心肺停止に陥り、懸命な蘇生で何とか生き返ったイジー。夢の中で軍服姿のジョージを見たイジーは、目を覚ましたとたんに、彼を入隊させたら死んでしまうと口にする。モーターボートの事故で手足を切断されたまま運び込まれてきたクララは、オーウェンとクリスティーナのオペによってなんとか両腕を取り戻す。しかし事故に遭った自分を悲観し、全くリハビリに取り組もうとしないクララを、頑張るようにと励ますレクシー。そんな中、シアトル･グレース病院の理事長が現れ、次期外科部長のポストをデレクに打診する。

背中の痛みが続く青年アンディに、決定的な原因を見出せないアリゾナ。しかし高額な検査には経費がかさむと部長にも見放されてしまう。困り果てたアリゾナは、マーシー･ウェスト病院に移ったカリーにアンディを託すことに。ベイリーはクララの小腸と大腸に炎症を見つけるが、クリスティーナの率直な説明に驚いたクララはオペを拒否。結果としてオペは手遅れとなってしまう。メレディスとデレクが家のあらゆる場所でセックスに没頭する一方、オーウェンの精神科医からセックスを止められているクリスティーナは不満を溜めはじめる。

部長がシアトル･グレース病院とマーシー･ウェスト病院の合併を発表した。様々な噂が飛び交う中、リストラを恐れて焦るスタッフたちで、病院は落ち着かない雰囲気に。退院したばかりのイジーもクビになることを心配し、カツラを付けて病院に復帰してくる。クリスティーナは一転して小児外科を志望する素振りを見せ、アリゾナを後ろ盾にしようと目論む。そんな中、運転中に意識を失ったジョディが運び込まれてくる。ジョディから片時も離れない息子トムは妄想型統合失調症で、母は宇宙人に見張られていると信じ込んでいた。

カツラを脱ぎ捨て、完全に復帰した姿を周囲にアピールするイジー。他の医師たちはイジーを避けようとするが、オーウェンは積極的に彼女をオペに立ち合わせる。久しくメスを握っていないクリスティーナは焦りを募らせ、なりふり構わずオペに参加するチャンスを探しはじめる。そんな時、レクシーに付き添われたザッチャーが病院へやってくる。メレディスの目の前で吐血したザッチャーは、末期の肝硬変であることが判明。助かるために残された道は移植しかないと知ったレクシーは、自分の肝臓を提供すると言い出すが・・・。

２つの病院が合併し、マーシー･ウェストのレジデントたちが大挙してシアトル･グレースへやってきた。彼らは初日から我が物顔で振舞い、現場を乱すこともしばしば。中でも、ジョージのロッカーを勝手に使いはじめたリードは、生意気な態度でイジーやアレックスを挑発。大胆なジャクソンはオーウェンに気に入られて、クリスティーナに敵視される。合併を機にシアトル･グレースのレジデントに復帰したカリーの前には、突然父が現れる。神父を伴ってまでカリーの同性愛を正そうとしに来た父に、カリーは怒りを爆発させる。

大規模なホテル火災の負傷者たちが続々と運び込まれ、大混乱となるＥＲ。そんな中、熱傷患者のキャシー･ベッカーが亡くなり、その責任を巡って関わったスタッフたちが取り調べられることに。ひとりずつ部長に呼ばれ、事実確認を行っていくと、次第に当時の状況が明らかになる―。同じ時間ＥＲにいた患者は、他にも消防斧が胸に突き刺さった男性、体表の６割に火傷を負った青年、ハシゴから転落した消防士など。次々と運び込まれる彼らに随時対応しながら、医師たちは誰もがこの困難を乗り越えようと最善を尽くしていたが・・・。

アリゾナを慕う短腸症候群の患者ウォレスが、11歳の誕生日を目前にして腸閉塞に。息子の病気の研究費にとウォレスの両親から巨額の寄付金を受け取った手前、部長はウォレスのオペに前向きだが、アリゾナはウォレスの体がこれ以上持たないのではと心配する。　アレックスは、母親のお腹の中で脳卒中を起こし早産で生まれた未熟児を担当。小さな命を守ろうとするそのけなげな姿に、心を奪われていくリード。また、オペの最中に心臓に問題を起こした患者に、許可なく開胸術を行ったクリスティーナを、オーウェンは厳しく叱りつける。

自宅療養していたメレディスの復帰初日。突然イジーが、認知症になった高校の恩師シンガーを連れて病院に現れる。イジーは頭がい内出血の精密検査をしてほしいと頼むが、自分については何も語らずアレックスたちを困惑させる。オーウェンは軍医仲間だった心臓外科医テディ･アルトマンを連れてくる。長年戦地で活動していたため、最新の機材や治療法に疎いように見える彼女に、クリスティーナは敵意をむき出しに。一方、激務に追われるリチャードが病院に泊まりこんだため、不倫を疑った妻のアデルが病院に乗り込んでくる。

