試験に落第し、インターンをもう１年やり直すことになったジョージ。一方でレジデント初日を迎えたメレディス、クリスティーナ、イジー、アレックスの４人の下には、それぞれが面倒を見なくてはならない新入りのインターンたちがやってくる。ところがなんとその中の１人に、メレディスの義理の妹レクシーがいた。ジョージと気持ちを確かめ合ったイジーは、そのことをカリーに言い出せないでいる彼の態度にイライラを募らせる。

クリスティーナはメレディスがデレクとヨリを戻したことを察知。しかしメレディスは、そのことをみんなに話そうとはしない。マークとウェーバー部長は舌ガンの患者のために、前例がほとんどない神経縫合手術に挑む。そんな中、約１年間も半昏睡状態のままで、メレディスたちが密かに“長老”というあだ名を付けていたチャーリーが、突然目を覚ます。驚いたことに、インターン時代に彼の病室をたまり場にしていたイジーたちのお喋りを、チャーリーはすべて聞いていたのだった。

ジョージからイジーと寝たことを告げられたカリーは、勤務中も気がそぞろに。そのひどい様子に我慢がならないベイリーは、なぜ自分ではなくカリーをチーフ･レジデントに指名したのかと、ウェーバー部長に直談判。そんな中病院内は、イジーとカリーがジョージを巡って直接対決をするという噂で沸き立つ。一方恋人関係を解消しセックスだけの仲になったはずのデレクとメレディス。ところがデレクは、週末にワイン･カントリーで２人だけの濃密な時間を過ごそうとメレディスを誘う。

ハロウィンは、１年の中でも最もERが混み合う日。恒例のチェーンソーのカボチャ彫刻コンテストで怪我をしたり、お祭り騒ぎで羽目を外した患者たちが大勢運び込まれてくるのだ。カリーとベイリーはレジデントたちを集め、気を引き締めて１日の任務に当たるように命じる。そんなあわただしい１日に、メレディスは亡き母エリスの遺灰をポリ袋に詰めて持ち歩く。アレックスの前には以前の担当患者エヴァが現れ、ジョージは心臓移植を待つある男性患者に、不慮の事故で脳死となった娘の心臓を受け入れるようにと説得する。

10万ドルの結婚式を勝ち取るコンテストで優勝を狙う２人の女性が、大乱闘で血まみれになり、一着のドレスにしがみついた姿でＥＲに運ばれて来た。先にドレスを手放した方が負けになるため、２人は断固として治療を拒否。妻のアデルに離婚を言い渡されたウェーバー部長は、デレクのトレーラーの隣に居候を始め、“紳士のゆうべ”を開こうとデレクとマークを誘う。そんな３人を冷ややかな目で見るのは、バークの後任としてシアトル･グレース病院に着任したエリカ･ハーン。クリスティーナは優秀な心臓外科医のハーンに取り入ろうとアピールするが、ハーンは難しいオペの助手にイジーを指名する。

やっと想いを実らせたものの、思っていたほどカラダの相性が良くないことに気付きはじめたイジーとジョージ。まるで恋人のように、ウェーバー部長から身の回りの世話を押し付けられるデレク。クールで天才的な手さばきで次々と難しい手術をこなすハーンに、魅力を感じ始めるマーク。レクシーがアレックスと一夜を共にしたことを知ったメレディスは、今まで以上にレクシーを避けようとする。ところが、心停止になってしまった女性患者の夫と養子に迎えたばかりの赤ん坊が、少しずつ家族関係を築きはじめる姿を見て、レクシーはメレディスにもっと自分のことを知ってもらおうと決心する。

大学見学ツアー中のバスが転落し、乗っていた大勢の高校生と運転手がＥＲに運び込まれる。なんとその運転手は、ベイリーの高校時代の同級生マーカスだった。人気者のマーカスに当時恋心を寄せていたベイリーは、高校生に戻ったようにマーカスの世話を焼く。イジーとジョージはセックスの相性が良くないことに悩み、それぞれメレディスに相談。一方メレディス以外の女性とデートをする気になったデレクは、レジデントのシドニーとジョーの店へ。しかしシドニーは、デレクの予想に反する態度を取る。

二枝バイパス手術を受けた後に合併症を起こしたジェイコブ。彼を搬送して来た救急車に、後から到着した別の救急車が衝突し、負傷した２人の救急隊員が車内に閉じ込められてしまう。後から突っ込んだ救急車に乗っていたシェーンは、救助しようとするベイリーを強く拒絶。なんと彼は腹部に鉤十字のタトゥーを入れた白人至上主義者だった。クリスティーナとベイリーがオペを担当すると知ったシェーンは、必ず白人の医師を１人オペに立ち合わせろと要求する。

