C'est la rentrée au lycée McKinley. Les élèves du Glee Club ont le moral à zéro depuis leur décevante prestation aux Nationales et certains prennent de nouveaux choix. Pour le remonter le moral, Will prépare un projet. Pendant ce temps, Sue veut aller à Washington pour se lancer dans sa carrière politique au Congrès. Blaine, quant à lui, est amené à faire un choix.

Will propose une formation intensive pour les quelques membres de la chorale qui doivent améliorer leurs prestations chorégraphiques. Pendant ce temps, les auditions pour le spectacle musical de l'école, «West Side Story», débutent. Shelby Corcoran, l'ancienne coach des Vocal Adrenaline et mère biologique de Rachel, est embauchée à McKinley afin de monter une chorale pour Sugar. Elle essaie également d'entrer en contact avec Quinn et Puck, les parents de sa fille adoptive.

Le père de Mike exige de son fils qu'il arrête la danse afin de se consacrer à ses études. De leurs côté, Will et Emma doivent faire face à leur première crise en tant que couple, lorsqu'ils rencontrent les parents d'Emma. Enfin, c'est l'heure des résultats des auditions pour West Side Story, qui pourraient pousser une certaine personne à faire un choix définitif.

Rory, un étudiant d'un programme d'échange arrive à McKinley et habite chez Brittany, il tombe sous le charme de la belle, et celle-ci le prend pour un Leprechaun. Pendant ce temps, Mercedes tente de recruter des nouveaux membres pour le nouveau Glee Club de Shelby Corcoran, tandis que la campagne de Sue pour le Congrès commence à s'échauffer.

Sue commence une campagne de dénigrement, tentant de faire tomber son plus grand ennemi pour le siège du Congrès. Pendant ce temps, Puck tombe sous le charme de Shelby, tandis qu'elle et Will favorisent une compétition amicale entre les Troubletones et les New Directions, mais tout ne se passe pas comme prévu

Les élections du président des terminales approchent. Pendant ce temps, le Coach Beiste prend son courage à deux mains pour rivaliser avec Sue, alors que des complications surviennent entre Quinn et Puck. Santana fait son coming-out officiellement en chantant I Kissed A Girl , mais tout ne se passe pas comme prévu avec un membre de sa famille.

Alors que McKinley se prépare à accueillir les sélections communales, Finn trouve Sam et tente de le convaincre de rejoindre le Glee Club dans le but de le renforcer. Des tensions apparaissent entre Kurt et Sebastian au sujet de Blaine. De son côté, Tina prend la défense de Mike et l'encourage à poursuivre ses rêves.

Les vacances approchent. Les New Directions fêtent Noël et sont confrontés à un dilemme : ils sont invités à deux événements qui ont lieu en même temps, une émission de télévision pouvant leur apporter la gloire, ou un repas d'aide aux plus démunis. Parallèlement, Finn et Rachel confrontent leur vision des cadeaux de noël tandis que Sam et Rory se rapprochent.

Will demande aux New Direction de l'aider pour sa demande en mariage, des dangers commencent à profiler autour du triangle Sam-Mercedes-Shane. Parallèlement, Finn prends des décisions importantes, tandis qu'il apprend une nouvelle bouleversante sur un membre de sa famille. Becky tombe amoureuse d'Artie qui lui-même tombe amoureux de Sugar.

À travers la musique de Michael Jackson, une compétition se déclare entre les New Directions et les Warblers, des tensions naissent entre les deux chorales et un incident survient. Pendant ce temps, Rachel se confie à Quinn sur la proposition de Finn tandis que Sam et Mercedes se rapprochent. Enfin, trois élèves apprennent une nouvelle importante sur leur futur.

Will donne au Glee Club comme affectation de chanter en espagnol et demande l'aide de son professeur de cours du soir, David Martinez. Parallèlement, Rachel vend la mèche à Kurt et Mercedes sur la demande en mariage de Finn, tandis que Mercedes a des complications amoureuses qui lui sont propres.

