チームを危険にさらしたリアン･ユーでの大爆発の後、オリバーは故郷へ戻ったが、それは彼にとって人生における新たな１ページの始まりでもあった。だが、スター･シティの市長として、そしてグリーンアローとして街を守りつつ、同時にウィリアム（ジャック･ムーア）の父親としての役割を受け入れることを決意したオリバーの前に、思いがけないかつての敵が再び現れる。

グリーンアローの素顔が映った写真がテレビで公開され、オリバーがグリーンアローではないかとの見方が一気に広がり、ＦＢＩからも特別捜査官が派遣される事態に陥る。そんな中、スター･シティを訪問したマルコヴィアの代表団が、旧知のアナトーリに誘拐されてしまう。だが、記者団や市民の目が光っているため、オリバーは身動きが取れない。

ウィリアムのために、グリーンアローのスーツを脱ぐと決意したオリバー。彼の代わりに、ジョンがスーツを着て悪人を追っていた。ある日、オニキス率いる悪人たちが、コード産業が製造していた新しい神経ガスの輸送情報を盗む。チーム･アローは強奪を阻止しようとするが閃光弾にやられてガスを奪われてしまい、ジョンはすっかり自信を失ってしまう。

フェリシティと復縁したオリバーはディナー･デートに出かけるが、途中でフェリシティがチームから呼び出しを受け、デートは中止になってしまう。チームはローレルがスター･シティに戻ったことを知り、さっそく彼女の居場所を突き止めようとする。そんな中、フェリシティのもとへ思いがけない訪問者が訪れ、ＨＥＬＩＸの創始者ケイデンの恐ろしい企みを彼女に打ち明ける。

スレイドが現れ、息子のジョーを捜してほしいとオリバーに頼む。ジョーが傭兵にさらわれたと知ったオリバーは、救出のためにカズニアへ行くかどうか迷うが、フェリシティに説得されて心を決める。一方、ダイナの前に再びビジランテが現れる。追い詰められたビジランテがマスクを取ると、その正体は意外な人物だった。

スレイドの息子ジョーは、自分が率いる犯罪組織にスレイドを迎え入れることにする。ジョーがカズニアの半分にダメージを与えようとしていたことを知り、オリバーはスレイドと力を合わせてジョーの計画を打ち砕く。だがジョーは、弟がいることを打ち明け姿を消す。一方、スター･シティではチーム･アローが“ドラゴン”と呼ばれる悪党を相手に戦っていた。

感謝祭の日、オリバーとウィリアムは、スター･シティ警察の前でフードドライブ活動を行っていたが、突然現れたサマンサにオリバーが逮捕されてしまう。一方、サンダーランド社の倉庫にブラックサイレンが現れ、ケイデンの指示でナノテルミットを奪っていく。

「ARROW/アロー」「SUPERGIRL/スーパーガール」「The Flash/フラッシュ」「レジェンド･オブ･トゥモロー」の壮大な４話クロスオーバーのパート2。オリバーたちはプロメテウスXの顔を見て驚愕する。4年以上前に死んだトミー・マーリンにそっくりだったからだ。しかし、彼はアースXと呼ばれる地球からやってきたトミーだった。アースXではナチスが全世界を支配し、別のアースも支配下に置こうとしていたが、彼らが地球にやってきた理由はそれだけではなかった。

オリバーとフェリシティの結婚披露宴が行われる中、オリバーの正体を明かそうとする証人がチームの中にいることが判明。オリバーはレネ、カーティス、ダイナを監視する。同じ頃、ランスがさらわれ、ブラックサイレンとケイデンは、ランスの命と引き換えにナノアルミニウム増幅器を渡すように要求する。

メンバーの半分を失ったものの、オリバーには、フェリシティとディグルがいればケイデンとブラックサイレンの悪事は阻止できるという自信があった。だが、オリバーはケイデンの秘密の一端を知ったことで、意外な人物と手を組むことを決意する。一方、ダイナはヴィンスに心を許し始め、いいムードになっていく。

