Rachel New Yorkba költözött, ahol tánctanára, Cassandra kissé durván próbálja ráncba szedni az elsősöket. Megismerkedett egy helyes harmadéves sráccal, Brodyval. Finnről még mindig semmi hír. Kurt - az apja és Blane unszolására - végül szintén New Yorkba utazik. A Glee Klubba új lány érkezik, Marley, akit az előző iskolában a kövér anyukája miatt cikiztek.

Rachel eljött a kollégiumból és összeköltözött Kurttel, aki jelentkezett a vouge.com-hoz egy állásra. Brody szeretne összejönni Rachellel, de ő még Finnbe szerelmes, viszont egyre nehezebben viseli, hogy semmit nem tud róla. Brittanyt kirúgták a Cheeriosból, mert leromlott a tanulmányi átlaga, és ez elindítja a lejtőn lefelé. Will és Emma próbálják ápolni a lelkét, végül egyedül Sam fedezi fel a titkát. Jake úgy dönt, hogy mégis belép a Glee Klubba, miután Will bemutatja féltestvérének, Puckermannek.

Kurt megkapta a gyakornoki állást a vouge.com-nál, és becsempészte Rachelt egy kis stílus-átalakításra. Blaine indult a diákönkormányzat elnökválasztásán, Sam lett az alelnöke. Will úgy érezte, hogy fogytán a kreativitása és hosszasan dilemmázott, hogy megpályázzon-e kormányzati állást. Emma támogatná a terveit.

Finn elmondta Rachelnek, hogy kirúgták a katonaságtól és négy hónapja egy hátizsákkal járja az országot, amire a lány nagyon megbántódott, mert nem értette, miért nem jelentkezett nála Finn. Brittany és Santana megbeszélik, hogy felnőttként kezelik a kapcsolatukat, és megpróbálják elengedni egymást. Kitty zavaros klubot alapít, Hátrahagyottak néven, ami egyáltalán nem növeli a népszerűségét, sőt még Jake is szakít vele. Blaine megcsalta Kurtöt, aki ezt nem tudja megbocsátani.

Artie rábeszéli Finnt, hogy rendezzék együtt a Grease-t, amiben Mercedes és Mike is segít neki. Danny Zuko szerepére Finn talál egy fiút, Rydert, aki reméli, hogy tanulási problémáit a zene és a tánc segít megoldani. Marley megkapja Sandy szerepét, Kitty ezért bosszút forral ellene. Emma bevallja Willnek, hogy nem szeretne Washingtonba menni.

Will bejelenti a Glee Klubnak, hogy Washingtonban fog dolgozni három hónapig, és Finn veszi át a Klub vezetését. Sue minden eszközzel meg akarja akadályozni, hogy Wade kapja Rizzo szerepét a Grease-ben. Cassandra javaslatára Rachel és Kurt hazautaznak megnézni az előadást, s Cassandra közben összejön Brodyval. Kurt még mindig nem tud megbocsátani Finnek. A Grease előadásnak óriási a sikere.

A Szuperhősök Titkos Társasága rájön, hogy a trillárdások ellopták az országos bajnoki kupát. Az új vezér, Hunter rá akarja venni Blaine-t, hogy menjen vissza a Daltonba, de Samnek sikerül meggyőzni, hogy maradjon. Finn is szuperhős jelmezt ölt, hogy a Glee Klub elfogadja vezetőnek, és végül sikerül összehoznia a csapatot és kibékíteni az ellenségeket. A Klub lázasan készül a selejtezőre. Marley és Jake randiznak, és mivel Rydernek is tetszik Marley, megegyeznek, hogy Ryder kapja a fő táncos szerepét a selejtezőn.

A tavalyi Glee Klub tagok összegyűlnek, hogy együtt ünnepeljék a hálaadást, és Finn megkéri őket, hogy mentorként segítsenek az újaknak felkészülni a selejtezőre. Santanának feltűnik, hogy Marley nem érzi jól magát, és megsejti, hogy Kitty van a dolog hátterében. Rachel és Kurt nem utaznak haza az ünnepekre, hanem egy szolid bulit terveznek, amire Isabelle-t és Brodyt is meghívják. A selejtező előtt Ryder belátja, hogy Jake jobb táncos, és megkéri, hogy vegye át a szerepét. A fergeteges előadás végén Marley elájul a színpadon.

