Lekarze z Seattle Grace Hospital stają w obliczu następstw katastrofy lotniczej, w której uczestniczyli. Po śmierci siostry Meredith zmieniła swoje zachowanie. Cristina wyjeżdża do Minnesoty.

Lekarze, którzy przeżyli katastrofę samolotu, wracają wspomnieniami do feralnego lotu i wydarzeń, które miały miejsce po nim.

Prawnicy linii lotniczych proponują ugodę osobom, które przeżyły katastrofę samolotu. April wraca do pracy w szpitalu. Owen, który zabiegał o jej powrót, nie powiadomił zespołu o swojej decyzji.

Derek przeżywa kryzys, gdy uświadamia sobie, że nigdy nie będzie operował. Cristina powoli odnajduje się w Minnesocie. Catherine Avery przyjeżdża do Seattle, by spotkać się z Richardem.

Cristina i doktor Thomas podejmują się operacji dużego tętniaka u pewnej pacjentki. W drodze do pracy Meredith jest świadkiem wypadku. Lekarka ratuje życie poszkodowanej rowerzystce.

Cristina wraca do Seattle. Do szpitala trafia siedemnastolatka, która podczas lekcji dostała tajemniczego ataku i zemdlała. To trudny przypadek, lecz Alex stawia trafną diagnozę.

Arizona wraca do pracy w szpitalu. Callie stara się jej dyskretnie pomagać. Miranda i Ben przygotowują się do ślubu. April obawia się, że zaszła w ciążę z Jacksonem.

Cristina angażuje dwie stażystki w pewne wyzwanie zawodowe, rozpoczynając rywalizację między nimi. Jo uczestniczy w przedterminowym porodzie nastolatki. Niestety, wcześniak ma problemy z sercem.

Siostra Dereka zgadza się oddać nerw do przeszczepu, by ratować rękę brata. Przyjeżdża do Seattle. Wkrótce pojawiają się problemy, a Derek odwołuje operację. Miranda przygotowuje się do ślubu.

Pod Seattle Grace Hospital zajeżdża gang motocyklistów. Kilku członków zostało rannych w karambolu. Grupie przewodzi kobieta o pseudonimie "Benzyna". Ochrona wkracza na ostry dyżur.

Lekarze czekają na orzeczenie sądu w sprawie pozwu dotyczącego katastrofy lotniczej. Do szpitala trafia były pacjent Marka Sloana. Jackson czuje się za niego odpowiedzialny.

Owen przekazuje lekarzom złe wieści - szpital znalazł się w tarapatach finansowych, więc zarząd zatrudni doradcę, który ma pomóc zracjonalizować koszty.

Stażyści martwią się, że zarząd szpitala zdecyduje o zamknięciu ostrego dyżuru, co oznaczałoby redukcję etatów. Derek i April opracowują kontrpropozycję.

Zgodnie z nową dyrektywą szpitala będący w ciężkim stanie chłopiec zostaje odesłany do innej placówki. To wywołuje bunt, do którego przyłączają się wszyscy chirurdzy.

Derek, Meredith, Arizona i Callie potajemnie spotykają się na rozmowach w sprawie kupna szpitala. April romansuje z przystojnym ratownikiem. Alex i Jo usiłują uratować życie pewnemu niemowlęciu.

Derek, Meredith, Cristina, Callie i Arizona zamierzają kupić Seattle Grace Hospital za pieniądze z odszkodowania. Próbują namówić pewnego miliardera na wsparcie finansowe ich pomysłu.

W miarę jak rozprzestrzeniają się pogłoski na temat problemów finansowych Seattle Grace, Catherine zachęca Jacksona, żeby przeprowadził się do Bostonu. Stażyści obawiają się, że mogą stracić pracę.

Serial przedstawia osobiste i zawodowe perypetie grupy lekarzy pracujących w szpitalu Grey Sloan Memorial w Seattle.

Na autostradzie w Seattle wybucha cysterna z gazem, raniąc wiele osób, w tym Matthew, ratownika medycznego. Meredith i Jo pomagają zrozpaczonej matce (Sarah Chalke), której dziecko cierpi na tajemniczą chorobę, a Owen zaprzyjaźnia się z chłopcem, którego rodzice znajdują się w stanie krytycznym. Tymczasem prawda wychodzi na jaw, gdy Alex jest zmuszony do współpracy z chłopakiem Jo przy niedomagającym pacjencie

Bailey znajduje się w samym środku śledztwa CDC (Centrum Zwalczania i Zapobiegania Chorobom), dotyczącego śmierci kilku jej pacjentów. Jackson i reszta członków zarządu spierają się o to, w jaki sposób poinformować opinię publiczną o kryzysie. Tymczasem Cristina drażni się z Alexem w kwesti jego niewypowiedzianych uczuć do Jo, a Owen wciąż w szczególny sposób opiekuje się Ethanem, jako że stan jego rodziców pozostaje niepewny.

Lekarze starają się dotrzeć do Bailey, ale ona nadal odcina się od każdego. Po incydencie z babką Ethana, Owen obawia się, że dziecko może trafić do opieki zastępczej. Do Grey Sloan Memorial Hospital przyjeżdża nowa specjalistka od chirurgii czaszkowo-szczękowo-twarzowej (Hilarie Burton), żeby zająć się młodym pacjentem. Tymczasem asystentka iluzjonisty trafia na ostry dyżur po tym, jak magiczna sztuczka wymyka się spod kontroli.

Lekarze ze szpitala Grey Sloan Memorial przygotowują się na potężną burzę, która zbliża się do Seattle. Pragnienie Owena, by stać się rodzicem tym mocniej się pogłębia, im bardziej zbliża się do Ethana. Jeden niewłaściwy ruch powoduje zagrożenie dla życia Meredith i jej dziecka. Tymczasem Jo, w kryzysowym momencie, zwraca się do Alexa o pomoc, a jedna z lekarek doznaje największego szoku w swoim życiu.

W finale dziewiątego sezonu, na zewnątrz rozpętuje się gwałtowna burza, a w miarę jak na ostry dyżur przybywa coraz więcej jej ofiar, zasoby szpitala Grey Sloan Memorial stają się coraz bardziej ograniczone. Tymczasem życie jednego z lekarzy jest zagrożone.