Die Maschine hat Finch, Reese und Shaw mit neuen Identitäten ausgestattet. Diese beinhalten natürlich auch neue Berufe, die als Tarnung dienen. So muss sich Harold als „Professor Whistler“ mit gelangweilten Studenten herumschlagen, Sameen Shaw verkauft Kosmetik und Parfum bei Bloomingdales und Reese arbeitet als „Detective Riley“ im Drogendezernat. Ali Hasan, betreibt in der Bronx ein kleines Elektronikgeschäft und hat sich mit einer Bande namens „Brotherhood“ eingelassen, die nun darauf besteht, von ihm ein abhörsicheres Telefonnetz geliefert zu bekommen....

Reese gelingt es mit einem Trick, Finch zur Mitarbeit an der neuesten Nummer zu bewegen, die von der Maschine ausgegeben wurde. Es geht um Claire Mahoney, einer Studentin, die bereits mit sechzehn Jahren Schachgroßmeisterin ist. Nun hat sie - ohne ersichtlichen Grund - ihr Studium aufgegeben, sich bewaffnet und zieht durch New York. Es scheint, als würde sie durch die Stadt gejagt...

Detective Fusco muss als Undercover-Ermittler einspringen, weil John keine Zeit für die neue Nummer hat. Der neue Fall ist Andre Cooper, der vor kurzem seinen Job als Hafenarbeiter aufgegeben hat. Kurz zuvor, war ein Container voller Waffen im Hafen spurlos verschwunden. Zur gleichen Zeit wurde auch ein Wachmann erschossen. Der Mord wurde nie aufgeklärt. Was weiß Cooper über das Verbrechen?

Finch, Reese und Shaw bekommen die Nummern von Malcolm und Tracie Booker, vierzehn und acht Jahre alt. Shaw und Reese versuchen immer noch, den mysteriösen Anführer der Brotherhood, Dominic, zu identifizieren. Bei der Schießerei sind zwar sieben Gangster ums Leben gekommen, aber einer hat überlebt, und über den versucht Shaw nun an Dominic heranzukommen. Reese hat alle Hände voll zu tun, um die beiden Kinder vor der Brotherhood zu beschützen…

Simon Lee, die neue Nummer, hat die Meinungsumfragen für Gouverneur Murray zur Gouverneursneuwahl organisiert. Nach seinen Berechnungen fährt Murray einen ganz klaren 52 zu 48 Prozent Sieg über die Gegenkandidatin Michelle Perez ein. Bei der Stimmenauszählung wendet sich das Blatt allerdings und Perez gewinnt 52 zu 48. Simon ist überzeugt davon, dass seine Berechnung des Wahlergebnisses korrekt war und deshalb eine Manipulation der Gouverneurswahl stattgefunden haben muss. Um das zu beweisen, will er sich beim obersten Wahlleiter die Protokolle der Wahlzettel und Wahlautomaten holen. (Text: RTL Crime)

Während Finch auf einer Konferenz in Hongkong spricht, müssen sich Reese und Shaw alleine um die neue Nummer, Walter Dang, kümmern. Walter arbeitet in einem Versicherungsbüro und ist still und heimlich in seine Kollegin Elena Mindler verliebt, die gerade ihren Bruder Abel durch Selbstmord verloren hat. Doch als Walter alias Detective Forge ermittelt, muss er feststellen, dass Abel ermordet wurde, weil er zu viel von einem geplanten Waffendeal wusste. (Text: RTL Crime)

Die neue Nummer ist der Spanier Tomas Koroa, der als Weinhändler auf der ganzen Welt zu Hause ist. Nach kurzer Beobachtung stellen Shaw und Reese fest, dass Tomas nicht nur attraktiv ist, sondern auch einer sehr gerissenen Diebesbande angehört. Allerdings wissen sie damit noch nicht, ob er das Opfer oder die Bedrohung ist. Tatsächlich gelingt es Shaw und Reese, Tomas und seine beiden Komplizen auf frischer Tat zu ertappen, als das Trio versucht, 6-Millionen-Dollar wertvolle Viren-Ampullen zu stehlen...