ケイデンはスター･シティにあるすべての電子製品を操り、街中の人々を恐怖に陥れる。インターネットを使ったケイデンの攻撃を防ぐため、オリバーはランスとテアの協力で、すべてがアナログ化された避難所の設置を進める。一方、ケイデンの次の標的の中にウィリアムの乗ったスクールバスがあったことで、事態は複雑になっていく。

オリバーは、スター･シティを危機から救うために Ａ．Ｒ．Ｇ．Ｕ．Ｓ．（アーガス）との接触を試みるが、ケイデンに先手を打たれてなすすべがない。そんな中、フェリシティの顔認識システムがビジランテをキャッチし、カーティスとレネがビジランテと落ち合う約束をしていたことが判明する。オリバーは、ようやくヴィンスが２重スパイだったことを知る。

息子オーウェンがオリバーに殺されたと信じているケイデンの誤解を解くために、オリバーたちはある証拠を手に入れようとするが、思うように進まない。だが、ついに加工された映像の解析に成功し、オーウェンを殺した者の正体が判明する。ケイデンの要求に応えるため、オリバーは仲たがいした仲間に協力を要請する。

ブラックサイレンが警察署に現れ、ローレル･ランスだと名乗る。ローレルは病院に保護されるが、ランスたちが目を離したすきに、ディアスの仲間である警官に連れ去られてしまう。一方、オリバーの棄却を求める話し合いの中、アーマンドが連れてくる新たな証人がロイ･ハーパーだとわかり、オリバーはロイの救出に奔走する。

ナイッサ･アル･グールがスター･シティに現れ、タナトス･ギルドのメンバーがテアを襲う計画を立てていると警告する。アシーナが率いるこの暗殺団の狙いは、マルコムが隠した地図だった。オリバーたちはギルドと戦って地図の入った箱を手に入れるが、地図は白紙だった。しかしアシーナとの戦いで負傷したテアの血が地図に降りかかると…。

ディグルはオリバーがフードを脱ごうとしないことにイラ立ちを感じ、ふたりの溝が徐々に広がっていく。ディグルはついに不満を爆発させ、ふたりは殴り合いのケンカを始める。どうにかフェリシティになだめられたふたりはヴァーティゴの保管倉庫を破壊しに向かう。一方、カーティスは新しいボーイフレンドが正義の味方を嫌っていることを知る。

市議会は、オリバーに対して弾劾の予備手続きに入ることになった。オリバーは弾劾を主張する議員と話し合い、ヒルとアーマンドがディアスの手先である証拠を提出することを約束する。しかし、苛立ちがつのるオリバーはフェリシティをなじり、ウィリアムの作品を壊してしまう。そんなオリバーの前に驚くべき人物が現れる。

ディアスとローレルは自らの帝国を拡大するべく、クアドラントと呼ばれる巨大犯罪組織の人間に会う。一方、スター･シティではカーティスがフェリシティの部屋を訪れ、ヘリックス･ダイナミクスの仕事を一緒に再開する。フェリシティはオリバーの生死や居場所を把握することができず、不安を覚えていた。

単独で活動するオリバーはアナトーリに接触し、計画どおりにディアスと対面する。一方、レネが退院し、チームはディアスを倒すための活動を再開するが、レネは撃たれたときのことがトラウマとなって、作戦に参加できない。また、ローレルとランスも、互いを見捨てることができずにいた。

目の前に懐かしい友の姿が蘇り、オリバーのストレスは募っていく。スター･シティを救うためには、すべてを失っても戦うしかないのだと、オリバーは考え始める。

ついにディアスはチーム･アローのメンバーと彼らの愛する人々をターゲットに。命をかけてディアスを倒そうとするフェリシティとともに、オリバーも戦いに挑む。

街と警察を支配するディアスと戦うために、グリーンアローは仲間と共に警察署に乗り込む。FBIの援護でどうにか警察を制圧するが、肝心のディアスの姿が消えていた。アナトーリから居場所を聞いたチームは、FBIと共にディアスの確保に向かうが…。シックス・シーズン、激動のフィナーレ。