デニーを失い大きなショックを受けたイジー。バスルームに閉じこもったままのイジーに代わる代わる寄り添いながら、メレディスたちの脳裏にはインターン１年生として初めて仲間と出会った頃の記憶がよみがえる。危険な伝染病に感染した患者に接触してしまったジョージとデレクは、病院内のロッカールームに隔離されることに。アレックスは置き去りにされた未熟児の母親探しに奔走し、ウェーバー部長はわざわざ秘書を通じて予約を入れた妻アデルの訪問を受ける。

入院中のバークを見舞いに訪れた彼の両親と、気まずい初顔合わせをしてしまったクリスティーナ。バークの母親は、クリスティーナが自慢の息子に見合う相手かどうか、厳しい目で観察を開始する。また病院内の落し物として掲示板に貼られた女性用の下着を巡って、カリーの浮気を疑うジョージ。メレディスは、優しくて思いやりのあるフィンに心を動かされるも、今度こそアディソンとの結婚にピリオドを打つというデレクの言葉を聞き、ますます混乱するばかり。そんな３人は担当する患者を通じて、それぞれの悩みに対する答えを見出す。

デレクとフィンの２人とデートを重ねて、どちらを選ぶか決めると宣言したメレディス。でも、それは思っていた以上に難しいことだと痛感する。自宅療養となったバークは、果たして自分の腕が元通りに動くようになるのかと不安に陥る。そんなバークを見守っていたクリスティーナは、バークに自信を持たせようとある行動に出ることに。アレックスは自分が痛みを感じないスーパーヒーローだと信じる少女の治療に当たる。そしてデニーの死から立ち直ったイジーは、もう一度医師になるチャンスが欲しいと願い出るため、意を決して病院へ向かうが・・・。

突然の腹痛に襲われ、“もしや妊娠？！”と半信半疑なメレディスだったが、やがて虫垂炎であることが判明。麻酔のため饒舌になったメレディスは、通りがかったアディソンを病室に呼び、２人は初めて本心を語り合うことに。マークが正式に医師としてシアトル･グレース病院に着任したことを知り憤慨するデレクは、右手に違和感が残っているというバークの相談を軽く受け流し、バークの現場復帰を許可してしまう。そしてイジーの元には、デニーの父親があるものを手渡すためにメンフィスからやって来る。

シアトル･グレース病院で開かれた死亡症例検討会に出席したメレディスたち。そこでデニーの症例が取り上げられ、イジーを含むインターンたちの責任者であるベイリーが、非難の矢面に立たされる。いよいよ病院に復帰することになったバークのために、クリスティーナは周りに気付かれないようにバークをサポートすることを提案。デレクとアディソンは離婚に向けて具体的な話し合いを始め、デニーが残してくれた巨額の遺産を手にしたイジーは、その使い道に頭を悩ませる。そんな中病院には、離婚したものの“離れられなく”なってしまった元夫婦の患者が現れる。

やっと病院に戻ることが許可されたイジーと、彼女を迎え入れたベイリーには、それぞれに大きな壁が待ち受ける。メレディスはニューヨークから訪ねて来たデレクの姉に気分を害され、アレックスは珍しいケースの助手に自分ではなくジョージを指名したアディソンに腹を立てる。またバークの後遺症を隠すために、オペのスケジュールやメンバーにまで目を配るようになったクリスティーナは、次第に他のインターンたちから孤立し始める。

メレディスと離れて自分の考えを整理するため、郊外へキャンプに行くと決めたデレク。バークを誘ったつもりが芋づる式にメンバーが増え、ウェーバー部長を含む男ばかりの大所帯で出掛けることに。ところがジョージとアレックスの些細な言い争いがケンカに発展し、キャンプどころではなくなってしまう。同じ頃病院では、隠し事に気付いたベイリーがクリスティーナを追及。メレディスは、マークが担当する性別適合手術に立会い、アディソンは転倒した出産間近の妊婦を診る。そしてイジーには、カウンセラーとともに１日を過ごすという課題が与えられる。

父ハロルドに転移性の食道ガンが見つかり、動揺するジョージ。その上、心臓の手術も必要となり、それをバークが担当すると知ったジョージは、以前目撃したバークの手の震えを思い出し、不安を募らせる。一方アレックスとイジーは、整形手術を繰り返し、自分のことを三人称で語る風変わりな男性患者を一緒に担当しながら、再び絆を深める。家を出てホテル暮らしを続けていたウェーバー部長は、妻の希望を受け入れ引退することを決意。そのためメレディスの母親エリスを見舞うこともやめると決心する。

