הסוכנים פינץ וריס ממשיכים לפעול למעצרם של מבוקשים. בפתח העונה, פרשה של מלח שמזכיר לריס את עצמו, לוחם מצוין שעושה הכל למען חבר. יש גם חברה חדשה בצוות: שו, שיורה בלי חשבון.

יזם אינטרנט האוסף מידע אישי על אנשים זרים מוצא את עצמו בפרשייה של הפרת פרטיות, כשהפעם הוא הקורבן. כשכל הסודות המלוכלכים שלו נחשפים, הוא נחוש לנקום באחראים לכך.

ריס מגייס את זואי מורגן, קרטר ושו כדי ללכוד פלייבוי שמספרו עלה במכונה. בינתיים, רוט נמלטת מאויבים מסוכנים ומבית החולים הפסיכיאטרי.

המספר הפעם הוא זה של קורבן ועבריינית לסירוגין לאורך כל הפרק. האם עורכת דין ניו-יורקית הרגה את בעלה ונרדפת על-ידי שוטר מושחת, או שהיא קורבן של עלילה?

מיס שו נקשרת לילדה שהיא מגינה עליה ועולים בה רגשות שהיא לא מכירה. האם הם קשורים לתאונה שהיא עברה בילדותה?

רוט ושו נמצאים מול מר ריס ופינץ', במרוץ להצלת זוג אחים שהסתבכו עם חבורה של אקטיביסטים אנטי-ממשלתיים.

הצוות עוקב אחר מטפל בהיפנוזה שמספרו עלה במכונה. במקביל, הבלשית קרטר עושה כברת דרך לקראת חשיפת אייץ,-אר. האם זה יעלה לה בחייה?

פינץ מקבל 38 מספרים בבת אחת, בעוד הבלשית קרטר מגיעה לעימות פנים אל פנים מול ראש אייץ'-אר והפשע המאורגן בעיר.

הסוכנות סוגרת על הצוות במלחמה על הפלת ארגון הפשע אייץ'-אר, במיוחד לאחר שהמכונה מעלה פתאום את המספר של ריס.

ריס וליונל ממלאים את צוואתה של קרטר ומסגירים את ראשי ארגון אייץ'-אר, במקום לקחת את החוק לידיים.

תוכנה מתחרה למכונה של פינץ נחשפת. התוכנה בעלת תכונות אנושיות יותר, ואף עלולה לאיים על שלום העולם יותר מהמכונה הראשונה.

ריס מנסה לברוח הכי רחוק שאפשר, אבל מגלה שאין מקום שבו המכונה לא תשיג אותו.

ריס חוזר לניו-יורק כדי להצטרף מחדש אל פינץ'. המכונה מעלה את מספרו של גונב עתיקות, ואילו הצוות מסייע לו לגנוב...

פינץ' שומר מקרוב על מפעילת שיחות חירום, אך מגלה במהרה שהאיום גדול בהרבה ממה שהוא והצוות חשבו.

סודותיו של פינץ' מהתקופה לפני שריס הצטרף אליו נחשפים, כולל גילויים הקשורים לאירועים הקורים בהווה.

המכונה שולחת את רוט לחפש אחר שרת בעל עבר מסתורי. כאשר נוכחותה מסכנת אותו, המכונה שולחת את המספר שלו לפינץ'.

ריס ושו צריכים להגן על מהנדסת שעבדה בעבר בשירות האו"ם בעירק, וכעת בטוחה שמנסים להפליל עובד לשעבר שלה ולגרש אותו מהארץ. היא מנסה לעקוב אחר דיפלומט צרפתי מושחת, ופינץ' ועוזריו מסתבכים בפוליטיקה בין-לאומית.

ריס ושו מגיעים לאיחוד של בית ספר תיכון על מנת לעקוב אחר המספר האחרון שיצא להם. פינץ' ופוסקו נוסעים לוושינגטון הבירה על מנת לחקור את המניעים לתקיפה שקרתה.

ריס פועל במסווה כסוכן סמוי על מנת להגן על חבר קונגרס שחייו בסכנה על-פי המכונה. החבורה מגלה שיש לו תפקיד מכריע בהפלת מערכת "השומרונית", אך לא יודעת אם הוא הקורבן או דווקא הפושע במקרה זה.

בזמן ש-"דסימה" משתמשת במשובים של "השומרונית" כדי לצוד את שו ואת ריס, גריר מנצל את חולשתו הגדולה של הרולד כדי להוציא אותו ממקום מחבואו: אהבתו לארוסתו לשעבר, גרייס.

כוח מסתורי מפריע למכונה לחזות אירוע קטלני במלואו, והמכונה שולחת לצוות חמישה מספרים שונים לחקור. בינתיים, צוות ההאקרים של רוט מגיע לניו-יורק.

פרק סיום העונה. בזמן ש-"דסימה" מתכוננים להפעיל את ה-"שומרוני", הצוות מוצא את עצמו בין הפטיש לסדן כשהארגון מנסה לחסל אותם ובמקביל "ויג'ילנס" מנסים לשים קץ לריגול הממשלתי.