Reese ve Finch, The Machine'i Root'tan kurtarmak için gizemli uluslararası organizasyon Decima ile iş birliği yapar.

Bir sistem virüsü nedeniyle yeni bir numara için on gün bekleyeceklerdir. Sorunun kök (Root) olabileceğinden şüphelenirler.

Saygın bir doktor Polonium ile zehirlenir ve Reese'in katilini bulmasına yardım etmek için sadece 24 saati vardır.

Finch, yükselen başkan yardımcısını izlemek için bir teknoloji şirketinde gizli göreve gider. Şirket, farklı bir şey için paravan olan ajanlarla dolu görünür.

Leon Tao'yu bir kez daha kurtardıktan sonra Reese, kumarhanede servetini kaybeden bir emekliye bakmak için Atlantic City'ye gider.

Makine aniden altı numara verir ve bunlardan birinin ücra Owen Adası'nda bir yeri vardır. Tropikal bir fırtına nedeniyle Finch ve Reese, sekiz kişiyle birlikte orada sıkışıp kalırlar.

Sam Shaw ve ortağı Michael Cole, makineden hedef numaraları alır, ancak Reese ve Finch çok geç olmadan onlara yardım etmelidir.

Finch ve Reese, Sırp katillerin görünen hedefi olan temizlikçi bir kadını korumak için bir otele gizlice girerler. Bu arada Carter, FBI'a katılma sürecine başlar.

Bir teknoloji milyarderinin dengesiz davranışları, iş hayatını yok olma tehlikesiyle karşı karşıya bırakır.

Reese, Stanton tarafından kurtarılır.

Finch ve Carter, Reese'i hâlâ Donnelly tarafından tutsak tutulduğu Riker'dan çıkarmaya çalışır. Bu arada, Fusco bir sonraki hedef üzerinde tek başına çalışır.

Özel Ajan Donnelly, Reese ve diğer üç adamı Rikers Adası'nda gözaltında tutmaktadır. Finch'in yardımıyla Carter, Reese'in gözaltından çıkmasına yardım eder.

FBI, Takım Elbiseli Adam'ı yakalama çabalarına yeniden odaklanır.

Finch ve Reese, Estonya mafyası tarafından kovalanan bir taksi şoförünü korumaya çalışır. HR, Elias ile bir anlaşma yapmaya çalışır.

Reese ve Bay Finch, zengin evli bir çiftin birbirlerini öldürmesini engellemeye çalışır.

Leon, kendi koruması için tuzağa düşmüştür. Bir tıp doktoru zor bir kararla karşı karşıyadır. Dedektif Carter, Ajan Snow ile karşılaşır.

John ve Zoe, son 15 yıldır ölü bir adamın kimliğini kullanan biriyle yakınlaşmak için karı koca kılığına girerler.

Reese, risk almaktan hoşlanan genç bir gazetecinin öldürülmesini engellemeye çalışır. Medyanın ilgisini çekmemek için Reese onunla çıkmaya başlar.

Reese ve Finch, üzerinde yakalanması karşılığı ödül olan organize suça karışmış bir adamı korumaya çalışır.

Reese, yanlış tip insanlarla parti yapan Brezilyalı bir diplomatın kızının yeni koruması olur. Finch, kaçırılmasının ardından topluma yeniden uyum sağlamakta zorluklar yaşar.

Dedektif Carter ve Bay Reese, Root'un geçmişini incelemek için Teksas'a gider. Root, Finch'e Makinesini satın alan insanların kötü olduğunu gösterir.

Reese, bazı haydutlarından para çalan Leon'u kurtarmak için Finch'in Makine ile olan iletişim kurallarını çiğner. Sonrasında ise Makine'yi Finch'i bulmak için kullanacaktır.