L'équipe du Seattle Grace doit faire face aux conséquences de la mort de George. Frappé par cette dure épreuve, chacun tente de trouver des moyens pour traverser les différentes étapes du deuil. Ils doivent aussi faire face à une dure décision que doit prendre la mère de George : donner les organes de son fils ?

Tout le monde se bat pour surmonter son chagrin et chacun se tourne vers une distraction différente. Ainsi, Meredith et Derek consomment leur mariage partout ou ils peuvent alors que Cristina et Owen ont reçu comme consigne du Dr Wyatt de s'abstenir de rapport sexuel.

Plusieurs semaines après son expérience de mort imminente, Izzie est de retour au travail. Les résidents sont neveux après l'annonce du chef : il y aura des mises à pied au Seattle Grace. Ainsi, ils donnent tous le meilleur d'eux même. Cristina travail en pédiatrie avec Arizona. Bailey et Alex soignent une patiente qui a un fils schizophrène ce qui ne les aide pas.

Le père de Lexie et Meredith est hospitalisé dans un état critique. Il souffre d'une cirrhose et a besoin d'une transplantation du foie. Lexie se porte volontaire pour le don d'organe, mais son foie n'est pas compatible. Meredith n'est pas décidée à faire le test. Alex veut retourner vivre chez Meredith avec Izzie. Callie souhaite réintégrer le Seattle Grace mais ne sait pas comment le dire à son chef.

Le jour de la fusion de Seattle Grace et de Mercy West est arrivé et la compétition commence entre les résidents des deux hôpitaux. Pendant ce temps, Arizona a affaire à une Callie exaspérée quand son père emploie un prêtre pour la convaincre de sortir à nouveau avec les hommes. Izzie est la première à subir les conséquences de la nouvelle concurrence chirurgicale.

Après qu'une victime de graves brûlures soit morte inopinément dans un service d'urgence totalement chaotique, Le Chef et le membre du conseil Jennings interrogent les médecins de l'hôpital pour essayer de trouver les coupables. Tous les résidents du Seattle Grace et de Mercy West tentent de justifier chacune de leurs actions pour sauver leur emploi.

Un employé de l'hôpital demande à Derek d'opérer sa tumeur cancéreuse située sur sa moelle épinière. Après une longue réflexion et malgré l'interdiction formelle de Richard, le chirurgien accepte de faire l'opération. Il demande à Lexie de l'assister pendant toute la durée de l'intervention qui doit durer plusieurs heures. Alex est très inquiet car Izzie n'a pas donné signe de vie depuis une semaine.

Les parents d'un jeune patient d'Arizona font un don exceptionnel à l'hôpital. La pédiatre est félicitée par ses supérieurs jusqu'au jour où l'état de l'enfant se dégrade et qu'une décision lourde de conséquences doit être prise? Toujours aussi affecté par l'absence d'Izzie, Alex trouve du réconfort en pédiatrie, sans même remarquer qu'une jeune interne est éprise de lui. Cristina met son couple en danger.

Teddy Altman est recrutée par Owen pour devenir la nouvelle chirurgienne cardio-thoracique de l'hôpital. La présence de ce brillant médecin, qui a connu Owen en Iraq, inquiète immédiatement Cristina. A la surprise générale, Izzie revient pour faire soigner un ancien professeur de lycée, atteint de démence. Alex refuse la confrontation. Richard, accablé par les responsabilités, prend une décision difficile.

Miranda reçoit la visite de son père, William, qui désapprouve ses choix de vie et notamment, son divorce. Mark voit resurgir dans sa vie une jeune femme qu'il a connu autrefois? Cristina et Teddy opèrent ensemble une patiente qui souffre d'une grave affection cardiaque. Richard est rattrapé par ses vieux démons. Il propose à Meredith de lui donner des cours de chirurgie et fait la paix avec Derek.

Mark invite Addison à Seattle afin de l'aider pour une procédure difficile sur sa fille enceinte. Owen questionne Teddy sur les motifs qui l'ont poussées à attribuer à Cristina l'initiative d'une intervention chirurgicale compliquée. Derek a des soupçons lorsque le chef recrute Meredith pour l'assister sur une grosse opération.

Après avoir pris connaissance des problèmes d'alcool de Richard, Derek le confronte pour son bien ainsi que celui de l'hôpital. Izzie revient avec l'espoir de se réconcilier avec Alex tandis que la tension monte entre Teddy, Cristina et Owen suite à une surprenante révélation de Cristina.