L'amour prend la scène à McKinley High à l'approche de la Saint-Valentin. Un nouvel élève intègre le lycée et fait partie du God Squad, un club de chanteurs chrétiens. Rachel annonce au Glee Club son mariage avec Finn tandis que ses pères apprennent malencontreusement ce projet. Des histoires d'amour naissent tandis que d'autres font face à des complications.

C'est l'heure des Régionales, les New Directions sont face à leur principaux rivaux, les Warblers. Pour leur assurer une victoire, Sebastian manigance un chantage auprès de Rachel. Un évènement bouleversant remet tout le monde en question. Au même moment, Quinn, revigorée, tente de retrouver sa place au sein des Cheerios tandis que Sue se confie à elle. Finn et Rachel prennent une décision finale concernant leur avenir.

Au grand désespoir de Blaine, son frère narcissique Cooper vient lui rendre visite, il offre un cours spécial aux membres du Glee Club, mais pour Blaine, son retour fait renaître leur rivalité fraternelle. Quinn, optimiste soit-elle, est soutenue par Artie. Pendant ce temps, Sue tient la promesse qu'elle a faite à Will en dirigeant le Booty Camp, et Puck fait une proposition à Finn qui pourrait faire dérailler ses projets d'avenir avec Rachel.

Alors que Will s'inquiète pour l'orientation future de ses élèves, il tente de les inspirer à travers la musique disco. Cette leçon incite certains membres à faire un choix sur leur futur, Santana, Mercedes et Finn étant les plus concernés. Dans le même temps, Wade, le nouveau leader des Vocal Adrenaline, demande de l'aide à Mercedes et Kurt pour prendre un choix important.

Les New Directions utilisent la musique de Whitney Houston pour exprimer leurs adieux. Bien que certains utilisent cet exercice pour les aider à soulager la douleur de dire au revoir, d'autres l'utilisent pour redonner vie à d'anciennes relations et consolider les nouvelles. Un couple doit faire face à de grandes complications et des sentiments amoureux naissent entre deux personnes.

Kurt et Rachel se préparent pour leurs importantes auditions finales de la NYADA, et reçoivent des nouvelles qui pourraient tout faire tomber à l'eau. Pendant ce temps, un personnage fait une révélation dramatique sur sa vie personnelle et tout le monde se rassemble pour montrer son soutien. Enfin, Puck reçoit l'aide de ses amis et d'une personne inattendue pour choisir son avenir.

En tant que présidente des élèves Brittany organise le bal du lycée. Quand les nominations pour les couronnes de roi et reine du bal de fin d'année tombent les nominés se lancent dans leurs campagnes tandis que les "oubliés" organisent leur propre "compétition". Les relations entre les protagonistes sont mises à rude épreuve et les surprises sont au rendez-vous.

Alors que les New Directions préparent leur routine pour les Nationales, Tina exprime son mal-être de toujours se trouver dans l'ombre de Rachel, jusqu'à ce qu'elle se cogne la tête et se retrouve dans la peau de la leader. Pendant ce temps, Rachel, toujours aussi bouleversée d'avoir raté son audition, ne perd pas espoir de rentrer à NYADA et enfin Puck forme une alliance plus que surprenante pour avancer.

C'est le moment tant attendu par les New Directions de se rendre aux Nationales à Chicago face à Vocal Adrenaline ! Les attentes sont toutes les mêmes pour chaque membre des New Directions, et particulièrement pour Rachel qui doit impressionner Carmen Tibideaux.

Dans un contexte de fin des années lycée, les terminales des New Directions disent au revoir à Mc Kinley en se remémorant le passé tout en se posant des questions sur leur futur. Les relations sont remises en question. Les directions finissent par être déroutées et de nouveaux choix sont pris. De son côté, Quinn tente d'aider Puck dans son examen de rattrapage. La classe 2012 de McKinley est diplomée.