恐れていた頸動脈の破裂を起こしたニック。唯一彼の病室にいたレクシーは、必死に出血を止めようとするが、やがてニックは脳卒中を起こしてしまう。横転した救急車の車内に閉じ込められたレイとスタンの救出は難航。やがてスタンは息を引き取り、レイも心不全を起こしていることが判明する。メレディスは自ら車の中にもぐりこみ、困難な状況の中で、細心の注意が必要な処置をすることに。一方デレクは、大事なオペの最中に故障したコンピューターを見事に修理した看護師ローズと急接近する。

無事にオペを切り抜け、勢いでキスをしたデレクとローズ。お互いに好意は認めながらも、デレクは “自分には恋人がいる”と予防線を張って気持ちをごまかす。そしてメレディスに、温めていた２人の家の設計図を披露。彼に“私だけを見て”とは言ったものの、メレディスはデレクの行動の早さに驚きを隠せない。更に、ジョージからデレクとローズがキスをしたと聞かされ、メレディスの頭は混乱する。そんな中、病院では自分には治癒力があると信じる１人の女性患者が、次々と患者の症状を改善しはじめる。

２週間をかけて担当する手術や治療の数をポイントで競う外科コンテストに挑むメレディスたち。そんな中で、不眠に悩み病院内のセラピーに通うことになったメレディスは、自分の抱える問題を素直に認められず、セラピストと衝突を繰り返す。ジョージはイジーが自分の母親にすべてを話してしまったと知り、仲間たちとの共同生活から自立することを決意。同じく実家から出ようと考えていたレクシーに、部屋をシェアしないかと持ちかける。

LAに移ったアディソンが、シアトル･グレース病院へと戻って来た。心臓が体外に飛び出してしまった新生児のオペを行うためだ。変わらない面々の様子に懐かしさを感じるも、自分の居場所はここではないと再認識するアディソン。一方インターン仲間たちと過ごす時間が増えてきたジョージは、今まで通りの友達付き合いを求めるイジーに、もう２人は立場が違うのだとはっきり告げる。アレックスの前には再びレベッカが現れ、恋愛関係を解消したメレディスとデレクは、共に脳腫瘍の臨床試験に挑戦する。

スローンにもてあそばれた看護師たちが“反スローン同盟”を結成。彼女たちは団結して、スローンに協力することを一切拒否する。イジーは、アレックスの子どもを妊娠したエヴァを担当するが、検査結果は意外なものに。しかしすでに父性が芽生えはじめているアレックスに、その事実を言い出すことができない。そんな中、バークが優秀な心臓外科医に贈られる権威ある賞に輝いたというニュースが駆け巡り、影で彼を支え続けたクリスティーナと、バークにライバル心を燃やすハーンは、それぞれに複雑な心境に陥る。

ウェーバー部長の恩師であり、心臓外科の名医であるタプリーがシアトル･グレース病院を訪れることになった。彼の前で印象的なオペを披露しようと活気付く医師たち。ところが現れたタプリーは、衝撃の告白をする。セラピストと衝突してばかりのメレディスは、セラピーを中止。一方、看護師たちからボイコットを受けたスローンは、素行を改めて遊びのセックスをきっぱりと止めることに。更にスローンは、カリーにハーンの魅力を絶えず耳打ちし続け、カリーをその気にさせていく。

デレクと一緒に臨床試験に挑みながら、また少しずつ2人の心がひとつになる感覚を覚えるメレディス。同時に自分の中に眠っていた手術に対する情熱も取り戻していく。しかし臨床試験の方は失敗が続き、ウェーバー部長は２人に対し、試験の期限を宣告。一方カリーはマークの魅惑的なトークの虜になり、仕事中もハーンが気になって仕方がない。またウェーバー部長の部屋でジョージのファイルを盗み見してしまったレクシーは、ジョージにインターンの再試験を受けるようにと勧める。

全身をセメントで固められてしまった若者を受け入れたベイリーたちは、一丸となって治療にあたる。デレクとメレディスは、12人目の臨床試験患者を亡くし、13人目の手術に挑むかどうかで衝突。そんなメレディスは、再開したセラピーを通して、いつも母親の期待に沿いたいと願うあまり、頑張りすぎていた自分に気付かされる。僅か１点差でインターンの試験に落ちたと知ったジョージは、レクシーの励ましを受けて試験の再チャレンジを志願。そして、カリーは戸惑いながらも、自分の中に芽生えたハーンへの想いを彼女にぶつけることに・・・。