Während der New Yorker Flottenwoche meldet die Maschine einen Seemann, der von abtrünnigen Marines wegen Diamantenschmuggels gesucht wird. Im Sanatorium kommt Root beim Gespräch mit ihrem Arzt der Wahrheit unbehaglich nahe.

Ein Internet-Unternehmer, der einen Informationsservice leitet, stellt fest, dass jemand es auf seine eigenen Daten - und vielleicht sogar sein Leben - abgesehen hat. Beim Streifendienst arrangiert sich Carter mit einem neuen Partner.

Er verfolgt und verführt Frauen. Doch ist die neue POI ein Jäger oder bald selbst ein Opfer? Carter, Shaw und Zoe Morgan (Paige Turco) stellen sich als Köder zur Verfügung. Gleichzeitig flieht Root.

Zahlreiche Motive erschweren den Fall einer ehemaligen Staatsanwältin, die aus der Untersuchungshaft flieht, als man sie des Mordes an ihrem Mann beschuldigt. Der war Strafverteidiger mit unergründlicher Vergangenheit.

Eine findige Zehnjährige gerät in große Gefahr, weil sie ein Gespräch zwischen HR und der russischen Mafia mitgeschnitten hat.

Root erhält Anweisungen von der Maschine, die Shaws Mithilfe erfordern - egal, mit welchen Mitteln. Deshalb unternimmt Root extreme Schritte, um Shaw zur Mitarbeit zu bewegen. Unterdessen bemühen sich Reese und Finch herauszufinden, warum die Nummer eines sanftmütigen Nachlassforschers aufgerufen wurde.

Die Ermittlungen im Fall eines Schlaftherapeuten und Betrügers ergeben, dass einer seiner Kunden ein Antiquitätenhändler ist, dessen Geschäft von HR zur Geldwäsche benutzt wird.

38 neue Nummern korrespondieren mit hochrangigen HR-Mitgliedern - das Ergebnis von Spannungen zwischen korrupten Cops und ihren Drogenschmuggel-Partnern in der russischen Mafia.

Der verwundete Reese jagt Simmons, und Finch versucht, seinen Freund zu finden, bevor der seinen Verletzungen erliegt. Finch hat keine Wahl: Er lässt Root frei und erlaubt ihr, Kontakt zur Maschine aufzunehmen.

Durch die Nummer eines sterbenden Patienten stößt das Team auf seine geheime Vergangenheit - und auf mörderische Agenten, die alle bestimmte Informationen von ihm brauchen, bevor sie ihn umbringen. Rückblenden in Finchs Jugend liefern nähere Einzelheiten dazu, wie die Maschine einst entstanden ist.

Root rettet Finch, Shaw und Claypool (Saul Rubinek), wird aber von Control (Camryn Manheim) gefangen genommen. Claypool führt Finch zu dem Bankschließfach, in dem er die Samaritan-Laufwerke versteckt hat, doch dann wird er sowohl von Vigilance als auch von Hershs (Boris McGiver) ISA-Agenten in die Zange genommen.

Reese' will die Vergangenheit hinter sich lassen, doch die Maschine verhindert, dass er sich ins Ausland absetzt. Er befindet sich nämlich auf einem Atlantikflug - mit an Bord ist ein wichtiger Zeuge in einem Online-Drogenhandelsprozess.

Eine olympische Turnerin, die inzwischen als hochkarätige Diebin arbeitet, wird von den Entführern ihrer Tochter gezwungen, eine wertvolle Bibel zu stehlen. Auftrag des Teams: Es soll ihr helfen, die Bibel aus einem mit neuester Technik gesicherten Gebäude zu entwenden.

Eine Notruf-Telefonistin mit komplizierter Vergangenheit, ein entführter Junge und Fuscos aktueller Mordfall haben alle mit dem Komplott eines Drahtziehers zu tun, der jede Spur eines brisanten Notrufs auslöschen will.

In einer Rückblende erhält Finchs erster Mitarbeiter und Reese' Vorgänger, der wenig kooperative Ex-Soldat Rick Dilinger (Neil Jackson), den Auftrag, einen Computer-Hacker zu retten, der einen Zugriff auf die Maschine versuchen soll.

"Willst du erleben, wie es ist, wenn sich zwei Götter bekriegen?" Root und das Team treffen sich bei der Lösung des aktuellen Falls, denn die Maschine schickt sie alle los, um einen Hausmeister vor Vigilance und Decima zu beschützen.

Die neueste POI ist Ingenieurin mit Erfahrung im Nahen Osten - sie gerät in eine gefährliche internationale Verschwörung. Hat ihr Rachedurst sie zur Terroristin gemacht, oder stellt ihr jemand eine Falle?

Reese und Shaw übernehmen ihren gefährlichsten Auftrag - sie geben sich bei einem Klassentreffen als ehemalige Mitschüler aus, denn Vigilance erscheint bei der Veranstaltung als Party-Crasher.

Reese gibt sich als Geheimagent aus, um an einen Parlamentsabgeordneten heranzukommen, der vielleicht dazu beitragen kann, Decimas Pläne für den Netz-Start von Smaritan zu vereiteln.

Decima verwendet Samaritan-Informationen, um Reese und Shaw ins Visier zu nehmen. Um Finch aus seiner Deckung hervorzulocken, bedroht Greer seine Ex-Verlobte und große Liebe Grace Hendricks (Carrie Preston).

Als eine unbekannte Organisation die Maschine daran hindert, eine bevorstehende Katastrophe komplett zu erfassen, erhält das Team fünf verschiedene Nummern, um mit deren Hilfe die Puzzleteile selbst zusammenzusetzen.

Das verzweifelte Team greift zu extremen Mitteln, um den Netzauftritt von Samaritan zu verhindern. Unterdessen steuert der Kampf gegen Vigilance auf ein schockierendes Finale vor einem Geheimgericht zu.