U New Yorku su dani mornarice zbog čega Reese, Finch i Shaw u prvoj epizodi treće sezone ne mogu s lakoćom pronaći jednog pripadnika mornarice.

Stroj izbaci broj hakera specijaliziranog za otkrivanje privatnosti koji se šokira kad ostane bez vlastite. Reese ga pokušava zaštititi dok gubi nadzor nad vlastitim životom zbog nepoznatog neprijatelja, a Finchu Shaw, Carter i Fusco pomažu pronaći progonitelja. U međuvremenu degradirana Carter neočekivano dobije novog partnera, novajliju Mikea Laskeyja.

Reese i Finch pomažu Carter, Shaw i Zoe Morgan koje ženskim čarima mame prevrtljivog playboya koji je grabežljivac ili nečiji plijen. U međuvremenu Stroj pomaže Root isplanirati bijeg iz psihijatrijske ustanove prije nego što je pronađe opasni neprijatelj.

Stroj izbaci broj uvažene njujorške odvjetnice čiji je muž nedavno ubijen, a tim mora brzo otkriti je li ona namjestila smrt ili su njoj smjestili. U međuvremenu Carter ima problema s novim partnerom Mikeom Laskeyjem jer ju je vidio s Reeseom, čovjekom u odijelu.

Kad Shaw dobije zadaću pratiti 10-godišnjakinju koju je identificirao Stroj, nevoljko osjeti poštovanje prema djevojčinim vještinama praćenja i uviđa da se možda baš zato pojavio djevojčin broj. U međuvremenu bi se Carteričina misija rušenja kriminalne organizacije HR mogla razotkriti.

Izvan zidova psihijatrijske ustanove, Root dobiva naredbu od Stroja koja zahtijeva Shawinu pomoć, milom ili silom, i poduzima ekstremne mjere kako bi je nagovorila na suradnju. Reese i Finch istražuju zašto se pojavio broj blagog procjenitelja gradilišta.

Kad Stroj izbaci broj hipnoterapeuta, tim otkriva da je on mnogo više od gospodara uma. U međuvremenu Carter prati staretinara čiji je posao povezan sa zločinačkom organizacijom HR.

Rat istražiteljskog tima i HR-a dolazi do usijanja kad Finch od Stroja odjednom dobije 38 brojeva. Otkriva da su svi povezani s nepoznatim igračem koji potiče rat između zločinačke organizacije i ruske mafije. U međuvremenu vidimo u Carteričinoj prošlosti oca njezina sina.

Opasnost se povećava kad epski pokušaj privođenja zločinačke organizacije HR pred lice pravde dobije novu dimenziju. A kad Stroj iznenada izbaci Reeseov broj, tim se suočava s najvećom prijetnjom do sada.

Flashback iz Fincheve mladosti daje nam uvid u nastanak Stroja. Tim dobiva broj čovjeka na samrti, a Reese napušta tim, što je posljedica rata sa zločinačkom organizacijom HR.

U zaključnom poglavlju šokantnog zimskog trilera veći broj neprijatelja kruži oko tima dok štite čovjeka na samrti čiji se broj pojavio. Trude se držati neprijatelje podalje, ali bez Reesa koji je napustio tim i misiju nakon tragičnog rata s HR-om, jedan član manje mogao bi značiti katastrofalne posljedice za tim.

Baš kad Reese pomisli da se izvukao, Stroj ga vraća u igru. Reese se ukrcava na međunarodni let pokušavajući iza sebe ostaviti tim i prošlost, no bijesan shvati da je putovanje namješteno i da Stroj za njega ima drukčije planove.

Reese se pridružuje Finchu u New Yorku, no odvažni bi plan njegovu povratničku misiju mogao pretvoriti u posljednju. Kad tim dobije broj iznimno vještog kradljivca starina, u iznenađujućem obratu ispostavi se da planiraju riskantnu pljačku koja bi ih sve mogla strpati iza rešetaka.

Finch na tajnom zadatku u pozivnom centru za hitne slučajeve štiti operatera službe 911, ali uskoro se ispostavi da je prijetnja dalekosežnija nego što je tim mogao pretpostaviti.

Kako je Finch radio prije čovjeka u odijelu? Otkrivamo tajne njegovih operacija prije angažiranja Reesea te šokantne veze sa sadašnjim događajima.

Stroj pošalje Root u potragu za podvornikom s tajanstvenom prošlošću, ali kad sama njezina prisutnost ugrozi njegov život, i Finch dobiva njegov broj.

Finch i Reese moraju zaroniti u mutne vode međunarodne politike kad dobiju broj čovjeka koji je radio za vladu, a sada uhodi diplomata UN-a. Neprijatelj pokušava pridobiti Root.

Reese i Shaw infiltriraju se na najopasniju lokaciju dosad, godišnjicu mature. Glume bivše učenike kako bi pratili novog osumnjičenika, Matthewa Reeda. U međuvremenu Finch i Fusco odlaze u Washington istražiti motiv iza Vigilanceova posljednjeg napada.

Reese glumi agenta tajne službe kako bi motrio na najnovijem osumnjičenim, američkom kongresniku koji bi mogao ugroziti Decimin plan da drugi Stroj postavi na internet.

Dok Decima s pomoću Samaritana kreće u lov na Reesea i Shaw, Greer iskorištava Finchevu najveću slabost, prijeti njegovoj bivšoj zaručnici i ljubavi njegova života Grace Hendricks u pokušaju da ga istjera iz skrovišta.

Kad nepoznati entitet onemogući Stroju da vidi cjelokupnu sliku buduće katastrofe, tim dobiva pet brojeva s pomoću kojih će pokušati sastaviti širu sliku. U međuvremenu Root hakers tim stiže u New York.

U posljednjoj epizodi treće sezone tim poduzima očajničke mjere kako bi spriječio da se zloćudni umjetno inteligentni program Samaritan spoji na internet i pretvori ih u svoju prvu metu. U međuvremenu višemjesečna borba s terorističkom skupinom Vigilance ulazi u šokantnu završnicu.