過去に連続爆破事件を起こした爆弾魔が再び活動を始め、ワトソンは事件の情報を求めてかつて付き添いをした前科者のシンウェルに話を聞く。ホームズはワトソンが今の仕事に満足しているのかどうかを疑う。

密輸業者が殺され、ギャング団が犯人探しのためにホームズを雇う。ホームズは他の犯罪を暴けるかもしれないと考え依頼を受けると、高価な中国のお宝探索に巻き込まれていく。

グレッグソンの恋人が、彼女の通う病院で詐欺が起きているのではないかと疑いホームズに調査を依頼する。一方、ヌーディストのキャンプ場での殺人も捜査していたホームズとワトソンは、ある主婦の誘拐事件へと行き着く。

重大犯罪課が市から表彰されることになり、グレッグソンはホームズとワトソンも一緒に受賞できるよう働きかける。ある金融アナリストの殺害事件を追う二人は、小惑星研究の世界へと足を踏み入れていく。

ネットを利用して性犯罪者たちを懲らしめていた人物が殺害され、ホームズとワトソンは次々と容疑者たちを追っていく。シンウェルの新しい仕事を探すことが、ワトソンのもうひとつの任務となる。

ホームズとワトソンは、料理に仕込まれた毒によってシェフとIAO（インターネットアドレス組織）のメンバーたちが死亡した事件を捜査する。攻撃はすぐに拡大し、ニューヨークの証券取引所が閉鎖される事態に。

ベースジャンパーがビルの屋上から跳んだ際に空中で射殺され、さらに別の犯人によってパラシュートに細工もされていた。ワトソンの妹はシンウェルが昔のギャング仲間と会っているのを目撃する。

馬の麻酔薬が混入されたソーセージを食べた男が命を落とし、捜査するホームズとワトソンはまた別の殺人へと行き当たる。一方、ワトソンはホームズが依存症の集会に出席していると噓をついていることを知る。

シンウェルがギャング殺害の疑いをかけられ、ホームズとワトソンはシンウェルが逮捕される前に真犯人を見つけ出そうと試みる。その一方で、シンウェルは2人が驚くような秘密を告白する。

何者かがワトソンになりすましてクスリを処方している。ワトソンとホームズはDEA（アメリカ麻薬取締局）が彼女を告発する前に、なりすまし犯を見つけねばならない。

誘拐犯が一時的に拘留されているあいだに、ホームズとワトソンは何年も監禁されている被害者の女性を見つけて救出を目指す。シンウェルは内通者としての訓練をおろそかにしてしまう。

ピエロが殺された事件を追っていると、ホームズとワトソンはニューヨーク市の水道水の汚染計画を知る。ベルの恋模様は突如として複雑なものになっていく。

取り乱した父親が、ダイナーにいる客たちとワトソンを人質にとり、息子を襲った犯人を捕まえるようホームズに迫る。ホームズは時効が成立となってしまう16時間以内に犯人を見つけねばならない。

ネットの生配信中に、元プロゲーマーが殺される。目撃者数3万人、ネットで話題のこの事件の捜査に、ホームズとワトソンが乗り出す。だが犯行場所は誰も知らない。一方シンウェルは、疎遠になっていた娘と再会することになる。

前後編の前編。ホームズの弟子キティ・ウィンターが再登場し、かつてロンドンである事件に関わった人物たちが復讐のために殺されていると警告する。

前後編の後編。ホームズ、ワトソン、キティの3人は一連の殺人事件を世界規模の陰謀と結びつける。そして、キティからの知らせは、ホームズを驚かせる。

ブレットポイントというシステムが銃声を探知し、ホームズとワトソンは銃撃事件の捜査に乗り出すが、犯行の証拠を見つけるのに苦労する。そしてシンウェルに降りかかった災難は図らずも過去の未解決事件へと繋がっていく。

ホームズとワトソンはニューヨークに眠っているという財宝の手がかりを追う。一方、二人はシンウェルが昔の親友を殺したのではないかと疑念を抱く。

ニューヨークで最も無能な探偵が殺された事件の捜査に、最高峰の探偵ホームズが乗り出す。ホームズはシンウェルに一杯食わされた上に、勝手に二流の探偵組織のメンバーにされていたことを知り、さらに屈辱を味わう。

ホームズとワトソンはマジシャンがマジック中に命を落とした事件を捜査する。ベルは内務調査局の取り調べを受けることになり、ワトソンはベルの恋人の元夫がこの件に関与していると疑う。

ベルの恋人が襲われ、彼女の元夫も自殺に見せかけられ殺害。ホームズとワトソンは犯人とその動機を探る。ベルは自分たちの力で犯人を捕まえようと試みる。

ギャングの抗争が勃発し、個人的な復讐や報復が街を覆う。ホームズとワトソンの関係は転機を迎え、ホームズに異変が起きる。

ギャングの抗争が勃発し、個人的な復讐や報復が街を覆う。ホームズとワトソンの関係は転機を迎え、ホームズに異変が起きる。