A Glee Klub nem jut tovább a selejtezőn, mert az előadás végén Marley elájul, mindenki elhagyja a színpadot, és a szabályzat szerint ezért kizárható a versenyből, így a Trillárda győz. Ennek következtében Sue elveszi a Glee Klubtól a próbatermet, és szétszélednek a tagok, de Finn Rachel biztatására megpróbálja újra összehozni őket. Sam szerelmet vall Brittanynek, és kiderül, hogy érzelmei nem viszonzatlanok. Rachelt meghívót kap Carmen Tibideaux-tól a téli hangversenyre, ahol elsöprő sikert arat, Kurt pedig még egy esélyt kap a dívától, így ismét felvételizhet a NYADA-ra.

Artie-t zavarja a kiszolgáltatottsága, de Rory segítségével rájön, hogy ha nem kerül kerekesszékbe, akkor nincs Glee Klub és a barátai élete katasztrofálisan alakult volna. Kurt bejutott a NYADA-ra, karácsonykor meglátogatja Burt, sokkoló hírt közöl vele és meglepetésként magával hozza Blaine-t. Puck elhívja Los Angeles-be Jake-et, de karácsony estére hazamennek, és egy családként ünnepelnek négyesben, az anyukáikkal. Sam és Brittany még a maja világvége előtt összeházasodnak, de a világnak nem lesz vége. Sue feladata, hogy Marley anyukájának karácsonyra ajándékot vegyen, és miután véletlenül kihallgat egy beszélgetést, szívmelengető ötlete támad.

Tina felveti, hogy a szokásos iskolai bál helyett rendezzenek Sadie Hawkins bált, ahol a lányok kérik fel a fiúkat táncolni. Mindenki támogatja az ötletet, kivéve Blane-t. Kurt próbál új barátokat szerezni a NYADA-n, miután Rachel minden szabadidejét Brodyval tölti és fontolgatja, hogy belép a NYADA kórusába, amiről Rachel lebeszélné. Kitty rányomul Jake-re, de szerencsére közbelép Puck, így Jake nyugodtan flörtölhet tovább Marleyval. Sam rájön, hogy valami nem stimmel a trillárdásokkal, és nagy lépésre készül.

Kiderül, hogy a trillárdások új vezetője, Hunter teljesítménynövelő drogokkal pumpálja a kórusát. A Trillárdát kizárják a versenyből és a Glee Klub mehet a kerületi döntőre, viszont nincs pénzük az utazásra. Tina újabb ötlettel áll elő: készítsenek naptárt a Glee Klub srácainak fotóival. Artie nem rajong az ötletért, Sam viszont teljes erőbedobással készíti fel a fiúkat a fotózásra. Sam lehetetlenül kevés pontot ér el az előfelvételin, ami nagyon elkeseríti, de az egész kórus összefog, hogy felvidítsák.

Rachel kicsit elszállt a sikereitől, ami Kurtöt nagyon zavarja, ezért kihívja egy éjféli énekes párbajra, amit Kurt meg is nyer. A McKinleyben díva-hét van, mindenki lelkesen készül a megmérettetésre. Santana féltékeny Brittanyre, és vissza akarja szerezni Samtől. Végül rájön, hogy Brittany mindig is a legjobb barátnője lesz, és elköltözik New Yorkba Rachelhez. Tina lelkesen ápolja a náthás Blaine-t, és mire észbe kap már halálosan szerelmes bele. Finn és Emma sokat segítenek egymásnak, annyira nagy a bizalom közöttük, hogy még egy csók is elcsattan.

Emma lázasan - és kényszeresen - készül az esküvőre, Will pedig a Glee Klubot kéri meg, hogy dalaikkal szórakoztassák a násznépet. A nagy napon Emma mégis faképnél hagyja Willt, és Sue vonul fel az oltár elé, de ő is csak bosszúból. A bulit az elmaradt szertartás ellenére megtartják, és az est végére Tinát leszámítva senki nem marad partner nélkül, még Artie sem. Ryder millió ötlettel kisegíti a tanácstalan Jake-et, ezzel csodálatos Valentin-hetet szerezve Marleynak. Rachel bevallja Brodynak, hogy lefeküdt Finn-nel, Brody viszont nem őszinte vele a Valentin-napi programjával kapcsolatban.

