Los médicos de Seattle Grace ayudan a Izzie a hacer frente a la pérdida de su novio, Denny, que acaba de morir y su decisión de abandonar el hospital. Meredith tiene que decidir sobre su futuro tras haber pasado la noche con Derek. El Jefe discute con su esposa, Adele, tras pasar la noche en su oficina y George consigue consejo de una fuente inesperada sobre su nueva relación.

Cristina se reúne con los padres de Burke. Como en la mayoría de las circunstancias incómodas, Izzie comienza a cocinar y preparar pasteles. Addison se toma un descanso de sus obligaciones en el hospital y se emborracha. Richard descubre la vida secreta de Callie en el hospital y un paciente de cirugía se encuentra en el que puede ser el último día de su vida.

Cristina intenta ayudar a hacer frente a Preston al temblor de su mano. Izzie intenta volver al hospital por primera vez desde que salió del programa. Alex trata a una niña que tiene un largo historial de lesiones y quien se cree superheroína. La relación de George y Callie avanza.

Addison duda de sus habilidades como médica. Cristina ayuda a Burke en su rehabilitación. Izzie recibe la sorpresa de su vida. Meredith es diagnosticada de apendicitis y George tiene que operarla.

Bailey trata a una joven madre que lucha contra el cáncer de mama. Derek aprende más sobre la relación entre Mark y Addison. Los internos defienden a Miranda cuando es cuestionada como cirujana en una reunión de personal del hospital por la extraña muerte de Denny. Meredith y Addison examinan a una pareja que se encuentra en una posición bastante incómoda.

Cristina se ha convertido en la mano derecha de Burke, hecho que hace que sea la envidia de sus colegas. Alex se pregunta sobre su futura especialidad médica. George y Addison trabajan con una mujer embarazada con un inusual dilema y Derek recibe una visita sorpresa de su hermana.

La familia O'Malley visita a George en el hospital, causando problemas a George. Meredith está decidida a tener un punto de vista más positivo en la vida. Derek y Addison se esfuerzan por lograr una relación civilizada y Richard se esfuerza por recuperar a Adele.

Capítulo de 50 minutos. Un traumático accidente de coche llena la sala de emergencias. Cristina tiene una crisis de conciencia acerca de su trabajo secreto en equipo con Burke. Izzie empuja los límites de su período de prueba.

Acontecimientos recientes enturbian la relación entre Burke y Cristina. Molly, la hermana por parte de padre de Meredith, es ingresada en el hospital. Derek y Mark deben trabajar juntos cuando dos hermanos muy unidos buscan ayuda médica. Además el padre de George debe ser intervenido por Erica Hahn.

Después de una exitosa operación en su corazón, el padre de George se somete a una operación para extirpar su cáncer de esófago, lo que provoca que su vida peligre. Thatcher Grey visita el hospital Seattle Grace con el fin de ver su nueva nieta, Laura, la hija de Molly. Meredith descubre la dificultad de Derek para dormir. Izzie recibe la herencia de Denny.

Conclusión de un episodio de dos partes. George y su familia deben luchar con una difícil decisión con respecto a la vida de Harold, el padre de George. Meredith descubre que ella comparte algo en común con su padre. Addison lamenta un acontecimiento de su pasado. Izzie paga la costosa operación de un paciente.

Después de que el jefe anuncie su retiro, los rumores comienzan a circular sobre su posible sucesor. La Dra. Bailey tiene como objetivo crear una clínica médica gratuita. Burke le pide matrimonio a Cristina al igual que George le pide matrimonio a Callie.

La carrera por ser el jefe está en marcha y los médicos compiten por el afecto de Richard. Un paciente de cirugía pone en peligro la vida de los que le rodean y Meredith ve como su madre experimenta un cambio en su estado de Alzheimer.

