《實習醫生》第九季的首播，西雅圖恩典的醫生們面臨著上一季飛機失事的創傷。當他們試圖繼續他們的生活時，他們必須學會適應變化，應對他們的損失，並在他們的關係和事業上繼續前進。

在回顧片段中，我們將回到飛機失事的現場，觀看每一位醫生如何努力應對飛機失事造成的心痛和傷害。與此同時，在西雅圖恩典醫院，每個人都努力在混亂中找到一點正常狀態。

墜機事件中的倖存者被要求做出一個幾乎不可能的決定，這將影響他們的餘生。同時，在傑克森和艾菩爾被迫一起工作後，他們之間的關係越來越緊張；克莉絲汀娜被迫與托馬斯醫生一起工作；亞力克試圖克制自己與其中一名實習醫生的關係。

意識到德瑞克可能永遠不會再做手術，梅若迪絲不再談論她所做的手術。與此同時，理查請凱瑟琳艾弗裡醫生幫助他做一個複雜的手術，傑克森和艾菩爾之間的關係繼續升溫；亞利桑那接受命運，這使凱莉和亞力克非常內疚；克莉絲汀娜與托馬斯醫生建立了友誼。

這一集以梅若迪絲和克莉絲汀娜為中心，這對朋友繼續面對飛機失事後的生活，以及他們在醫院裡不斷增加的責任。梅若迪絲在照顧佐拉的同時，還要處理一個家附近的病例，克莉絲汀娜協助托馬斯醫生完成了一場具有挑戰性的心臟手術。

隨著醫生們繼續打官司，他們被迫面對自己的傷痛。同時，貝莉騙亞利桑那幫她處理一個兒科病例，克莉絲汀娜試圖在新的環境中回歸正常的生活。

克莉絲汀娜和歐文在懸而未決的官司中繼續弄清他們的關係。梅若迪絲遇到了一個愛抓狂的病人；貝莉與本為他們即將到來的婚禮爭論不休。同時，凱莉招募傑克森一起尋找解決德瑞克的手的辦法，傑克森被艾菩爾的情況所困擾。

梅若迪絲要求海瑟不遺餘力地治療德瑞奇的手；克莉絲汀娜在史蒂芬妮和莉亞之間展開一場良性競爭，這無意中導致克莉絲汀娜的病人出現緊急情況；亞力克在他們努力挽救一個嬰兒的生命時，以一種新的眼光看待約瑟芬，艾菩爾給謝恩上了寶貴的一課。

當其他醫生為貝莉的婚禮做準備時，理查幫助她度過了婚禮前的緊張期。與此同時，麗茲與梅若迪絲發生爭執。凱莉和傑克森試圖說服德瑞奇參加一場危險手術，但也許能夠修復他的手。

貝莉把她的婚禮擱置，繼續努力挽救阿黛爾的生命，克莉絲汀娜和歐文對他們是否離婚仍然沒有做出決定，而亞利桑那和凱莉則試圖找回她們的火花。同時，在一場可怕的事故之後，醫院被一群機車騎士淹沒。

梅若迪絲、德瑞奇、克莉絲汀娜和亞利桑那收到了關於飛機失事訴訟的重大消息，理查躲開了凱瑟琳的浪漫追求，傑克森接手馬克斯隆的老病人。與此同時，德瑞奇的手開始恢復。

當一個新的醫療專家到來時，西雅圖恩典的醫生們都很緊張；亞利桑那因為幻肢問題，在情感與身體上都很痛苦；過度情緒化的梅若迪絲與孕期荷爾蒙搏鬥，面臨著她最擔心的事情。

德瑞克和艾菩爾努力為醫院尋找解決方案，克莉絲汀娜努力尊重一個即將失去兒子的家庭的意願，亞利桑那同情一個面臨與自己類似問題的青少年。

競爭進入到白熱化階段，幾位醫生為進入西雅圖恩典的而奮鬥；艾菩爾帶來了一位危急病人，傑克森和亞力克一起治療一對變性青少年夫婦。同時，醫院實施了新的政策，考驗著員工的耐心。

隨著醫院的財務狀況越來越差，歐文必須做出一些艱難的決定，其中包括放棄一台本可以挽救一個孩子的生命，但過分昂貴的手術。同時，亞力克和喬一起工作，挽救一個嬰兒的生命，艾菩爾向傑克森徵詢約會建議。

西雅圖恩典財務危機的消息傳開，凱瑟琳鼓勵傑克森搬到波士頓，實習生們擔心他們會失去工作。醫生們與一個潛在的投資者會面，以拯救醫院。亞力克在照顧病人時給喬留下了深刻印象。

醫院新管理團隊所造成的不和諧和混亂，使得一位醫生對他在西雅圖恩典的未來產生了懷疑。同時，醫生和實習生們必須同時處理幾個移植手術，每個手術都有自己的難題。

醫院在新的管理模式下做出了積極的改變，醫生們開始意識到，擁有一家醫院也會帶來一系列的問題和責任。同時，梅若迪絲擔心她未出生孩子的健康，凱莉和亞利桑那試圖在她們的關係中找回火花，而亞力克給麗喬的新男友一點顏色看看。

一輛油罐車在西雅圖的高速公路上爆炸，造成多人受傷－－包括救護人員馬修；梅若迪絲和喬幫助一位瘋狂的母親，她的孩子患上了一種神秘的疾病；歐文與一個小男孩建立了聯繫，他的父母處於危險之中。同時，當亞力克被迫與喬的男友治療病人時，他的真面目被揭露了。

疾控中心針對貝莉的幾個病人死亡病例展開調查，而傑克森和其他董事會成員則為如何過公眾這一關而爭論不休。同時，克莉絲汀娜嘲笑亞力克對喬不言而喻的感情，歐文繼續特別照顧伊森，因為他父母的狀況仍然不確定。

醫生們向貝莉伸出援手，但她繼續將所有人拒於門外；在與伊森的祖母發生衝突後，歐文擔心孩子會被寄養；一位新的顱面專家（希拉蕊伯頓 飾）來到恩典醫院，治療一位年輕的病人；與此同時，一位魔術師的助手在魔術表演出錯後被緊急送進了急診。

恩典醫院的醫生們為一場捲向西雅圖的超級風暴做準備；歐文想當父母的願望隨著他與伊森的關係越緊密，變得更加強烈；一個錯誤的舉動使梅瑞迪斯和她的孩子的生命處於危險之中。與此同時，喬在危機時刻向亞力克尋求幫助，一位醫生受到了巨大震撼。

《實習醫生》季終集中，恩典醫院進入危機模式，風暴肆虐，資源匱乏，病人一車一車地湧進來。與此同時，一名醫生為自己的生命而戰。