机器现在完全自治，下落不明，恢复了向芬奇提供的 "无关紧要 "的遇险人员号码，其中包括一名在城里参加舰队周的美国海军军官。然而，由于这么多水手涌入纽约市的街道，及时找到这位军官对Reese和Shaw来说是一个更大的挑战。

机器提供了一个互联网大亨的号码。此人善于入侵并窃取他人的隐私，并将隐私当做赚钱的工具——现在他自己的隐私竟然被人窃取了，这令他如坐针毡。当他的生活开始失控时，Reese奋力保护他，而Finch呼叫Shaw、Carter和Fusco一起参与案件调查，希望找到那个攻击他的人。与此同时，降级为街头巡警的Carter被迫与菜鸟MikeLaskey搭档，这让她有些不高兴。

Reese和Finch关注的下一个可疑对象是变色龙般狡猾的花花公子——他要么是个专门残害女性的恶魔，要么是别人的猎物。为了引诱他上钩，Reese和Finch找来他们最熟悉的三个女人——Carter、Shaw和ZoeMorgan，把她们打扮得花枝招展地去当「诱饵」。与此同时，一个危险的敌人正在追踪Root，机器帮助她策划逃离精神病院的方案。

这支队伍必须弄清楚是一位知名律师策划了她丈夫的谋杀案，还是她被人陷害了；Carter被她的新搭档发现了与Reese在一起。

机器提供了一个10岁女孩的号码，Finch和Reese让Shaw寸步不离地保护她。在此期间，小女孩展现出令人惊讶的「监控技巧」，令Shaw十分佩服。Shaw很快意识到机器提供小女孩的号码或许正是这个原因。与此同时，Carter继续从事揭露犯罪组织HR的秘密任务，但某些事情的发生可能导致她的行动提前曝光。

从被关在精神病院中获释后，Root需要Shaw的帮助来处理机器发出的指令；Finch和Reese调查了一个性格温和的调查员。

机器一下子给了Finch38个数字；关于Carter的过去的信息被披露出来。

对抗犯罪组织HR的战争达到新的高度，但是要想将这帮坏蛋绳之以法，POI团队就必须面对巨大的危险。与此同时，机器突然给出了Reese的号码，POI团队面临他们所遇到过的最大的威胁。

Carter遇害后，POI团队发誓要尽快找到凶手为她报仇，并且结束这场与HR组织旷日持久的战争，但Finch意识到他们当中的一人可能走得太远了——他不仅可能丢掉自己的性命，还会危及整个团队的安全。与此同时，机器提供了纽约警署警官、HR犯罪组织的关键成员PatrickSimmons的号码。这是一个三集故事的最后一部分。

本集的剧情将通过回忆的方式描述Finch青春年少时的故事——包括他创造机器的内幕。与此同时，机器提供的新号码指向一个已经死亡的人。与HR犯罪组织的战争重创Reese的心灵，他决定离开POI团队。

在POI小组保护一个濒临死亡的人时，多个敌人聚集在一起，而这个人的号码已经出现。他们努力压制敌人，但如果没有Reese，他在与人力资源部门的悲惨战争之后就把他们和他们的任务抛在脑后，少了一个人可能会对团队产生灾难性的影响。

为了彻底抛弃POI团队，忘掉自己的过去，Reese决定登上一架国际航班离开这个国家。然而他发现自己的旅行计划被人操纵了，这让他非常愤怒。

Reese在纽约与Finch会合，但当团队收到一个技艺高超的古董窃贼的号码时，一个令人惊讶的转折发现他们正在计划一场可能使他们所有人都入狱的抢劫。

Finch以卧底身份进入一家紧急呼叫中心保护一名911话务员，但他和POI团队很快意识到他们面临的威胁远远超出预期。

Finch征召Reese加入POI团队之前的秘密及他从事过的任务终于曝光——过去的秘密与现在发生的一系列事件之间存在惊人的联系。

机器指派Root寻找有神秘背景的看门人Cyrus（YulVasquez），但Root的出现导致此人面临生命危险。与此同时，Finch也收到了此人的号码，他与Root的冲突不可避免。ColinDennell扮演一名被转运的囚犯，他的世界与Root产生了交集，但他不知道原因。他后来成为Root的大计划中的「重要棋子」。

Finch和Reese获得的新号码来自一个前政府项目承包人，而此人正在秘密跟踪一个联合国外交官。Finch和Reese必须学会与国际政治圈中的人物打交道，但这里面的水太深了，他们有些难以招架。与此同时，一个敌人试图用卑鄙的手段在与Root的较量中占得上风。

为了监视一名新可疑对象，Reese和Shaw假扮某高中的毕业生参加校友聚会活动。与此同时，Finch和Fusco前往华盛顿特区调查“Vigilance”组织最近一次攻击行动的真实动机。

Reese假扮特勤处特工接近并保护最新的可疑对象——一名国会议员。要想阻止Decima将第二台机器上线运行，此人的作用举足轻重。

Decima组织利用Samaritan（Finch在麻省理工学院的同学ArthurClaypool发明的一种类似「机器」的东西）提供的信息及其网络来追踪Reese和Shaw。Greer利用Finch最大的弱点来引诱他现身：他对前未婚妻GraceHendricks永不消逝的爱。

一股来历不明的势力阻止机器洞察一件即将发生的灾难事件的全貌，机器同时吐出五个不同的号码，Finch的团队只能自行调查相关线索并解开这个谜团。与此同时，Root的黑客团队抵达纽约。

团队在比赛中采取了绝望的行动，以防止恶意的人工智能程序“Samaritan”上线，使他们成为其第一个目标。与此同时，与反监视恐怖组织 "警戒团 "长达数月的战斗得出了一个令人震惊的结论。