Um ihn aus der Gefahrenzone zu bringen, hat die Psychologin Iris Campbell empfohlen, Reese als Ausbilder an der Police Academy einzusetzen. Praktischerweise ist auch die neue Nummer, Silva, gerade Rekrutin. Zuerst geht das Team der Maschine davon aus, dass es Silva auf einen ihrer Rekruten-Kollegen abgesehen hat, weil sie diese ausspioniert...

Im Mafiakrieg zwischen Dominic und Elias scheint letzterer die einzige Möglichkeit zu sein, den stetig wachsenden Einfluss seines Konkurrenten einzudämpfen. Dann wird Elias zur neuen Nummer des Teams und Finch ist wild entschlossen, ihn zu beschützen. Doch dieser wird von seinen Gefolgsleuten verraten – lediglich Anthony - genannt Scarface – und Bruce, sein Finanzchef, halten scheinbar noch zu ihm. Als Elias Dominic und seine Bande in sein Bürogebäude lockt, um den Safe zu knacken, wird er aber von dessen Leuten überwältigt. Kann Finch ihn noch retten?

Nachdem Samaritan New York in ein Chaos gestürzt hat, kommt es zu einem Dialog zwischen der Maschine und Samaritans Sprecher Gabriel. Aufgrund ihres moralischen Handelns besteht die Maschine auf ihr Vorrecht, doch Samaritan argumentiert, die Menschheit brauche eine Führung durch eine harte Hand, um in Frieden zu leben. Gabriel stellt der Maschine das Ultimatum, sich entweder selbst aufzugeben oder für den Tod ihrer menschlichen Agenten verantwortlich zu sein. Dann bereitet Samaritan einen Schlag gegen die Wall Street vor, der der ganzen Welt seine Macht beweisen soll.

Samaritan hat mit Schadsoftware die Börsen lahmgelegt, allen voran die New York Stock Exchange. Um einen Kollaps der Weltwirtschaft zu verhindern, hat die Maschine ein Gegenprogramm entwickelt, das allerdings im Serverraum der New Yorker Börse hochgeladen werden muss. Root, Reese, Finch und Fusco, die sich bereits im sechsten Untergeschoss des Börsengebäudes aufhalten, müssen feststellen, dass Samaritan alle Ausgänge abgeriegelt hat. Auf den Fluren wimmelt es von Samaritan-Agenten, die die Vier unter Feuer nehmen. Um in den Serverraum zu gelangen, braucht das Team jedoch einen Code, den Sameen von einem Servicemitarbeiter, der gerade in der U-Bahn unterwegs ist, erfahren soll. Doch in dem Abteil sitzt auch ein Selbstmörder mit einer Sprengstoffweste...

Root und Reese sind auf der Suche nach Sameen. Es gelingt ihnen, „Control“ ausfindig zu machen, die gerade von Samaritan beauftragt wurde, eine angebliche islamistische Schläferzelle auszulöschen. Nachdem drei der vier Schläfer gefasst wurden, macht sich Control selbst auf den Weg, um den vierten - Yasin Said - zu jagen. Dabei wird sie allerdings von Root und Reese überrascht und entführt. Als ein Samaritan-Agent anrückt, um sie zu befreien, schleust Finch einen Wurm in dessen Handy und kann somit an Informationen über Sameens Aufenthaltsort gelangen. Die Spur führt in den Norden des Staates New York.

Root und Reese finden in der Kleinstadt Maple den Laster, mit dem Shaw eventuell nach der Schießerei in der Börse abtransportiert wurde. Das Leben in Maple hatte sich im letzten halben Jahr schlagartig geändert, als der größte Arbeitgeber pleiteging und die Firma Carrow zur Freude der Bürger alle Arbeitsplätze erhalten hatte. Doch scheinbar endet es tödlich, wenn die Mitarbeiter zu viele Fragen stellen. Deshalb knüpfen sich John und Root die Firmendirektorin Leslie Thompson vor, die unter „Nachdruck“ zugibt, dass tatsächlich eine Frau in ihrer Firma versteckt wird.

