Efter den alt ødelæggende eksplosion på Lian Yu der efterlod hans team i fare, vender Oliver nu hjem for at begynde et nyt kapitel i sit liv, hvor han vil stå ansigt til ansigt med en udfordring, som han aldrig før har mødt: faderskab. Eftervirkningerne af Adrian Chases sindssyge plan, gennem hele Sæson fem, mindede Oliver om, hvor stærkt han værdsatte sin biologiske og valgte familie. Med støtte fra sit team har Oliver bestemt at favne sin nye rolle som far til William (tilbagevendende gæstestjerne JACK MOORE), mens han samtidigt tjener og beskytter sin by som borgmester og Green Arrow.

Mens Oliver balancerer mellem at være borgmesteren, Green Arrow og far til William, vender Anatoly (DAVID NYKL) tilbage til Star City med en dødelig dagsorden.

Et ondt, sort operationsteam ledet af Onyx (gæstestjerne CHASTITY DOTSON) bryder ind hos Kord Industries, og stjæler noget dødeligt. I mellemtiden kæmper Oliver stadig med at komme tættere på William, så han søger hjælp fra en overraskende kilde.

Ligesom Oliver begynder at få styr på tingene, starter Black Siren (seriestjernen KATIE CASSIDY) et nyt angreb på byen Star City.

Slade (tilbagevendende gæstestjerne MANU BENNETT) vender tilbage, og beder Oliver om hjælp til opsporing af sin søn. Da de finder ud af, at Joe (gæstestjerne WILLIAM FRANKLYN-MILLER) er taget som gidsel af lejesoldater, bliver missionen med at redde ham kompliceret ifm. en forfærdelig afsløring, der vil kunne knuse Slades håb om en genforening. I mellemtiden genoptræder Vigilante i Star City.

Oliver og Felicity fejrer Thanksgiving med William, med den lykkelige stund bliver forstyrret. I mellemtiden vender Black Siren tilbage for at skabe kaos i festen.

Det imponerende firvejs-samarbejde mellem Arrow, Supergirl, Flash og DC's Legends of Tomorrow fortsætter! Barry Allen (gæstestjerne GRANT GUSTIN) og Iris Wests (gæstestjerne CANDICE PATTON) bryllup bringer banden sammen – men ting går skævt, da slynglerne fra Earth-X angriber ceremonien. Alle superheltene samles ved hjælp af deres supervenner som Citizen Cold (gæstestjerne WENTWORTH MILLER), Ray (gæstestjerne RUSSELL TOVEY), Felicity Smoak og Alex Danvers (gæstestjerne CHYLER LEIGH) for at danne den værste slyngelbande nogensinde.

Quentin Lance er blevet kidnappet af Black Siren og Cayden James (gæstestjerne MICHAEL EMERSON), som forsøger at bytte Lances liv mod masseødelæggelsesvåben. Oliver og team Green Arrow må finde ud af en måde at redde Lance, mens de fortsat holder byen sikker.

På trods af at have mistet halvdelen af sit team er Oliver sikker på, at han, Felicity og Diggle kan stoppe Cayden James og Black Siren. Da han imidlertid afslører en af Caydens hemmeligheder, beslutter han at gå sammen med en usandsynlig allieret. I mellemtiden tilbringer Dinah tid sammen med Vince (gæstestjerne JOHANN URB).

Cayden James satser ved at igangsætte sin plan om at tage kontrol over en hver del af byen. På trods af omfanget af Caydens plan bestemmer Oliver sig for at forhindre dette med blot det oprindelige Team Arrow – og uden hjælp fra Rene, Dinah eller Curtis. Men ting kompliceres, da William kommer i fare som følge af Caydens værk.

Mens Oliver fortsætter sin kamp mod Cayden James, opstår en alvorlig uenighed mellem Oliver og Dinah, der kan medføre døden for en af deres egne.

Cayden James afslører en hemmelighed om Green Arrow, der bringer ham ud af fatning. Vel vidende, at alle han kender, og alt hvad han elsker, er i fare, må Oliver beslutte, om han kan gøre det alene, eller han skal søge hjælp fra sine teamkammerater. I mellemtiden begynder William at kræve mere af Olivers tid.

Da Oliver, Diggle og Felicity er uenige med Dinah, Curtis og Rene om hvordan Black Siren skal håndteres, starter der en kamp.

Mens Black Siren træffer en chokerende beslutning, er Oliver og Thea forundret over at høre, at Roy Harper (tidligere regelmæssigt i serien COLTON HAYNES) er tilbage i Star City. Da de bliver klar over omstændighederne for hans tilbagevenden, indser de imidlertid, at han er i fare og springer til for at redde ham.

Nyssa Al Ghul (tilbagevendende gæstestjerne KATRINA LAW) vender tilbage til Star City for at advare Thea om, at en gruppe frafaldne lejemordere planlægger et angreb på hende. Denne gruppe, der ledes af Athena (gæstestjerne KYRA ZAGORSKY), er opsat på at finde en mystisk kasse som Malcolm efterlod, og de vil ikke sky nogen midler for at få fat i den. Nyssa hjælper Oliver med at komme til en skelsættende erkendelse.

Mens Oliver og Diggle oplever deres største udfordring indtil videre, bliver Curtis skuffet over at høre, at hans nye ven har en fast antivoldelig holdning.

I sine mørkeste øjeblikke funderer Oliver over, om han har forfejlet alt – at være far, at være borgmester og en helt. Hans frustration tager til, hvilket får Oliver til at skælde ud på sin familie og William (tilbagevendende gæstestjerne JACK MOORE), da et overraskende besøg af en gammel ven får Oliver til at stille spørgsmål om sit næste træk.

For at udvide sit imperium mødes Diaz og Laurel med Quadrant, en sammenslutning af mafiafamilier, der udøver nationalt, organiseret kriminalitet. I mellemtiden, efter Olivers seneste beslutning, fordobler Felicity og Curtis deres anstrengelser for at bygge Helix Dynamics.

Oliver slutter sig til en gammel ven for at hjælpe ham med at bekæmpe Diaz. I mellemtiden har Rene forladt hospitalet, men han har det svært med at få livet på sporet igen som Wild Dog. Også Lance opdager noget chokerende om Black Siren.

Et kendt ansigt (gæstestjerne COLIN DONNELL) vender tilbage, og der opbygger sig et præs mod Oliver, som begynder at tænke over, om han vil tabe alt i sin kamp for at redde Star City.

Da Diaz angriber Team Arrow og deres kære, kæmper Oliver med Filicity, som sætter sig selv i en farlig situation, da hun får chancen for at stoppe Diaz afgørende.

Med en ny allieret i sit team angriber Oliver Diaz i et imponerende endeligt slag, sjette sæsons finale.