感謝祭の日。デレクは、途中で断念した脳動静脈奇形の６歳の少年ニコラスのオペを諦めきれない。スローンの前には、娘だと名乗る18歳の女の子が現れる。クリスマスイヴの日。心臓に最大級の仮性動脈瘤を持つケルシーは、心臓移植を待つ間に腸の壊死が進み、ベイリーは大胆なオペを決意。ニコラスのオペもケルシーのオペも予算オーバーだとストップをかけたリチャードに、デレクらは自分たちで費用を出すと宣言。そして大晦日。クリスティーナの思惑通り、ケルシーは事故で脳死した患者から心臓移植を受けることに。

妊娠していることを白状したマークの娘スローン。更に検査で胎児に異常が見つかり、マークはLAからアディソンを呼びつける。クリスティーナはテディから心臓の弁置換手術の執刀を託されて大張り切り。ところが患者のルーシーは手が掛かり、クリスティーナはオペでもピンチに陥るが、テディに冷たく突き放される。一方リチャードがオペをしたモリスの経過観察に疑問を抱くデレク。更にリチャードが有名スポーツ選手のオペ執刀を直前にベイリーに譲ったことを知ったデレクは、リチャードに対する不信感を募らせる。

メレディスからリチャードがアルコール依存症だと知らされたデレクは、すぐに理事会に報告しようとするが、メレディスは断固反対。それとなくリチャードにさぐりを入れるも、彼は頑なにデレクを突っぱねる。そんな中、久々にリチャードがウィップル手術を執刀することになり、デレクとベイリーは、不安に駆られる。イジーはアレックスのもとへ戻ってくるが、避けられてばかりできちんと向き合ってもらえない。またオーウェンは、恋愛よりも仕事に意欲的なクリスティーナと、まだ自分を想っていると知ったテディの間で揺れ動く。

外科部長の後任に任命され、緊張の面持ちで初日を迎えるデレク。マーシー･ウェスト出身のスタッフの間には、自分たちの立場がより不利になるのではという動揺が広がる。デレクに裏切られたことを許せないリチャードは、理事会の早期退職案にも、デレクが勧める断酒のリハビリ施設行きにも同意しない。そんな中、ベイリーが執刀したオペ中に患者の麻酔が切れるという事故が発生。ショックを受けた患者のレスリーは、その後ベイリーが体に触れることさえ拒否し、術後出血の修復オペにレジデントのメレディスを指名する。

バレンタインデーのダブルデートに向かう途中、緊急事態で病院へ呼び戻されるメレディス、デレク、クリスティーナ、オーウェンの４人。バレンタインのディナー客で満席だったレストランの屋根が崩落し、大勢の怪我人が運び込まれたのだ。しかし大混乱するＥＲを横目に、デレクは新任部長としてマスコミ対応や理事との食事会に引っ張り出されることに。一方アリゾナとカリーはベイリーと麻酔科医のベンを結びつけようと画策。大胆なイメチェンでマークとの別れを乗り越えようとするレクシーは、ジャクソンから手厳しい指摘を受ける。

デレクが開いた医師たちを集めた勉強会で、過去に担当した症例について講演をするアテンディングたち。ベイリーはインターン時代の経験を話しながら、自分を妬むレジデントにいじめられた日々を思い出す。大勢の人前で話すことが大の苦手なカリーは、しどろもどろになりながらも、レジデント３年目に担当した内反足の治療について説明。更に、デレクから病院を去る前に講演をと頼まれたリチャードが壇上に登る。約30年前のレジデント時代に診た症例について話しながら、リチャードの脳裏にはエリス・グレイとの出会いが甦る。

リチャードの復帰第１日目。「初日は楽にやりたい」と思ったのも束の間、ジャクソンが連れてきた祖父は、なんと権威ある外科医のハーパー・エイヴリー。それを知ったクリスティーナはエイヴリーに好印象を与えようと張り切り、他の医師たちもジャクソンに媚を売る。名医の孫というレッテルにうんざりするジャクソンに同情するメレディス。一方、レクシーと寝たアレックスが気に入らないマークは、彼にオペ室から出て行くよう一喝。しかしそんなマークをよそに、レクシーとアレックスは感情抜きのセックスを楽しむ関係を続ける。