大規模な車の事故が発生し、大勢の患者がERに搬送されて来た。大忙しのインターンたちを横目に、試用期間中のイジーは治療に参加することができない。バークの腕が信用できないジョージは、患者の家族の立場から父の担当を変更して欲しいと申し入れ、手術には別の医師を指名。突然バークが担当から外れたと知ったジョージの両親は困惑する。そして、クリスティーナとバークは秘密を隠し通すことに限界を感じるが、口裏を合わせるかどうかで口論となってしまう。

手の震えを抱えたまま復帰したバークと、それを知りながら隠していたクリスティーナ。ベイリーはウェーバー部長に2人を処罰すべきだと強く訴えるが、部長はバークの手を回復させることを優先させ、デレクに手術を打診。しかしバークがその提案を断ったことから、デレクは自分の腕に対する自信を失ってしまう。ジョージが父ハロルドの手術を巡って更に意固地になる一方で、メレディスには家族とは何かを考えさせられる出来事が起こる。

メレディスの父親が病院に現れた。再婚した彼の娘が緊急出産したのだ。自分とは別の家族を持つ父の姿にイラつくメレディス。更にデレクからあることを指摘され、ショックは倍増する。勤務を休んで自分に付き添うジョージを見て、ハロルドは自分の本当の病状をジョージに告げないで欲しいと医師たちに頼む。一方、試用期間が解けないイジーは、難病を抱えるヘザーという少女の手術に立ち会うため、なんとかベイリーに自分の復帰を認めさせる方法を思案する。

多額の費用がかかるため断念されたヘザーの手術に、救世主が現れる。何者かが匿名でヘザーの治療代を病院に寄付したのだ。ジョージは「すべてを正直に話す」と約束していたベイリーに詰め寄り、ハロルドはガンが転移していた場合も手術の続行を希望していたことを知る。そんなハロルドの術後の経過は思わしくなく、ジョージと家族は難しい決断を迫られる。デレクに指摘された悩みを抱えるメレディスは、思いがけない相手からのアドバイスに救われる。また再度手術を受けたバークは、手の震えが消えたことをデレクに告げる。

デニーの遺産をイジーが寄付したことにより設立された無料クリニックがオープンの日を迎える。ラスベガスから戻ったジョージとカリーは、衝撃的なニュースを発表。メレディスは、アルツハイマーを患っていた母エリスが突然記憶を回復したという連絡を受け、病院へ駆けつける。回復は一時的なものらしいが、娘に大きな期待を抱いていたエリスに今の生き方を厳しく問われ、メレディスは傷ついてしまう。バークにプロポーズの返事をしていないクリスティーナは、結婚生活とキャリアの両立は可能なのかと悩む。そんな中、ある患者の血液中の有毒物質に感染した病院内のスタッフが次々と倒れてしまう。

一時的に正常な意識を取り戻した母親の発言に、大きなダメージを受けたメレディス。何も話してくれない彼女が、デレクは心配でならない。プロポーズを受け入れ、正式に婚約したバークとクリスティーナは、その事実をどのように公表するかでまた言い争いに。そんな時、災害時に治療の優先度を決めるためのトリアージの訓練が行われていたシアトル･グレース病院に、濃霧のためフェリーとコンテナ船が衝突したというニュースが飛び込んでくる。事故現場である埠頭に向かったメレディスたちは、大惨事に巻き込まれた大勢の怪我人に直面する。

事故現場で怪我人の手当てをしている最中に、誤って海へ落ちたメレディスは、意識不明のまま水中から引き上げられる。イジーはフェリーの中で２台の車の間に挟まって動けない怪我人を発見。絶望的な状況の中で対処を迫られ、必死に自分を奮い立たせる。大勢の負傷者が運び込まれたシアトル･グレース病院では、重体の女性が息子の無事が確認できるまで手術を拒否すると宣言。ジョージは彼女に必ず息子を捜し出すと約束してしまう。また事故に遭った被害者の家族や知人たちが病院に殺到し、アレックスがその対応を任される。

ウェーバー部長の下、必死にメレディスの蘇生に取り組むバークとベイリー。心配で落ち着かないデレクは担当を外され、エリスの病室へ向かう。現場で目を離した自分を責めると同時に、メレディスがどれほど母親との関係に悩んでいたかを知ったデレクは、エリスにその怒りをぶちまける。その頃生死をさ迷うメレディスは、夢の中で過去に亡くなった患者たちに遭遇し、不思議な対話をする。一方、アレックスが事故現場から救助した妊婦が目を覚ますが、自分の名前から赤ちゃんの父親を含む、すべての記憶を失っていることが判明する。

シアトル･グレース病院の外科部長候補に、新たな人物が参戦。有名な心臓外科医であるマーロウは、なんとスタンフォード時代に教え子だったクリスティーナと恋人関係にあった。その事実を知ったバークは平静さを失い、マーロウに復縁を迫られるクリスティーナは、面倒な三角関係に陥ってしまう。部長後任レースを意識しすぎるスタッフたちの目に余る行動に、ウェーバー部長の怒りも頂点に。徐々に回復するメレディスは、父ザッチャーとその妻スーザンを食事に招き、家族としての第一歩を踏み出そうとするが、ザッチャーの心無い一言にそれまでの思いをとうとう爆発させてしまう。