La primera parte de un período de tres capítulos. Un accidente de Ferry reta a los internos de muchas formas diferentes. Richard comienza una transición mientras pasa por un cambio de vida, mientras que Cristina intenta dicirle a Meredith que se ha comprometido con Burke antes de que los demás se enteren. Los problemas surgen cuando Geroge debe encontrar a un niño perdido, Alex rescatar a una embarazada desconocida, Izzie tratar a un paciente dentro del ferry y Meredith tiene a una niña perdida, pero cuando Meredith intenta ayudar a un hombre, éste la lanza al agua sin querer.

Meredith esta todavía bajo el agua y nadie se da cuenta hasta que Derek encuentra su abrigo sobre el paciente al que estaba tratando. Izzie trata a un paciente que está sufriendo convulsiones y que está atrapado entre dos coches. George sigue en busca del hijo perdido de una paciente después de hacerle una falsa promesa. Alex no tiene ninguna esperanza en la identificación de la embarazada. Derek resacata a Meredith del agua, la cual debe luchar por su vida ya que entra en un limbo.

Todos en el hospital están luchando para que Meredith sobreviva, del mismo modo, muchos de los afectados por la tragedia del ferry siguen internados en el Seattle Grace y debatiéndose por salir adelante. Como Lucas, un joven que tiene problemas con la coordinación del cerebro y el habla. En este episodio alguien muere.

La carrera por ser jefe se calienta y un nuevo competidor entra en la carrera. Entre Izzie y George comienzan a haber problemas y Callie debe revelar un gran secreto. Mientras tanto, Derek trata a un paciente cercano y querido para él, al mismo tiempo Alex continúa su trabajo con la embarazada desconocida.

George conoce a su nuevo suegro. Alex ayuda a la desconocida, Ava (nombre con la que la ha bautizado) a determinar la forma en que el mundo va a verla a partir de ahora. El hospital comienza a entrevistar a los candidatos para el puesto de jefe. Izzie lucha con una sorprendente revelación.

Colin Marlow continúa intentando entrometerse entre Cristina y Burke. Paralelamente, Izzie tiene noticias de su hija, después de que hayan pasado años sin verla tras dejarla en adopción.

Como los internos de Seattle Grace se preparan para su próximo examen, los residentes compiten por la posición de jefe tras el ingreso del presidente de la Junta del hospital como paciente. Mientras tanto, Burke lucha por la participación de Cristina en la planificación de su boda, las cosas se calientan entre Addison y Alex, Derek se cuestiona su relación con Meredith.

La primera parte de dos horas de episodio. Después que las cosas se vuelven demasiado complicadas en Seattle, Addison viaja a Los Ángeles para reunirse con viejos amigos de la escuela de medicina. Mientras tanto, Derek debe llevar a cabo una cirugía de emergencia por Ava (Elizabeth Reaser) y Cristina planea su boda con su madre y la madre de Burke.

La segunda parte de un episodio de dos horas. Addison continúa su travesía a Santa Mónica donde se reencuentra con viejas amistades y traba relación con algunos viajeros. Paralelamente, en Seattle, Meredith que no está pasando buenos momentos con Derek se esfuerza en mejorar su relación con Susan y Thatcher. Por otro lado, mientras Cristina debe lidiar con su madre y la madre de Burke, este último tiene algunas dudas sobre su inminente boda. Alex sigue decantándose por Jane.

Meredith, Cristina, Izzie, George y Alex se preparan para realizar los temidos exámenes del hospital. Se trata del gran test de sus carreras, pero uno de ellos no está bien preparado para aprobarlo.

Todos los internos del hospital están a la espera de conocer los resultados de los exámenes finales. Además, se celebrará la boda de Cristina y Burke y, por si fuera poco, se conoce quién va a sustituir a Webber como jefe del Seattle Grace. Por otra parte, Callie y George deben tomar una decisión importante. Y en relación a los pacientes, llegará Jeff Pope, un hombre que está buscando a su mujer y a su hijo recién nacido, que están en el hospital. Alex es quien se encargue del caso.