臓器を覆う巨大な腫瘍を持つ患者オードリーが手術に挑むことになった。担当はオーウェンだが、ハーパー･エイヴリー賞を意識するリチャードが自分にやらせてくれと名乗りを上げたため、デレクは2人にそれぞれのプランを提出させることに。オーウェンに情報を流すためリチャードの助手になったクリスティーナは、結局2人の板ばさみになってしまう。テディは心臓が腎臓の横にずれてしまった患者に勧めたインプラント手術をきっかけに、マークと急接近。恋愛に弱腰になっていたマークだが、テディを新たな目で見るようになる。

肺大細胞ガンが体中に転移し、余命半年以下と診断されたキムは、担当医のテディに安楽死させて欲しいと願い出る。手続きには2名の医師の署名が必要なため、テディはオーウェンに協力を求めるが、オーウェンは猛反対。眠れない夜が続くオーウェンは、ことあるごとに従軍時代のある出来事を思い出すようになっていた。一方、初めての脳室内腫瘍摘出に挑むはずだったメレディスは、直前でデレクにオペを横取りされてしまう。そんな中、部長就任以来、周囲との距離感に悩むデレクに対してリチャードは部長の心得を伝授する。

ある朝突然現れたアレックスの弟アーロン。臍ヘルニアであることが判明するが、保険に入っておらず手術が受けられないため、アレックスはベイリーに無償オペを頼み込む。一方マークと一夜を過ごしたものの、オーウェンのことが気がかりなテディと、何も話してくれないオーウェンにどう接すべきか分からないクリスティーナ。そんな時、体の複数箇所を銃で撃たれた警官ジーナがＥＲに運び込まれてくる。テディとオーウェンと共にオペに参加したクリスティーナは、心臓の近くに見つけた弾丸を取り出そうとするが・・・。

出産目前でマークの家に駆け込んできたスローンは、テディとアリゾナのおかげで無事に男の子を出産。ところがさっそく父性に目覚め親バカぶりを発揮するマークをよそに、スローンが予定していた養子縁組手続きの期限が迫ってくる。一方、オペのため心臓外科医のトム･エヴァンスを迎えたシアトル･グレース病院。彼の助手に付いて有頂天のクリスティーナとは裏腹に、まだ病院と正規の雇用契約を結んでいないテディは、トムが自分の代わりになるのではと焦りはじめる。そんな時、漁船で事故に遭った親子が救急ヘリで運び込まれてくる。

ベイリーによる患者への配慮を学び直す研修から始まった１日。その矢先にＥＲに運ばれてきたのは体重が300キロを超える巨漢のボビー。研修で教わった内容を実践せよというベイリーの指示とは裏腹に、レジデントたちは不謹慎な態度や発言を抑えられない。更に、元患者の夫から不法死亡訴訟を起こされたデレクは、裁判を恐れるあまり、リスクの高いボビーのオペに二の足を踏む。一方、ボビーを“デブ”呼ばわりしたとして担当を外されたクリスティーナは、心臓発作を起こした患者の娘ケリーの子守を命じられる。

いつものようにセックス目的でマークの部屋を訪れたテディは、ベッドルームでリードと鉢合わせ。一方、妄想型統合失調症と診断された16歳のヘイリーの様子を見て、精神疾患以外の問題を疑ったアレックスが、抜群の記憶力を持つレクシーのおかげで、見事に別の原因を突き止める。そして私生活面でもアレックスと正式なカップルになることを決めた矢先のレクシーに、衝撃的な告白をするマーク。またメレディスは、オーウェンから２人で暮らそうと言われて喜ぶクリスティーナを心配するが、デレクから聞いたことを口に出来ず・・・。

妊娠テストで陽性反応が出たメレディスは、ニュースを伝えようとデレクの元へ急ぐ。同じ頃、デレクに対して妻の不法死亡訴訟を起こしたゲイリー･クラークが病院へやってくる。妻が蘇生しなかったのはデレクの責任だと思い込んでいるクラークは、デレクに復讐するため銃を隠し持っていた。偶然にクラークと遭遇したリードとアレックスが次々と撃たれ、病院は緊急封鎖に。カリーとアリゾナは小児外科フロアに缶詰となり、患者の病室に閉じ込められたベイリーとパーシーの目の前にも、銃を構えたクラークが現れる。

発砲事件が起きた時、近所で食事を取っていたリチャードは、騒ぎを聞きつけて病院へ駆けつける。メレディスとクリスティーナはクラークに撃たれたデレクをオペ室に運ぶが、アテンディングは誰もいない。動揺するメレディスを外へ残し、クリスティーナはジャクソンと共にデレクのオペを敢行する。重症患者と一緒に病院の外へ避難したオーウェンは、クリスティーナがまだ中に残されていると知り、再び病院の中へ。しかしそこで目撃したのは、クラークからデレクのオペをやめるよう頭に銃を突きつけられたクリスティーナの姿だった。