご機嫌で歌の練習中。レナードとシェルドンはペニーの調子ハズレな歌に恐れをなし、見に来るよう誘われたレナードはシンポジウムがあるとウソをついて断るのだが…

ネブラスカへの里帰りから戻ったペニー。実家の家族は全員風邪を引いて大変だったと聞いたシェルドンはペニーを追い返し、オーバーな予防策を講じるが、結果的にシェルドンは熱を出し病気になってしまう。レナードはシェルドンが病気になったことをハワードとラージに知らせ、3人はシェルドンから避難するため、マラソン上映をやっている映画館に身を隠す。

15歳の天才少年デニス･キムを大学に迎える事になり、すっかりお株を奪われたシェルドンは自分の研究を断念する。新たなテーマを探すシェルドンはレナードたちに共同研究を持ちかけるが、シェルドンと共同研究なんてしたくない3人はシェルドンを元に戻す作戦を練る。

レナードたち4人は物理のクイズ大会に出る事にする。今年はライバルチームが出ないと聞き、張り切って練習する4人。だが、シェルドンばかりが答えて面白くない3人は、シェルドンをチームから外す事にする。それを聞いたシェルドンは自分のチームを作って対抗すると宣言。レナードたちは4人目のメンバーにレズリーを入れて大会に臨む。

レナードはオークションで映画『タイムマシン』に登場したタイムマシンのミニチュアを購入する。ところが、ミニチュアだと思ったタイムマシンは実物大で、階段をふさいでしまう。そこへ仕事に出かけるというペニーが来るが、シェルドンは屋上から隣のビルに飛び移って、隣の階段から下に降りる事を提案。

土曜日はレナードの誕生日。ペニーはお店で誕生日祝いをしようと提案するがレナードは断る。子供の頃から誕生日は祝ってもらった事がないので、パーティーには興味ないと言うレナードだが、ペニーはレナードに内緒でサプライズ･パーティーを企画し…

ペニーはボーイフレンドのマイクと大ゲンカ。レナードはペニーを慰め、「まともな相手とデートしたい」と言うペニーに自分を売り込み、2人はデートする事に。ところが、ペニーはいい友達であるレナードと恋愛関係に発展する事を不安に感じ、シェルドンに相談する。さらにレナードも同様にシェルドンに相談し…