U prvoj epizodi četvrte sezone, tim se pokušava prilagoditi svojim novim životima i identitetima koje im je stvorila Root, no ubrzo dolazi do komplikacija.

Harold nerado pristane pomoći Johnu zaštititi mladu ženu koja sudjeluje u opasnoj i smrtonosnoj igri. U međuvremenu, Shaw radi sa skupinom kriminalaca.

Finch daje Fuscu zadatak da se drži u blizini novog osumnjičenog, profesionalnog wingmana, osobe koja muškarcima pomaže u upoznavanju žena. Reese mora pronaći način da igra po pravilima na svojem novom radnome mjestu.

Reese kao detektiv NYPD-a nailazi na komplikacije kad mladi brat i sestra koje štiti postanu mete istrage jedne bande.

Finch je sumnjičav jer se broj nadarenoga političkog analitičara pojavi baš kad se njegova inače uvijek točna predviđanja pokažu pogrešnima pa vjeruje da su ta dva događaja povezana. U međuvremenu Reese radi po izravnoj naredbi kapetanice Moreno.

Reese, Shaw i Fusco moraju zaštititi uredskog radnika koji nabasa na opasnu zavjeru dok mjesečari kao lažni detektiv. U međuvremenu Finch putuje u Hong Kong jer to traži njegov lažni akademski identitet.

Reese se prijavljuje za mjesto instruktora na policijskoj akademiji da bi pratio nadarenu mladu policajku čiji su motivi sporni zbog sumnjiva ponašanja. U međuvremenu Martine, oboružana Samaritančevim informacijama, proganja članove tima.

Reese i Finch nađu se usred sukoba gradskih bandi kad Eliasa napadne ambiciozni vođa bratstva Dominic. U međuvremenu Root i Shaw ne slažu se kako riješiti najnoviju Samaritančevu prijetnju.

Samaritanac pokazuje svoju pravu moć kad na 48 sati preuzme kontrolu nad New Yorkom i izbriše zločine u pokušaju da namami Stroj iz skrovišta.

Samaritanac napada burzu te prisiljava članove tima da riskiraju život u očajničkom pokušaju da zaustave globalnu katastrofu.

Control, koja za vladu nadgleda praćenje brojeva, počinje propitkivati metode i namjere programa Samaritanca. Također stiže vijest o osvetnicima koji haraju sjeveroistokom.

Potraga za Shaw vodi Reesea i Root do gradića sjeverno od New Yorka gdje otkrivaju da nije sve idilično kao što se čini. Fusco se udružuje s bivšim osumnjičenim da bi riješio najnoviji broj.

Kad Stroj dodijeli Finchu ulogu porotnika u suđenju za ubojstvo, on posumnja da je jedan član porote ondje da namjesti suđenje. U međuvremenu Reese se otvara psihologu.

Reese pokušava zaštititi programerku koja živi tajanstveni dvostruki život, no nije jasno odakle dolazi prijetnja. U međuvremenu se Finchu za pomoć obraća mlada hakerica Claire koju je on pokušavao zaštititi od Samaritanca.

Reese i Finch moraju zaštititi snalažljivu prevaranticu Harper kad njezin plan da ukrade zaradu od medicinske marihuane propadne. Koliko neprijatelja može jedna osoba imati?

Reese i Finch pokušavaju zaštititi psihologa kojeg bi njegove neobične metode pomaganja pacijentima mogle stajati glave. U međuvremenu flashbackovi otkrivaju Finchevo krhko stanje nakon bombardiranja u kojem je ubijen njegov najbolji prijatelj Nathan Ingram.

Reese štiti lovca na glave koji ne dopušta da ga za život opasna prijetnja spriječi u potrazi za metom, a Finch pokušava pokrenuti plan koji je započeo u Hong Kongu.

Reese i Finch žure se zaštititi direktora softverske tvrtke koji se ponaša mahnito nakon što hakerski napad otkrije sve njegove tajne i razori njegov život.

Reese se nađe na opasnome osobnom putovanju kad u spomen na preminulu detektivku Carter pokuša riješiti stari slučaj ubojstva.

Reese i Fusco zateknu se usred rata vođa suparničkih bandi Eliasa i Dominica. Trag koji upućuje na Shawinu lokaciju vodi Fincha i Root u potencijalnu zamku. Control se oglušuje o naredbe jer želi otkriti Samaritančeve prave namjere.

U posljednjoj epizodi četvrte sezone Finch i Root hitaju spasiti Stroj koji je locirao njegov umjetno inteligentni protivnik Samaritanac. Reese se zatekne usred finalnog obračuna vođa suparničkih bandi Eliasa i Dominica.