Après leur défaite aux régionales, la chorale redevient la risée de McKinley. Quand l'école fait face à de nouvelles coupes budgétaires, M. Schuester pousse les chanteurs à recruter de nouveaux membres pour la chorale. Rachel et Finn ne sont pas d'accord à propos des recrues et ne sont pas sûrs de rester en parfaite harmonie.

M. Schuester insiste pour que la chorale chante des titres populaires pour l'assemblée de l'école mais les élèves ont d'autres plans. Alors que les New Directions font campagne pour interpréter les meilleures chansons de Britney Spears, ils apprennent que Brittany a des liens avec la célèbre chanteuse. Pendant ce temps, Will rencontre le petit ami de Emma, Dr Carl, ce qui déclenche une rivalité entre les hommes alors qu'ils essaient d'attirer son attention.

Finn traverse une crise existentielle quand il croit voir le visage de Jésus sur son croque-monsieur. Parallèlement, le reste de la troupe se rallie autour de Kurt, dont le père tombe dans le coma après une attaque cardiaque, les amenant à de grandes discussions entre non-croyants et croyants.

Puck est envoyé en maison de redressement pour avoir crashé la voiture de sa mère dans le devanture d'un magasin et être reparti avec la caisse; Sam prend sa place dans la chorale. Les membres de la chorale doivent travailler sur des duos. Finn et Rachel font en sorte que Sam soit favorisé, et un triangle amoureux se développe entre Tina, Mike et Artie.

Will décide de faire jouer The Rocky Horror Show par le glee club pour le spectacle annuel de l'école après avoir appris qu'Emma adore cette comédie musicale culte. Malgré les manigances habituelles de Sue, les membres de la chorale injectent leur propre style dans des titres tels que The Time Warp ou Dammit, Janet!.

Kurt rencontre Blaine, un étudiant ouvertement gay de la Dalton Academy, une école pour garçons et songe à quitter McKinley pour cet établissement. Puck revient après avoir été en détention. Il est condamné à des travaux d'interêt géneral, et pour cela doit aider Artie à se depalacer. Artie demande également l'aide de Puck afin de reconquérir Britany.

Un virus se répend à McKinley, M. Figgins et Will ne sont pas épargnés. Will malade, Holly Holliday est engagée pour reprendre sa classe d'espagnol et la chorale. Sue remplace le principal Figgins et ne résiste pas à l'envie d'abuser de son pouvoir.

La mère de Sue Sylvester vient rendre visite à sa fille, après une longue période d'absence, afin d'assister à son mariage. Dans le même temps, Kurt prend une décision importante après que Karofsky l'a poussé dans ses derniers retranchements. Enfin, la chorale se réunit lors de la célébration du mariage de la mère de Finn et du père de Kurt.

La chorale se rend aux Sélections pour affronter les Warblers et les Hipsters. Emma et Carl se rapprochent alors que les romances adolescentes commencent à s'effilocher (Santana dévoile à Rachel qu'elle a passé un nuit torride dans une chambre d'hôtel avec Finn)

Un championnat local de football est organisé. Will et le coach Beiste essayent de faire travailler la chorale et les Titans ensemble. Sue fait tout ce qu'elle peut pour être sûre de remporter un nouveau championnat national avec les Cheerios.

L'amour est dans l'air à McKinley lorsque Finn met en place un stand de baiser pour la Saint Valentin. Les choses ne se passent pas comme prévu et les cœurs finissent par être brisés. De leur côté, les couples Artie-Brittany et Mike-Tina se renforcent.

Will propose à Sue de rejoindre le Glee Club, après une dépression de celle-ci afin de lui remonter le moral et de lui montrer les bienfaits du club. Rachel tente de se lancer dans un retour dans la haute stratosphère sociale de Mc Kinley avec l'aide de Brittany. Pendant ce temps, Sam monte un groupe à l'effigie de Bieber.

Le principal Figgins enseigne à l'ensemble des étudiants les dangers de l'alcool chez les mineurs, et le Glee Club est personnellement touché par le message. Après avoir embrassé Rachel, Blaine commence à douter de lui, ce qui rend Kurt jaloux. Pendant ce temps, M. Schuester et Beiste se livrent à un peu d'amusement.

Will Schuester se rend compte que le Glee Club ne connait rien aux relations sexuelles. Il fait donc appel à Holly Holliday pour les aider. Mais Emma, présidente du Club d'abstinence, est contre cette idée. Santana quant à elle, se pose des questions sur ses sentiments pour Brittany. Du côté des Warblers, Kurt a du mal à révéler son côté "sexy". Le couple Emma-Carl doit faire face à une vérité indubitable.

Les New Directions affrontent les Warblers de la Dalton Academy ainsi qu'Aural Intensity aux régionales. Les chorales sont jugées par Tammy Jean Albertson, Soeur Mary Constance et Rod Remington. Pendant ce temps, Quinn tente de reconquérir Finn pour devenir la reine de la promo à McKinley. Kurt et Blaine font un pas dans leur relation.Rachel écrira une chanson qui expliquera qu'elle veut reconquérir Finn et Finn ne manquera pas de sourire a cela.

Le Glee Club tente de récolter des fonds afin de pouvoir financer leur voyage pour participer aux nationales à New York. De ce fait, le groupe organise un concert de charité que Sue tente avec son équipe de détruire. Les choses ne se passent pas comme prévues et des décisions sont prises.

Pendant que Will utilise la musique de Lady Gaga pour donner une leçon sur l'acceptation de soi, Lauren et Quinn font tout leur possible pour devenir reine de la promo, Emma fait face à ses obsessions, Rachel lutte contre une décision et Santana a quelque chose en tête qui pourrait considérablement modifier la dynamique du Glee Club. De son côté, Kurt prend un choix important.

Sue Sylvester redonne naissance au journal de l'école et décide d'imprimer quelques articles enflammés. Le Glee Club ressent un respect renouvelé pour Sam quand ils découvrent de nouvelles informations intéressantes sur sa vie familiale. Parallèlement, April Rhodes revient et tente de convaincre M. Schuester de prendre la route avec elle.

Le principal Figgins demande aux élèves du Glee Club de chanter au bal de promo du lycée McKinley, malgré les objections de la coordinatrice du bal, Sue. Et tandis que la compétition pour devenir roi et reine commence à chauffer, Jesse est de retour. Une confrontation aura lieu lors du bal. Les relations amoureuses sont mises à rude épreuve.

Les New Directions continuent de monter leur stratégie quant à la liste de chansons pour la compétition nationale avec l'aide de Jessie St. James. Parallèlement, Jean, la sœur de Sue, meurt subitement d'une pneumonie. Kurt et Finn vont tout faire pour aider Sue à préparer la cérémonie de funérailles.

Les New Directions vont à New-York pour participer aux Nationales où ils vont à nouveau affronter les Vocal Adrenaline (ainsi que près de cinquante autres chorales). Ils attirent également les curiosités de la Grande Pomme. Une relation amoureuse est dévoilée tandis qu'une autre renaît en pleine prestation des New Directions, cela les fera perdre lors des nationals.