כולם צריכים להתמודד עם השלכות מעשיהם בסוף העונה הקודמת ועם הזמן החולף. איזי המומה ממותו של דני ומסרבת להתעשת. לביה"ח מגיע זוג שחולה בדבר וג'ורג' ושפרד נתקעים בבידוד.

מרדית מחליטה לצאת עם דרק ופין במקביל. קרב לוחץ על ביילי שתדבר עם איזי. וובר מגלה שקאלי מתגוררת בבית החולים והיא נאלצת לעזוב. כריסטינה פוגשת את אמו השתלטנית של פרסטון.

איזי אוזרת אומץ וניגשת לביה"ח. קאלי עוברת לגור עם ג'ורג' שנלחץ לגור איתה. אלכס מטפל בילדה מלאה בפציעות שלא מרגישה כאב. החיזורים של דרק ופין אחרי מרדית גוברים.

למרדית יש דלקת בתוספתן בגלל לחץ ההחלטה שעליה לקבל. ברק ממשיך להדריך את כריסטינה בזמן שהיד שלו מחלימה, ואביו של דני פוגש את איזי ומעניק לה את הירושה של של דני.

איזי אכולת רגשות אשם ולא יודעת מה לעשות עם עצמה ועם הצ'ק. כריסטינה מחפה על ברק בניתוח, ודרק ואדיסון מתגרשים באופן רשמי.

ג'ורג' מנסה לשקם את היחסים שלו עם קאלי. אחותו של שפרד באה לבקר ולברר מה קורה איתו. כריסטינה מחפה ומגוננת על ברק וזה מעצבן את ביילי.

דרק שחיכה להזדמנות לקחת חופש מהכול ולנסוע לכמה ימים שומע שחבריו לעבודה יוצאים כולם לטיול מחנאות. ביילי מתעמתת עם כריסטינה ורופא נוסף מתעמת עם איזי על רגשותיה כלפי דני. אדיסון וקלי נתקלים בבעיה גדולה עם מטופלת בהריון.

במהלך ניתוח ברק נותן לכריסטינה לצנתר לב, לתדהמת הצוות. אבא של ג'ורג' מאושפז והאחים של ג'ורג' עדיין מזלזלים בו למרות שהוא רופא.

תאונת רכב טראומתית ממלאת את חדר הניתוחים. כריסטינה חווה משבר בגלל מצפונה הלא נקי עם עבודתה המשותפת עם בורק, איזי נכנסה לתוך תקופת מבחן.

ביילי כועסת שיאנג וברק לא נענשו על מעשיהם. איזי מצוותת לסלואן, שכהרגלו מנסה להשפיל אותה, אך היא עומדת על שלה ומנצחת. ד"ר האן מנתחת את אבא של ג'ורג' בהצלחה.

כאשר הניתוח של מר אומאלי מתקרב, הוא מתחיל לחשוד עד כמה שמצבו הוא רציני, איזי עושה צעד חיובי בכך שהיא מצטרפת לניתוח, ומרדית ממשיכה להתחמק מאביה.

ג'ורג' מבין שאבא שלו התעקש להמשיך בניתוח למרות מצבו הקשה. מרדית שואלת את אבא שלה על חלקו בגירושין מאמה, ולא מבינה מה בדיוק היא ירשה ממנו מאחר והם שונים מאוד זו מזה.

הצ'יף מודיע על פרישתו וכל ראשי המחלקות פותחים במרוץ אחר התפקיד. סלואן מחליט שלא לעזוב לאחר שהוא מבין כי תפקיד הצ'יף יכול להיות שלו. ביילי מנסה להשיג סיוע מהעמיתים כדי לפתוח מרפאת חינם בביה"ח.

אליס גריי חוזרת לעצמה פתאום ומובהלת לביה"ח בגלל בעיות בלב. מרדית מתקשה להתמודד עם המצב. מרפאת החינם ע"ש דני דוקט נפתחה, חולה בעלת דם רעיל גורמת למנתחים בעיות קשות.

המתמחים מתמודדים עם מקרה התאונה ההמוני בזמן שג'ורג' חוצה את הקו המקצועי עם קאלי, כריסטינה מבקשת מפרסטון לתת לה לספר למרדית על האירוסין שלהם לפני שמישהו אחר יגלה על זה והצ'יף עשה עיצוב חדש לשיערו.

כריסטינה מחכה בבית החולים למרדית כדי לספר לה על החתונה שמתקרבת. איזי נלחמת על חיי המטופל שלה, שעדיין תקוע בין שתי מכוניות על המעבורת ודרק גם מחפש את מרדית, שתוהה לאן היא נעלמה. אלכס מקבל את העבודה להודיע לחברים ובני המשפחה על מצבם של יקירהם.

תאונת מעבורת שולחת את הצוות לזירת אירוע רב נפגעים. כולם מאותגרים אל מול הפצועים הקשים שמולם, ומרדית מוצאת עצמה בסכנת חיים. וובר מתקשה להשאיר את מרדית בחיים,לאחר שאינה מגיבה לטיפול. דרק מתמוטט.

המירוץ לתפקיד מנהל מחלקת הכירורגיה מתגבר. מרדית מזמינה לביתה את אביה ואשתו לארוחת ערב. לקאלי וג'ורג' יש בעיות בחיי הנישואים. היחסים בין ברק וכריסטינה מתערערים.

כל ראשי המחלקות נלחצים לקראת הראיון עם מועצת המנהלים. ג'ורג' פוגש את אבא של קאלי. איזי המומה ממה שקרה עם ג'ורג'. כריסטינה מנסה לשקם את יחסיה עם ברק. דרק עדיין דואג למרדית.

העבר של כולם רודף אותם; כריסטינה מתחמקת ממארלו, איזי מתקשה להתנתק מטעויות העבר, ג'ורג' מתקשה להתנתק מאיזי ומרדית מתקשה להתמודד עם אמה החדשה.

קאלי מקנאה באיזי ומתעמתת איתה. מרדית משתדלת להתנהג כמו חברה טובה, אבל לדרק קשה. לביה"ח מגיע איש עם בעיה גדולה.

פרק מיוחד ופיילוט של סדרה בכיכובה של אדיסון! - "מרפאה פרטית". אדיסון יוצאת לחופשה בלוס אנג'לס ושוהה אצל חברים בעלי מרפאה פרטית. מרדית מדברת עם אביה. כריסטינה נלחצת מההכנות לחתונה.

אדיסון, שעדיין נמצאת בלוס אנג'לס, מיילדת אישה בהיריון, על אף שלא באה לשם בשביל לעבוד. ברק מרגיש ספקות בקשר לחתונה וג'ורג' מרגיש ספקות בקשר לנישואיו. לסוזן נוצרים סיבוכים ותאצ'ר כועס על מרדית.

היום הגורלי הגיע והחבורה ניגשת למבחן ההתמחות שיקבע את עתידם. קאלי ממשיכה לחשוד ביחסים של ג'ורג' ואיזי.

פרק סיום העונה. קאלי וג'ורג' מגיעים להחלטה גורלית. המחליף של וובר מגיע. מטפסי הרים מתאשפזים בבית החולים עם סיפור חשוד. בעלה של הפציינטית האנונימית מגיע לחפש אותה.