カリーにホテルの部屋を追い出され、酔った勢いでイジーと一夜を共にしたジョージ。ひどい二日酔いで迎えた翌日、運悪くカリーの父親との初顔合わせが待ち受ける。ジョージに前夜の記憶が全くないと知ったイジーはショックを受け、バークと顔を合わせたくないクリスティーナと共に、彼らを避けるため自主的に無料クリニックの担当を志願。シアトル･グレース病院では外科部長候補に対する理事面接が行われることになり、マーロウの出現で更に闘志を燃やすデレクたちは、それぞれの方法で必死にアピールをする。

フェリーの衝突事故に巻き込まれて記憶喪失となった妊婦エヴァが、顔を再生する整形手術を受けた。未だに誰とも連絡が取れず、自分は見捨てられたと投げやりになる彼女にとって、アレックスは大きな心の支えだ。彼もまた、彼女に惹かれている自分に気付く。メレディスとデレクは２人の関係に疑問を抱き始め、バークの気持ちを受け止めると決心したクリスティーナは、マーロウを冷たく突き放す。そんな中、イジーが十代で出産し養子に出した娘が、急性骨髄性白血病を抱えてシアトル･グレース病院にやって来る。娘の育ての両親から骨髄移植のドナーになってほしいと頼まれ、協力を決意するイジー。仲間たちにも相談せず、一人で骨髄採取に挑むイジーの元へ、真っ先に駆けつけたのはジョージだった。

アマゾンで休暇中だったシアトル･グレース病院の理事長ラリーが、急遽入院することになり、ウェーバー部長の後任ポストを狙うデレクたちは、なんとか彼に取り入ろうとアピール合戦を開始。同時に、真剣にキャリア･アップを考えるデレクは、メレディスの存在がマイナスになっているのではと考え始める。嬉々として結婚式の準備にいそしむバークを見て、クリスティーナのテンションは下がりっぱなし。また、アレックスが気になるアディソンは、急遽帝王切開で出産したエヴァに尽くす彼の姿を見て、むしゃくしゃしていた気持ちを彼にぶつけるが・・・。

気分を一新するため、アディソンは休暇を取ってロスまでのドライブ旅行を敢行。医学生時代の友人ナオミの勤務先で、複数の開業医が共同医療を行う“オーシャンサイド･ウェルネス･グループ”を訪ねる。久しぶりに友人たちと過ごす時間の中で、自分の人生を改めて考え直し始めるアディソン。一方シアトルでは、クリスティーナとバークの結婚式の準備に、それぞれの母親たちも加わることに。２人は次々と勝手なアイデアを出しては、クリスティーナを困らせる。

発熱を訴えるスーザンが再び病院に現れた。オペによる感染症の疑いで入院するが、症状は思いのほか深刻な方向へ・・・。少しずつスーザンとの絆を深めていたメレディスはショックを隠せない。イジーと顔を合わせる日々が辛くなったジョージは、マーシー･ウェスト病院への転職を真剣に考え始める。その頃ロスでは、自分が既に出産適齢期を過ぎたことを知らされたアディソンが、友人たちに支えられながら少しずつ現実を受け入れ、立ち直ろうとしていた。

インターンたちにとって年に一度の大事な試験当日。午前中は病院勤務からも免除され、試験に集中すべき時に、登山中に負傷した３人の遭難者が搬送されてくる。重度の凍傷や外傷を負った患者たちに興味津々のクリスティーナたちは気もそぞろに。病院からスーザンの葬儀に向かおうとしていたメレディスの前には、取り乱したザッチャーが現れる。メレディスのせいでスーザンが亡くなったと思い込むザッチャーは、メレディスに葬儀には来るなと言い放って立ち去る。一方カリーはジョージとイジーの間に何かあると確信を深め、クリスティーナは結婚式で交わす誓いの言葉を考えられずに苦悩する。

いよいよ外科部長の後任者が発表される日がやって来た。バークとクリスティーナの結婚式を数時間後に控えて、病院には様々な患者が搬送されて来る。ジョーとパートナーのウォルターが養子縁組の相談をしていた若い妊婦は、出産予定日を前に双子の赤ちゃんを緊急出産。更に、治療中の登山家たちの４人目の仲間が、頭部にピッケルが刺さった状態で運び込まれてくる。また、前日の試験結果が通知され、インターンたちの翌年の明暗を分けることに。そしてカリーとジョージは、夫婦としてある大きなステップを踏み出す決意をする。