Stroj je v ohrožení a stejně jak i jeho tým. Finch, Reese i Root se snaží vlastní cestou dostat na jejich základnu, ale čelí komplikacím v podobě agentů Samaritána. I kdyby se jim podařilo přežít, stejný osud nemusí potkat Stroj. Ten totiž jede na záložních bateriích a jakmile přijde o přístup k proudu, terabajty dat budou mávnutím ruky pryč.

Fusco se potýká s důsledky faktu, že se Samaritán postaral o smrt Eliase a Dominica. FBI i policie ho podezřívají ze střelby a Fusco se všem marně snaží vysvětlit, že šlo o práci snipera.

Stroj je opět v provozu, Finch a Root ale pochybují o jeho funkčnosti. Prvním problémem je chyba při rozpoznávání tváří, to však není ten největší problém. Zatímco Finch s Root spravují svou umělou inteligenci, Fusco a Reese se vydávají do ulic. Stroj poskytl třicet nových čísel, jenže s každým dalším se zjišťuje, že dané osoby nejsou v ohrožení.

Shawová se probouzí v Samaritánově zařízení, kde do ní implantovali mikročip. Po nějaké době se rozhodne, že se pokusí o útěk, a byť je to k nevíře, podaří se jí to. Časem se dostává zpět do New Yorku, kde se za pomocí lsti opět setkává s Root a dalšími členy týmu. Toto dokonalé a radostné shledání se ovšem velmi rychle zvrtne.

Reese se v rámci ochrany dalšího čísla vydává za policejním analytikem jménem Ethan Garvin, který je tvůrcem softwaru na rozpoznávání výstřelů napříč městem. Garvin se dostane do křížku se Samaritánem, který se postaral o smrt jeho kamarádky a nyní se ji snaží zakrýt, včetně výsledků jejího průlomového výzkumu.

Fusco se mezitím setkává s kolegou a blízkým přítelem zesnulého Eliase, jenž chce pomstít jeho smrt.

Nové číslo překvapivě nepatří jedné osobě, ale manželské licenci, a Reese a Finch se na onu svatbu musí vydat, aby záhadě přišli na kloub. Hned na úvod odhalí, že otec nevěsty je proti sňatku, jenže to není důvod, proč je Stroj na místo zavolal. Fusco mezitím dál pokračuje ve svém vyšetřování, kvůli čemuž se dostane do křížku se Samaritánem.

Fusco a Bear výbuch přežijí, skončí však v nemocnici. Root tam Fuscovi předá nové dokumenty, které mu mají pomoct ztratit se Samaritánovi. Root zjistí, že Samaritán se svými lidmi komunikuje pomocí rušivých zvuků v obyčejném rádiovém vysílání rozhlasu. Root toho využije a pošle vzkaz pohřešované Shawové. Shawová je donucena pracovat na simulacích, ve kterých zabíjí nepřátele Samaritánu. Při jedné takové simulaci musí zabít nevinnou vědkyni. Zanedlouho se dozví, že se nejednalo o simulaci, ale o skutečnou akci, při které Shawová zavraždila nevinnou ženu. Kvůli tomu se pokusí zabít, naštěstí však včas zaslechne Rootinu zprávu.

Samaritán vyvolal útok zmutované chřipky na pacienty místní nemocnice. Uměle vyrobený virus je nebezpečnou kombinací ptačí a lidské chřipky. Cílem útoku jsou pracovníci nemocnice. Reese a Finch na základě varování Stroje se je pokusí ochránit. Root s pomocí Stroje dokáže najít účinnou protilátku. Ta nakonec zachrání nejenom pacienty a zdravotníky v nemocnici, ale i Fusca, kterému virus do krve vbodne agent Samaritána. Shawová konečně najde způsob, jak utéct Samaritánovým lidem. Fusco se má konečně dozvědět pravdu o Stroji.

Reese a Finch hledají ženu, kterou unesl záhadný zločinec "Hlas". Ten ale připravil na policii past a všude po městě začnou vybuchovat bomby. Finch s Eliasem zjistí, že Eaton je "Hlas" a přišel zabít Amira coby nebezpečného svědka. To se mu sice povede, ale vzápětí ho zlikviduje Elias. Reese konečně poví Fuscovi celou pravdu o Stroji a Samaritánovi. Shawová uteče a najde Root. Ta se musí hodně snažit, aby jí Shawová uvěřila, že tentokrát je to skutečnost.

Blíží se útok Samaritánových lidí na Finche, protože se podařilo odhalit jeho krytí. Tým se rozdělí, aby lépe odolal útoku. Bohužel při útěku zahyne Elias, který se do poslední chvíle snaží chránit Finche. Samaritánovým lidem se ho sice na krátkou chvíli podaří zajmout, na scéně se ale objeví Reese s Root a Finche zachrání. Root se snaží Finche odvést do bezpečí, je přitom postřelena Samaritánovým poskokem Blackwellem a umírá v rukou policistů, kteří ujíždějící auto s těžce zraněnou Root a Finchem zastavili. Šokovaný Finch ani nevnímá, že byl obviněn z vlastizrady. Ve vězení se mu ozve Stroj, který teď používá hlas mrtvé Root, a přesvědčí ho, aby utekl.

Reese, Fusco a Shawová se zúčastní pohřbu Root, po něm okamžitě odjíždějí do Washingtonu. Dalším člověkem, kterého musí ochránit, je samotný prezident USA. Sice se jim podaří zabránit bombovému útoku, ale teroristé nasmerují pozornost tajné služby na Reese a jeho lidi. Stroj se postará o to, aby dostali nečekanou pomoc v podobě jednorázově najatých agentů. Ti jim pomohou před tajnou službou uniknout. Finch, kterého těžce zasáhla Rootina smrt, zatím míří do tajného vládního zařízení v Texasu. Chce tady vložit do softwaru virus, který nadobro zničí Samaritána. Má to však háček - hrozí, že při útoku bude zničen i Stroj.

Finch stále váhá, zda má svůj útok pomocí viru na Samaritána provést. Proto mu Stroj ukáže několik krátkých simulací, které mu odhalí, co se stane, pokud virus nepoužije. Ke svému překvapení dostávají Reese a Shawová od Stroje nové číslo, jedná se o jednu z přezdívek samotného Greera. Oba Finchovi agenti jedou do Fort Meade, kam také míří Finch. Ten je při pokusu vložit virus do vládního softwaru chycen a předveden před samotného Greera. Ten se snaží Finche přesvědčit, aby se k němu a k Samaritánovi se svým Strojem přidal. Vládu nad světem si mohou rozdělit. Finch to odmítá.

Finchův virus se šíří a celý svět kolabuje. Samaritán se Strojem slábnou, jak se virus dostává k jejich základním systémům. Finch s ostatními se pokoušejí zachovat záložní kopii Stroje a zničit zálohu Samaritána. Ten ji nejdřív ukryje do trezoru se zlatými rezervami a pak ji usiluje vyslat do vesmíru, aby se v budoucnu nahrála zpět. Ale Finchovi se podaří vyslat virus i tam a Samaritán je zničen. Postará se o to Reese, který se obětuje za Finche. Stroj se obnoví ze zálohy a je otázka, co bude dál...