親友を失い、失意のうちリアン・ユー島に姿を隠していたオリバー。スターリング・シティで、オリバーが不在の間“フードの男”の模倣犯による事件が相次ぎ、ディグルとファリシティは、彼を連れ戻すため島に向かう。

緊急事態管理局の輸送トラックが、相次いでチャイナ・ホワイト率いる窃盗団に襲われる。輸送していたのは、グレイズ記念病院に送られる医薬品の数々。物資の届かない記念病院は閉鎖の危機に立たされる。ロイはアローに協力し窃盗団を捕らえようとするが、失敗し逮捕される。

オリバーが罠を仕掛けて、ついにブラック・カナリアを捕らえる。だがそこで、驚くべきブラック・カナリアの正体が明らかになる。一方オリバーは、“市長”と呼ばれる男が軍の武器を盗み、スターリング・シティに流していることに気づく。

カナリアは歌う！オリバーは、ブラック・カナリアの傷の手当てをしながら、彼女がどこからやって来たのかを聞き出そうとするが、カナリアは決して答えようとしない。だが、暗殺者同盟の熟練メンバーがオリバーとカナリアを襲った時、彼女は、以前その同盟に所属していたということを告白する。

アマンダ・ウォラーが、Ａ.Ｒ.Ｇ.Ｕ.Ｓ.（アーガス）の捜査官たちを派遣し、ディグルを誘拐する。そして、ライラがモスクワで消息を絶った事を告げる。ライラは、ディグルの弟を殺した“デッドショット”がロシアの刑務所にいることを突き止めていたのだ。

町に謎の病気が広がり、ディグルも含めて大勢の人々が感染する。だが、ディグルの血液サンプルから、使った覚えのないヴァーティゴが検出され、オリバーは、それが刑務所から脱出した“伯爵”の仕業だということを突き止める。

クイーン社の応用化学部門から遠心機が盗まれる。犯人は、通常ではありえない怪力の持ち主であることが判明するが、事件調査のため、セントラル・シティ警察からバリー・アレンが派遣される。

ブラザー・ブラッドの信奉者、サイラス・ゴールドとの戦いで重体となってしまったオリバー。彼はバリー・アレンのおかげで何とか一命を取り留めるが、目の前には死んだはずのシャドーとスレイドが現れる。フェリシティが、オリバーを治療するために危険な決断を下し、オリバーは幻覚を見る。だがそれは、自分自身の過去と正面から向き合うことにほかならなかった。

ビルの爆破事件が続き、オリバーは、スターリング・シティを襲う新たな脅威に立ち向かう。フェリシティは、事件の犯人が“榴散弾”という異名を取るマーク・シェファーだということを発見し、オリバーは、次の爆破のターゲットを突き止める。

アローは、ローレルと組んで“骸骨マスクの男”を捜す。アローがセバスチャン・ブラッドの捜査をローレルに頼まれ、葛藤を感じるオリバー。セバスチャンに対するローレルの態度が気になってはいたが、オリバーは彼女を信じることにする。

アローはロイに、自分が持つスーパー・パワーをどうコントロールしていくかを教えようとするが、ロイは反抗的で、アローが自分の正体を明かせば彼に従うと言い放つ。だが、オリバーが秘密を明かすはずはなかった。

ローレルが今なお落ち込む中、オリバーとランス刑事は、町を離れようとしているサラがスターリング・シティに留まるよう最大の努力をする。そしてついに、ローレルとサラは母ダイナとの再会を果たす。

オリバーが、サラをチーム“アロー”に迎え入れる。だが、オリバーやディグルがサラと昔話をしている時、フェリシティは取り残されたような気持ちになっていた。

オリバーは、スレイドがスターリング・シティにやって来たことを知りショックを受ける。そしてリアン・ユー島にいた頃の映像が蘇る… オリバーとスレイドとサラは、アイヴォの貨物船を乗っ取ろうとしていた。

スレイドが “オリバーの愛する者たちを殺す”という約束を果たそうとして、オリバーを恐怖に陥れる。スレイドとの戦いに備えて意識を集中するオリバー。サラは援助を申し出るが、オリバーに断られる。

マフィアのボス、フランク・バーティネリが逮捕される。 “ハントレス”という名で知られる娘のヘレナが町に戻ってくるのも時間の問題だ。さらに悪いことに、フランクの事件をローレルが担当することになり、ヘレナと真正面からぶつかり合うことになる。オリバーは、ヘレナへの対応が思っていたほどうまくいかず、ヘレナはついに、人質を取り裁判所に立てこもる。

復讐に燃えるスレイドが、オリバーと家族に攻撃を仕掛けてくる。その影響力は思いも寄らず大きく、オリバーの世界は揺らぎ始める。オリバーが家族を守ろうと躍起になる中、チームの主要メンバーは、オリバーが下す数々の決断に対して疑問を持ち始める。

デスストロークが、家にいたオリバーを襲撃し、オリバー、キャナリー、ディグル、フェリシティは、急いで隠れ家に戻る。だがそこにはスレイドが待ち受けていた。そして、壮大な戦いの火ぶたは切って落とされる。そんな中、チームアローのメンバーの１人が負傷し病院に運ばれる。

“ミラクル”が、ロイを制御不可能な領域に送り込み、ロイは、街に対する激しい怒りを爆発させる。警官たちと死闘を繰り広げるロイを見ていたオリバーは、ミラクルが完全にロイを支配していることを確信し、彼の暴走を止める方法を模索する。だがサラが、ロイの行き過ぎた行動を阻止するには彼を殺す以外に方法はないと言いだすと、事態はさらに混沌とする。

オリバーは、愛する者すべてを奪うとスレイドに脅される。そして、この流血の惨事を終わらせる一番の方法は、オリバー自身が敵に降伏することだと考える。だが、降伏はすなわちオリバーの死を意味すると気づいたディグルとフェリシティは、オリバーがスレイドと衝突するのを絶対に阻止しようと、究極の手段を行使する。

スレイドたちにスターリング・シティを攻撃され、オリバーはチームメンバーをただちに召集するが、街は戦場のような火の海と化し、壊滅状態になってしまう。一方フェリシティは、Ｓ．Ｔ．Ａ．Ｒ．ラボから連絡をもらい、大きな衝撃を受ける。それは、“ミラクル”にまつわる重大な情報を含み、すべてにおいて形勢が一気に大逆転する可能性を秘めていたからだ。

スレイドが、オリバーの愛する人をまた一人殺そうとしている。かつて殺人者だったオリバーは、よきヒーローになろうと努力してきた。それは、自分自身との闘いでもあった。だが、スレイドがオリバーの一番大切な人を誘拐すると、極限状態に追い込まれたオリバーは、モンスターを阻止するためには、想像を絶するような手段を使う必要があるのだということに気づく。