Derek tente de convaincre Richard de se faire soigner pour son alcoolisme, gagne le respect du personnel hospitalier et évite une potentielle poursuite en justice, tout ça pour le premier jour en tant que chef intérimaire. Alors que Derek commence son travail de chef intérimaire, il fait face à une possibilité de procès lorsque le patient de Bailey et de Meredith sort de l’anesthésie au beau milieu de l'intervention. Pendant ce temps, Teddy refuse de placer Cristina dans son service, Arizona teste Alex en pédiatrie et Mark refuse de parler à une Lexie qui est navrée.

C'est la St-Valentin, mais les médecins du Seattle Grace doivent faire face à des dizaines de blessés suite à l'effondrement d'un toit dans un restaurant romantique. Derek tente de gérer son nouvel emplois du temps en tant que chef de la chirurgie et Meredith se bat avec ses nouvelles fonctions de "femme du chef". Mark et Callie font équipe pour convaincre Sloan à faire les bons choix pour son bébé.

En tant que Chef, Derek restaure les conférences médicales et Richard, Bailey et Callie présentent au groupe principal des cas de chirurgie qu’ils ont rencontrés dans leur passé. Bailey pense à ses premiers jours en tant que résidente timide. Callie revient sur un cas de poliomyélite et Richard se souvient d'une affaire sur laquelle il a travaillé avec Ellis, le cas d’un patient qui avait le GRID, un virus appelé plus tard le SIDA.

Lorsque le célèbre chirurgien Harper Avery se précipite au Seattle Grace-Mercy West, le personnel est étonné de découvrir qu’un des leurs est lié à cette légende. Sa demande peu orthodoxe, en ce qui concerne l’intervention dont il doit faire l’objet, provoque des tensions entre Derek et Richard. Pendant ce temps, Callie et Arizona essaient d'aider Teddy et Mark à aller de l’avant et à trouver des pâturages plus verts.

La tension continue de monter au Seattle Grace, lorsque Richard et Owen entrent en concurrence pour une intervention chirurgicale complexe. Un patient, qui a besoin d’une intervention extrêmement compliquée, arrive au Seattle Grace, et c’est Richard et Owen qui rivalisent pour avoir l’opportunité de la faire. Mais la décision est entre les mains de Derek qui estime que c’est à Owen de la faire, laissant Richard amer. Dans le même temps, Bailey fait face à ses combats personnels lorsqu’elle doit se préparer nerveusement à un autre rendez-vous avec Ben.

Lorsque son patient décide de mettre fin à son traitement, et donc à sa vie, Teddy se tourne vers Owen. Cela ravive les souvenirs lancinants de ce dernier, sur la guerre et sa relation avec Teddy. Arizona et Callie ont des opinions différentes à propos de l’avenir. Richard tente de s’adapter à son nouveau rôle de simple chirurgien.

Sloan revient à l'appartement de Mark parce qu'elle est en travail. Teddy, Mark et Callie toujours en froid avec Arizona sont là pour aider à la naissance et pour obtenir de Mark l'adoption de son petit-fils qui est en attente. Pendant ce temps Teddy voit dans l'invitation par Derek d'un illustre chirurgien cardiothoracique Tom Evans une menace pour son futur poste à l'hôpital . L'équipe travaille sur un capitaine de bateau de crabe qui a été poignardé avec un crochet requin géant.

Bailey prépare l'équipe avec une formation de sensibilisation obligatoire avant l'admission d'un patient de 320 kg ayant des problèmes médicaux aggravés, et l'affaire se révèle être un défi dans tous les sens du terme. Pendant ce temps Derek se trouve face à face avec le mari d'une ancienne patiente portant plainte pour mort suspecte. Passer du temps avec la fille d'un patient cardiaque ouvre de vieilles blessures à Cristina.

Quand un patient âgé admis aux urgences pour un problème cardiaque retrouve une femme qu'il avait perdu de vue depuis longtemps et qui est au SGH pour une fracture du bras, le personnel se retrouve pris au milieu de leur histoire d'amour. Pendant ce temps, Alex traite une adolescente troublée dont les parents la soupçonnent d'être schizophrène tandis que Meredith ne peut s'empêcher de parler de ses soupçons concernant Owen à Cristina.

Meredith est excitée par les résultats de son test de grossesse, mais avant qu'elle n'ait pu en parler à Derek, Gary Clark, le mari d'une patiente décédée, arrive armé à l'hôpital. Tout le monde craint pour sa vie. Gary tue Reed d'une balle dans la tête et blesse Alex. Derek est touché...

La police arrive à temps pour empêcher Gary Clark de tirer une nouvelle fois sur Derek, mais Cristina doit alors pratiquer une opération d'urgence. Dans les couloirs, chacun se bat pour sauver les autres, mais le tireur fait des ravages, jusqu'à la confrontation finale avec Richard.