Obligados a asumir nuevas identidades creadas por Root, el equipo trata de adaptarse a su nueva vida. Sin embargo, para algunos es difícil ignorar los números de la máquina, que los pone a todos en riesgo de ser detectados por Samaritano.

A pesar de no querer ayudar con los nuevos números, el interés de Finch se despierta cuando la persona de interés más reciente resulta ser un brillante estudiante universitario involucrado en una misteriosa búsqueda del tesoro.

Finch recluta a Fusco para quedarse cerca de la última POI, una "copiloto" profesional, pero aprender cómo acercarse a las mujeres pronto se convierte en la última de sus preocupaciones. Reese debe encontrar la manera de jugar con las reglas en su nuevo trabajo del día. La máquina envía a Finch y Root en una misión misteriosa.

El trabajo encubierto de Reese como detective en la policía de Nueva York se complica cuando los jovenes hermano y hermana que él está protegiendo se convierten en blancos de una investigación de pandillas.

Finch sospecha cuando el número de un talentoso encuestador político surge al mismo tiempo que sus tipicamente acertadas predicciones fallan, y cree que los dos acontecimientos están relacionados. Reese es apartado por una orden directa de Moreno.

Reese, Shaw y Fusco deben proteger a un empleado de oficina sin pretensiones que se ve inmerso en una peligrosa conspiración mientras trabaja pluriempleado como falso detective. Mientras tanto, Finch viaja a Hong Kong como parte de su identidad académica encubierta .

Shaw se une a una banda internacional de ladrones para vigilar al último Número, pero las cosas se complican y corre peligro de ser descubierta por Samaritano. Por su parte, Finch y Root emprenden una peligrosa misión de sabotaje.

Reese y Finch se ven envueltos en una lucha de poder entre bandas por el control de la ciudad después de que Elias se convierta en el objetivo de Dominic, el líder de la Hermandad.

Samaritano demuestra su verdadero poder eliminando el crimen de la ciudad durante un día en un intento de forzar a La Máquina a salir a la superficie.

Samaritano lanza un ciberataque a la Bolsa, obligando al equipo a arriesgar sus vidas en una misión desesperada para detener una catástrofe a nivel global.

Control, que supervisa las decisiones sobre los números relevantes para el Gobierno, empieza a cuestionar los medios e intenciones de Samaritano. Además, empiezan a aparecer noticias sobre un par de justicieros violentos.

Reese y Root investigan un pequeño pueblo al norte de Nueva York que tiene la clave del paradero de Shaw y sobre qué ha podido ocurrirle.

La Máquina consigue que Finch forme parte del jurado en un juicio de asesinato, y éste sospecha que otro miembro del jurado está tratando de alterar el procedimiento. Reese empieza a sincerarse con la psicóloga de la policía.

Reese intenta proteger a un programador con una vida paralela, pero no está claro de qué parte de su vida proviene la amenaza. Mientras tanto, Claire, la joven hacker a la que Finch trató de proteger de Samaritan, vuelve para pedirle ayuda.

Reese y Finch intentan proteger a una avispada timadora llamada Harper cuando falla su plan de robar el dinero de un dispensario de marihuana medicinal.

Reese y Finch tratan de proteger a un psicólogo con métodos poco ortodoxos para ayudar a sus pacientes que podrían ponerle en peligro mortal.

Reese debe proteger a una cazarrecompensas que se niega a dejar que la posible amenaza a su vida le impida continuar con la búsqueda incesante de su objetivo. Además, Finch intenta armar el plan que inició en Hong Kong.

Reese y Finch luchan para proteger a un director ejecutivo de software (Aasif Mandvi) cuando su comportamiento se vuelve cada vez más errático tras un ataque de hackers que revela todos sus secretos y desentraña su vida.

Reese se encuentra en un peligroso viaje personal cuando toma un caso de homicidio que la detective Carter nunca fue capaz de cerrar.

Reese y Fusco quedan atrapados en la guerra entre las dos más recientes personas de interés, los rivales y jefes del crimen Elias y Dominic. Además, una tentadora pista sobre el paradero de Shaw lleva a Finch y a Root a una posible trampa, y Control intenta por su cuenta descubrir las verdaderas intenciones del programa Samaritan.

Finch y Root se apresuran a salvar a La Máquina, que ha sido localizada por la I.A. rival, Samaritan. Además, Reese se ve atrapado en medio del enfrentamiento final entre los rivales y jefes del crimen, Elias y Dominic.