Will régi filmekkel vigasztalja magát, mert Emma még mindig nem került elő. Finn és Artie trükkösen kiderítik, hogy hol van Emma, és arra biztatják Willt, hogy keresse fel. Santana arra gyanakszik, hogy Brody drogdíler, ami Rachelt nagyon bántja. Santana azt is kideríti, hogy Rachel csinált egy terhességi tesztet, ami pozitív lett. Marley elmondja Jake-nek, hogy Ryder megcsókolta, Finn pedig bevallja Willnek, hogy Emmát megcsókolta az esküvő előtt.

Will nem tud megbocsátani Finn-nek, amiért Emmát megcsókolta, ezért Finn úgy dönt, hogy nem marad tovább a Glee Klub élén, főiskolára megy. A gimiben mindenki viszályban van valakivel. Ryder megismerkedik egy lánnyal interneten és annyira szimpatikus neki, hogy ismeretlenül is beleszeret. Sue megzsarolja Blaine-t, hogy tönkreteszi ha nem tér vissza a Cheerios-ba, ahová Blaine csak egy napra lépett be. Santana kinyomozza, hogy Brody dzsigoló, és még Finnt is értesíti erről.

Will influenzás lesz, így nélküle tartják meg a kóruspróbákat, és kiderül, hogy mindenkinek van valami titkos vágya, hobbija, szenvedélye, amiről senkinek nem beszélt eddig. Ez Kurtre is vonatkozik, de ő sem titkolózhat tovább, mert Rachel és Santana leleplezik. Santana elmondja Rachelnek, hogy Brody nem drogot árult, hanem a testét. Mikor Rachel ezt számon kéri Brodyn, megbeszélik, hogy a lány sem volt teljesen őszinte, mert titkon még mindig Finnt szereti. A Glee Klubban mindenki előadja a ciki kedvencét.

Brittany bejelenti hogy egy aszteroida közeleg Földünk felé és napjaink vannak hátra. Ennek szellemében a hét témája a Glee Klubban az utolsó esély. Shannon bevallja Willnek, hogy szeretné, ha ő lenne élete férfija. A McKinley gimiben lövések dördülnek, mindenki fedezékbe vonul és átértékeli az életét. Sue óriási áldozatot hoz Beckyért és hősiesen viseli, hogy kirúgják. Ryder neten megismert szerelméről kiderül, hogy nem az, akinek kiadta magát.

Finn nagyon élvezi a főiskolát és a folyamatos bulizást. Az egyik legjobb haverjával, Puckermannel kerül egy szobába. Will elfogadja Finn bocsánatkérését, és segít felkészíteni a Glee Klubot a kerületi döntőre. Marley végre előrukkol a saját dalaival. Rachelt felkeresi az anyukája és segít neki felkészülni a Funny Girl meghallgatásra.

Rachelt másodszor is behívják Funny Girl meghallgatásra, amit elsőként Willnek mesél el. Kurt elkíséri Burtöt az orvoshoz, ahol megtudják, hogy sikeres volt-e a rák ellenes kezelés. Blaine szeretné megkérni Kurt kezét, és erről Kurt apjával is beszél. Mercedes összerúgja a port a producerével ezért magánúton adja ki az első albumát. Artie-t felveszik a Brooklyni Filmakadémiára, de nem akar elmenni. Cassandra nem a várt módon reagál Rachel sikerére.

Rachelt harmadszor is visszahívják a Funny Girl meghallgatásra, és lélegzetelállító produkcióval szerepel. Eközben a Glee Klub a kerületi döntőre készül, ahol két másik tehetséges csapattal kell megmérkőzniük. Brittany az egyetemi interjúja után hatalmas változáson megy keresztül, amivel mindenkit megdöbbent, ezért Sam megkéri Santanát, hogy jöjjön el, és beszéljen vele. Ryder végre megtudja, hogy kicsoda a rejtélyes Katie, és dühében úgy dönt, kiszáll a kórusból. Blaine titokban arra készül, hogy megkérje Kurt kezét, Sam viszont megpróbálja lebeszélni róla. A verseny után Emma hatalmas meglepetést okoz Willnek és az egész Glee Klubnak.