Poté, co byl Samaritán uveden do provozu, museli všichni agenti Stroje přijmout nové identity. Finch se stal suplujícím učitelem na místní univerzitě, Reese u policie potírá zločiny týkající se drog a Shawová prodává kosmetiku.

Netrvá to dlouho a Stroj jim znenadání pošle nové číslo. Ali Hasan vytvořil komunikační síť neviditelnou pro Samaritána a nebezpečný gang známý jako Bratrstvo si od něj chce vynutit rozšíření jeho sítě i pro jejich potřeby. Tím se stává zájmovou osobou, kterou bude třeba ochránit...

Reese s Finchem musejí zachránit život mladé a velmi inteligentní Claire Mahoneyové, která se účastní nebezpečné hry s nejasným cílem. Shawová mezitím přijímá nové krytí jako zlodějka a začne pracovat s jednou skupinou...

Stroj přijde s dalším číslem, které patří Andremu Cooperovi. Ten se živí jako takový pomocník méně sociálně zdatným mužům, aby oslnili opačné pohlaví. K jeho ochraně je přidělen Fusco, a ten nebude mít vůbec jednoduché ho za jeho řeči nezastřelit.

Reese se mezitím musí více snažit hrát podle pravidel a nevypadnout ze své role normálního policisty. Stroj posílá Finche a Root na záhadnou cestu...

Další číslo vyslané Strojem přivádí tým k mladistvým Malcolmovi a Tracie Bookerovým, kteří ukradli peníze z místa činu, aby dostali svou matku z vězení. Reese společně s agentem z protidrogového mají za úkol je ochránit, zatímco Finch se rozhodne kontaktovat Eliase, aby mu sdělil něco více o Dominicovi, vůdci Bratrstva...

Místní guvernér James Murray je více než zklamán, když jeho politický poradce Simon Lee špatně odhadne vývoj jeho kampaně ke znovuzvolení a Murray prohraje. Lee se stane novou zájmovou osobou, Stroj na něj totiž upozorní. Do těchto voleb je, jak brzy tým zjistí, zapleten Samaritán.

Reese se musí zúčastnit povinného terapeutického sezení ohledně jeho chování ve službě a nedaří se mu terapeutku uchlácholit, jak u něj bývá zvykem...

Reese a Shawová se zabývají jistým Walterem Dangem, který se vydává za detektiva a snaží se vyřešit vraždu Abela Mindlera, který podle autorit spáchal sebevraždu. Bohužel ho to dostává do nezáviděníhodné situace a ocitá se uprostřed války gangů.

Finch míří na konferenci do Hong Kongu, aby přednesl svou práci. Narazí zde na zajímavou ženu jménem Elizabeth Bridgesová, se kterou si padne do oka...

Další číslo patří muži jménem Tomas Koroa, který se zprvu jeví jako naprosto obyčejný člověk. Jakmile ale zvládne vykrást zlatnictví pod deset vteřin, je zjištěno, že jde o špičkového mezinárodního zloděje. Shawová se přidává do jeho skupiny zlodějů, ale riskuje tím, že ji odhalí Samaritán.

Finch s Root se soustřeďují na softwarového inženýra Jareda Wilkinse, který založil jednu neziskovou organizaci, a ta má v úmyslu dát každému studentovi tablet zdarma. Bohužel nejde o pouhou dobročinnost, ale o další způsob, jak může Samaritán rozšířit své způsoby sledování...

Shawová se ocitá ve smrtelném nebezpečí, když je její krytí odhaleno, a stává se primárním terčem Samaritána. Root ji naštěstí pomůže skrýt se na bezpečné místo, ale nepřátelští agenti nezahálejí a vytrvale hledají dál. Reese mezitím zachraňuje Eliase před Bratrstvem.

Schovávaná Stroje před Samaritánem se blíží ke konci, když se nepřátelská umělá inteligence rozhodne eliminovat veškerý zločin v New Yorku. Nikdo z týmu Stroj teď není v bezpečí.

Samaritán způsobuje pád newyorské burzy a Finch, Reese, Fusco a Root se musí vydat na misi za jeho opětovným stabilizováním. Jenže tato akce bude převelice náročná a dokonce i sám Stroj bude muset provést nespočet simulacií, aby bylo docíleno uspokojivého výsledku. Podaří se to, nebo to někoho z týmu či dokonce celý tým bude stát život?

