El Equipo tiene la tarea de proteger a un marine que esta a punto de experimentar la peor amenaza de su vida, debido a unos diamantes que su amigo robo a unos mercenarios.

un empresario creador de una red social en internet sufre el acoso de un grupo de ciber-terroristas llamados Vigilance, que promueven la privacidad de las personas en internet.

Shaw, Carter & Zoe Morgan se infiltran en una fiesta nocturna para averiguar de la vida de Ian Murphy, un padre soltero en apariencia un sociopata encantador, que en realidad tiene problemas con su suegro,a la vez, Root escapa del manicomnio no sin antes dispararle a Hersh.

Una abogada defensora tiene problemas con la justicia tras la aparente muerte de su esposo.

Shaw se ve en la misión de proteger a una niña rusa de 10 años que sabe mucho de la trama del trafico de drogas que hay en Bronx, New York, trama que por supuesto involucra a los traficantes y a HR, liderado por Simmons y Quinn.

Un investigador estatal es el objetivo de Vigillance, debido a que su hermano adoptivo tiene cuentas pendientes con el grupo liderado por Peter Collier, mientras Shaw se ve envuelta en un juego urdido por Root, que al final es atrapada y encerrada en la biblioteca por Finch.

Hayden Price es en apariencia un Psiquiatra eficiente, en realidad es un estafador que se vera en problemas al meterse en los negocios turbios del corrupto oficial Patrick Simmons, mientras Carter da con evidencia para derribar a HR, no sin antes eliminar a Raymond Tierney.

Carter inicia una guerra sucia entre los Rusos y los policías corruptos de HR, con tal de hacerlos caer.

Patrick Simmons es buscado intensamente por la justicia por sus múltiples crimenes, entre las personas que lo buscan esta Reese, quien quiere vengar la muerte de Carter, al final Simmons es asesinado por orden de Carl Elias.

Recuerdos de la adolescencia de Finch proporcionan conocimientos sobre la creación de la máquina. Además, el equipo recibe el número de un hombre ya moribundo, y Reese deja al equipo POI como consecuencia de la guerra con la organización criminal HR.

Root es disparada y capturada por Control. Además, se revela que Arthur ha hecho una copia de Samaritan antes de que fuera destruida. Harold le revela a Arthur que La Máquina existe y lo convence de que destruya a Samaritan.

Reese aborda un avión para escaparse de su vida anterior pero la máquina le cambia el itinerario, haciéndole tomar un vuelo que lo llevará a salvar una vida.

El siguiente caso del equipo es el de Kelli Lin, una ex gimnasta olímpico que ganó la medalla de plata y que luego se revela como un ladrón de antigüedades que ha sido siempre perseguido por la Interpol.

Cuando el número de Sandra, una operadora del 911, aparece, Harold se infiltra en el centro de llamadas 911. Más tarde, un niño es secuestrado y la llamada se enrutada específicamente a Sandra, a quien le ordenan eliminar los registros de llamadas a cambio de la vida del niño.

En 2010, Finch y su guardián ayudan a su número más reciente, un programador que dos agentes de la CIA quieren ver muerto.

Root saca a un ladrón de coches llamado Billy Parsons (Colin Donnell) de un autobús que lo conduce a la cárcel y lo introduce en un centro de aplicaciones para supercomputadoras donde se hace pasar por otro hombre para conseguir un paquete. Cuando su trabajo acaba Parsons es detenido de nuevo por la policía aunque Root le ayuda a que su estancia en la cárcel sea más cómoda. Los caminos de Root y el equipo coinciden cuando la máquina los envía a todos a proteger a un conserje llamado Cyrus Wells (Yul Vazquez) que es buscado tanto por Vigilancia como tecnologías Decima. No se trata de un simple portero ya que tiene un master en finanzas y era multimillonario a los 35 años. Puede tener algo que ver con samaritano, pero no lo tienen claro.

El equipo recibe el número de Maria Martinez (Nazneen Contractor), una ingeniera que trabaja para la compañía internacional de energía HydralCorp. La siguen y se enteran de que ella está trabajando para limpiar el nombre de Omar Risha (Haaz Sleiman), un hombre de Irak sospechoso de ser un terrorista.

El equipo es testigo de su nuevo número, Leona Wainwright es asesinada por un coche bomba. Ella trabajaba para las autorizaciones de seguridad de gestión del gobierno; Finch deduce de la información del celular que fue asesinada por Vigilancia. Su próximo número, el fiscal Mateo Reed (Nestor Carbonell), llega poco después, y Reese y Shaw se envían a una reunión de secundaria en Westchester para impedir el futuro asesinato.

Root parece que se ocupa de las amenazas relevantes ahora que Luces del norte ha dejado de existir y esta vez se lleva a Sameen Shaw para que la ayude. Mientras Décima ha decidido poner en marcha el programa Samaritano, Finch llama a Reese porque necesita su ayuda en el Capitolio, Washington, para proteger a un nuevo número, al senador de Estados Unidos Roger McCourt. Sin embargo, pronto descubren que las únicas personas de las que deben proteger al senador son ellos mismos.

Samaritano está en funcionamiento durante 24 horas, controlando la ciudad de Nueva York, y Greer utiliza la oportunidad para tratar de dar caza a Reese, Sam, y Root. Al mismo tiempo, su gente tratar de localizar a cualquier persona conectada a Finch y localizan a alguien muy importante en su vida que cree que está muerto… Grace Hendricks.

En una serie de FlashBacks a 2010, la narrativa revela la historia de fondo de Collier, el rostro de Vigilancia.

El equipo toma acciones drásticas en un intento por impedir que Samaritano se active y les convierta en sus primeros objetivos. Mientras tanto, el enfrentamiento que ha durado meses contra el grupo terrorista Vigilancia llega a una impactante conclusión.