Finch wurde zum Schöffendienst geladen und versucht nun, sich über den Gerichtsserver von der lästigen Pflicht zu befreien. Das misslingt, und so sitzt er neben Emma auf der Geschworenenbank, die ganz zufällig die neue Nummer ist, und soll darüber befinden, ob Chad Bryson seine Frau Caroline Mills ermordet hat. Da sich Verdachtsmomente gegen Emma ergeben, durchsucht Reese noch schnell ihre Wohnung, bevor er sich zu Iris Campbell in die Therapiesitzung begibt. Finch fängt einen SMS-Dialog von Emma ab, aus dem ersichtlich wird, dass sie unter Druck gesetzt wird. Reese und Finch vermuten, dass Chad Bryson einen „Fixer“ angeheuert hat, der dafür sorgen soll, dass der Prozess mit Freispruch endet.

Diesmal haben Reese und Finch statt einer Sozialversicherungsnummer die Immatrikulationsnummer der Anthropologiestudentin Harper Rose bekommen. Allerdings stellt sich schnell heraus, dass die junge Frau, die sich als Harper ausgibt, eine mit allen Wassern gewaschene Betrügerin ist. Über ihren Freund Trey ist sie an Noah herangekommen, der eine Ausgabestelle für medizinisches Marihuana betreibt, wo aufgrund gesetzlicher Probleme nur mit Bargeld gehandelt werden darf. Der falschen Harper gelingt es, eine große Geldlieferung abzufangen, indem sie das Paralkartell gegen Dominics Leute hetzt. Auch Reese ist in die Schießerei verwickelt, weshalb anschließend viele Beteiligte ins Krankenhaus müssen.

Shane Edwards, Therapeut für Gewaltopfer, ist die neue Nummer. Als er vor einigen Jahren seine Frau durch einen brutalen Mord verloren hatte und es bis heute nicht verkraftet, dass der mutmaßliche Mörder, Wyatt Morris, aus Mangel an Beweisen nur wegen Totschlags verurteilt, bereits nach sieben Jahren auf Bewährung entlassen wird, sinnt auf Rache. So hat Shane über Jahre mit fingierten Straftaten Gewaltverbrecher hinter Gitter gebracht, um seine Patienten in der Opferhilfe zu rächen. Doch dies war nur die Vorbereitung auf den ganz großen Coup: Wyatt Morris soll wegen Mordes lebenslänglich hinter Gitter gesteckt werden. Dafür hat Edwards alle Indizien vorbereitet und will sich nun selbst töten, um Morris die Schuld zuzuschieben. Fusco und Reese wollen Edwards lieber nicht ins Handwerk pfuschen, doch Finch besteht darauf, den Therapeuten zu retten, sei es auch nur vor sich selbst.

John muss sich in eine halb legale Pokerrunde einkaufen, um die neue Nummer, Frankie Wells, zu beobachten. Er meint, sie vor ihrem cholerischen Boss Ray beschützen zu müssen, allerdings kann sich Frankie ganz gut selbst wehren, was John auf schmerzhafte Weise mitbekommt. Bevor ihm Frankie entwischt, hat sie ihm allerdings noch die Polizeimarke gestohlen. Da das ein Kündigungsgrund bei der New Yorker Polizei ist, machen sich Fusco und John auf die Suche, was dadurch erleichtert wird, dass Frankie ihr Telefon bei dem Kampf mit John verloren hat. Als es John gelingt, sowohl Frankie als auch seine Marke aufzutreiben, erfährt er, dass Frankie eine Kopfgeldjägerin ist, die Ray Pratt unbedingt nach Florida überstellen muss, weil sie sonst die Kaution von einer Million Dollar verliert.