Na scénu se vrací Kontrolní, která začíná lehce zpochybňovat metody, jenž Samaritán využívá k dosáhnutí daných cílů. Do toho se agenti Stroje snaží vypátrat Shawovou, po které se téměr slehla zem.

Root s Reesem se při dalším pátrání po Shawové vydávají do Maple, kde se nachází dodávka, ve které podle Fincha mohla být převezena. Dodávku se jim podaří nalézt, ale Shawové v ní není. Naštěstí se jim pomocí různých lékařských pomůcek, které se v dodávce nacházely, podaří určit doktora, který se mohl Shawové ujmout.

Fusco se mezitím spojuje s nedávnou osobou zájmu, aby odhalili, co skrývá nové číslo, které patři jistému Arthuru Weissovi. Ten působí jako naprosto obyčejný člověk, ale brzy se zjistí, že jde o samozvaného zabijáka.

Harold je jakožto profesor Whistler předvolán jako možný kandidát do poroty jednoho soudního procesu, který se týká může, který zabil svou vlivnou manželku, bývalou ředitelku telefonní společnosti. Zanedlouho je určeno, že další číslo, které Stroj odhalil, patří jedné z členek oné poroty, která má prozatím nejasný úmysl.

Reese s Finchem se snaží zachránit život Anny Muellerové, softwarové programátorky jedné velké společnosti. Její život se ocitl v ohrožení, když zjistila, že jedna z aplikací firmy vnuká určitým lidem myšlenky na sebevraždu. Finchovi se mezitím ozývá Claire Mahoneyová, které později prozrazuje tajemství o Samaritánovi.

Na scénu se opět vrací Bratrstvo, díky kterému tým Stroj obdrží další číslo. V ohrožení života se ocitá Harper Roseová, která ukradla poměrně velký obnos peněz z podniku s lékařskou marihuanou, který má pod palcem právě Dominic. Root se mezitím pokouší podniknout důležitý krok k poražení Samaritána.

Dalším číslem je doktor Shane Edwards, psychiatr, kterého před osmi lety postihla tragédie, kdy přišel o svou manželku. Tým brzy zjišťuje, že doktor Edwards pozorně poslouchal své pacienty a následně trestal ty, kteří jim ublížili tak, že je obiňoval ze zločinů, které ani nespáchali. Nyní, když je vrah jeho ženy propuštěn, se hodlá pomstít, a tým Stroj ho musí včas zastavit.

Reese s Fuscem se zaměřují na ženu jménem Frankie Wellsová, která je, jak později zjistí, lovkyní lidí, a momentálně se pokouší polapit muže, který jí zabil bratra. Finch se opět setkává s Elizabeth Bridgesovou, která má brzy odevzdat software, do nějž Finch umístil virus, který má nyní v úmyslu aktivovat. Root mu v tom chce zabránit, protože ví, že by tak na sebe upoutal Samaritánovu pozornost.

Dalším číslem je geniální ředitel jedné technologické společnosti jménem Sulaiman Khan, jehož antivirový software je hacknut a Khan kvůli tomu získává nechtěnou pozornost autorit. Agenti Samaritána se ho pokoušejí zabít a agenti Stroje se snaží zjistit, co se vlastně děje.

Finch s Root a Fuscem se pouštějí do případu zahrnující znepřátelené gangy, které vedou Elias a Dominic. Násilí se čím dál více stupňuje, bude tedy třeba pohotově zasáhnout. Reese se mezitím pouští do jednoho nevyřešeného případu, na kterém kdysi pracovala Carterová. Opět ho pohlcuje smutek.

Na scénu se opět vrací Elias, tentokrát ve formě dalšího čísla. Tým objevuje jeho skrýš v jedné bance na Manhattanu, kam vzápětí přichází Dominic a jeho lidé z Bratrstva. Elias, Reese a Fusco jsou okamžitě zadrženi a dostat se pryč bude velmi obtížné.

Root je překvapena a šokována telefonátem od Shawové, která ji žádá o pomoc. I přes Finchův nesouhlas ji chce za každou cenu najít. Mezitím ve Washingotnu vyslýchá Kontrolní jednu učitelku, která je nějak spojena se Samaritánem, i když to popírá.

Samaritánovi se podařilo nalézt Stroj, díky čemuž je jeho budoucnost víceméně nejasná. Finch s Root následují instrukce, které Stroj z posledních sil předává Root, a tyto instrukce by podle všeho měly vést ke konečné snaze Stroj zachránit. V ohrožení života jsou i nadále Reese s Fuscem a Eliasem, které drží v zajetí Dominic.