לאחר החזרת המכונה לפעולה, מתגלים כל מיני באגים, ביניהם שגיאה בזיהוי פנים, והמכונה מזהה את הרולד, רוט וג'ון כאיומים בגלל חלק ממעשיהם בעבר, מה שמוביל לסכנות בלתי צפויות.

כשעובד בחברת ייעוץ בינלאומית גונב מסמכים מסווגים של משרד ההגנה וג'ון נדרש להצילו, המקרה מחזיר אותו לימיו כמחסל מטעם הסי-איי-איי.

שרון בורחת, אבל הצוות לא בטוח במצבה הנפשי כשהיא מתחילה להתנהג בפרנואידיות ובפזיזות. עם זאת, הם ממשיכים לחפש אחר מתג הכיבוי של ה-"שומרוני".

ריס מגן על אנליסט במשטרת ניו יורק, שהניסיון שלו לחקור תקלת תוכנה מושך את תשומת לבה של "השומרוני". ריס ופוסקו מאוימים על ידי בעל ברית של אליאס, ששואף לנקום את מות חברו.

ריס ופינץ' נשלחים לחתונה כדי להגן על צמד מבוקשים. פוסקו כועס על שהצוות מסתיר ממנו דברים, ולוקח על עצמו לחקור שרשרת של דוחות נעדרים.

רוט נכנסת כסמויה לתחנת רדיו כדי להגן על מגיש של תוכנית קונספירציות הנתקל במידע שעלול להרוג אותו. סוכנים של "השומרוני" מנסים לשכנע חבר צוות שהמטרות שלהם אציליות.

ריס ופינץ' נלכדים בבית חולים שהופך למוקד ההתפרצות של וירוס קטלני. המגויס החדש של "השומרוני" מהסס בנוגע למשימה שהוטלה עליו. שו ממשיכה להיאבק עם המציאות.

הפושע הגאון והמסתורי הידוע בכינוי "הקול" חוזר ומגיע ישירות לתחנת המשטרה עם כמה חברי כנופיה והמבוקש האחרון. רוט המומה ממה שהיא מגלה במהלך משימה.

לאחר שפינץ' מגיע אל המקום הלא נכון בזמן הלא נכון, "השומרוני" מאתרת אותו ומסרבת לעצור עד שתלכוד אותו. חברי הצוות מתכנסים כדי להגן על החבר שלהם, אבל לא כולם ישרדו.

נשיא ארה"ב מסומן כמטרה להתנקשות, והצוות מקבל סיוע בלתי צפוי. פינץ' יוצא לנסיעה ארוכה עם המכונה לקראת המערכה האחרונה שלו נגד "השומרוני".

פינץ' פורץ לסוכנות לביטחון לאומי כדי לשתול את הווירוס שישמיד את "השומרוני". המכונה מראה לפינץ' סימולציות של מה שהעולם היה בלעדיה.

בפרק האחרון לסדרה, פינץ', ריס, פוסקו ושו יוצאים למשימה אחת אחרונה כדי למנוע מ-"השומרוני" להשמיד את המכונה ולבסס את שליטתה במין האנושי.