Die neue Nummer ist die von Sulaiman Khan, dem Gründer und CEO des Weltmarktführers für Anti-Viren-Software. Samaritan will sowohl die Software als auch die Infrastruktur der Firma Castellum Security von Khan benutzen, um im Internet eine weltweite Suche nach der Maschine durchzuführen. Da Khan gerade an einem Bio-Chip arbeitet, an dem Samaritan ebenfalls interessiert ist, wird der Firmenchef einfach aus dem Verkehr gezogen, indem nicht nur alle seine E-Mails, Bankkonten und seine Krankenakte veröffentlicht werden, sondern es werden ihm auch massive Unterschlagungen in der Firma und weitere Kapitalverbrechen untergeschoben. Finch und Reese versuchen, Khan immer wieder vor seinen Verfolgern zu retten, allerdings geht es nicht ganz ohne die Hilfe von Root, auf die Finch in diesem Fall gerne verzichtet hätte. Finch, Reese und Root finden zwar heraus, wie Samaritan die Suche nach der Maschine bewerkstelligt hat, können aber den Fortgang der Suche nicht verhindern.

Finch und Fusco überprüfen die Maschine, weil es einen Doppelmord gegeben hat, der vorher nicht angekündigt wurde. Reese bleibt an der neuen Nummer – Chase Patterson – dran, dessen Familie 2008 ermordet wurde. Für Carter war das damals der erste große Fall, an der Seite von Detective Terney, der allerdings ungelöst blieb, weil der jüngste Sohn Chase, der einzige Überlebende der Familie Patterson, der gleichzeitig der Hauptverdächtige war, nach Paris geflohen war. Mittlerweile ist er wieder in New York, um das Erbe seiner Eltern zu ordnen. Die Akte des Falles Patterson wird Reese zusammen mit den Effekten von Carter überreicht, weil die Akte noch auf ihrem Tisch lag, als sie ermordet wurde. Unter den Überbleibseln findet Reese auch einen an sich adressierten Umschlag mit dem Foto von Jessica und ihm beim Urlaub in Mexiko.

Control zieht Shelley aus dem Verkehr, weil Tyler und anderer Kollegen von ihr geführt wurden. Shelley beteuert, nur eine kleine Lehrerin zu sein, die mit dem Wort „Samaritan“ nichts anfangen kann. Doch irgendwann gelingt es Diane, Shelleys Widerstand zu brechen, und sie erfährt sogar, dass etwas namens „Korrektur“ stattfindet und die Welt für immer verändern wird. Allerdings verhindert Control mit ihrer Dienstwaffe, dass Shelley diese neue Welt noch erlebt … Nach einem mysteriösen Vierfachmord im streng bewachten Gerichtsgebäude dämmert es Finch, dass das neue Kommunikationssystem von Elias die uralte Rohrpost unter Manhattan ist. Fusco und John machen sich auf den Weg in die Bank, einer der ehemaligen Knotenpunkte, um Elias zu stellen. Nachdem Sameen mit Root telefoniert hat, ist diese nicht mehr zu halten.

Die Maschine warnt Finch mit ihrem SOS-Code vor einer bevorstehenden Systemabschaltung. Allerdings wissen Finch, Root und Reese noch immer nicht, wo sich die Maschine befindet. Dazu schwappt gerade eine Welle von Stromschwankungen durch das ganze Land, die einen Computer lahmlegen könnten. Da Finch die Maschine in einer Serverfarm im Westen des Landes vermutet, befürchtet er ihr baldiges Ende. Reese, Elias und Fusco befinden sich immer noch in der Gefangenschaft von Dominic und seiner Brotherhood. Nachdem Harper ihm bei der Flucht hilft, kann Fusco entwischen und mit einem SWAT-Team zurückkommen, John und Harper befreien sowie Dominic und Elias festnehmen. Control überprüft zusammen mit Grice ein Versteck, um dort Hinweise auf selbst gebaute Bomben zu finden. Der Versuch, Senator Garrison ins Vertrauen zu ziehen, geht jedoch schief und am Ende stellt sich heraus, dass der Anschlag nur eine Finte von Samaritan war.