Reese e la Macchina uniscono le loro forze per rintracciare Finch che è stato rapito dal misterioso Root.

Finch è di nuovo nella Biblioteca mentre Reese ritorna sul campo per affrontare il suo caso più difficile, proteggere la figlia di un diplomatico brasiliano.

Reese e Finch sono presi in un conflitto morale quando la Macchina tira fuori il nome di un mafioso che necessita protezione. Cosa fare? Agire secondo i loro parametri come fatto fin'ora o lasciare che il karma segua il suo corso facendo giustizia?

Reese si sta occupando della protezione di una giornalista, ma gli riesce difficile farlo senza suscitare la sua curiosità e diventare anche lui uno dei suoi reportage.

Reese sta lavorando sotto copertura in un quartiere apparentemente idilliaco per occuparsi dell'ultima persona indicata dalla Macchina.

Reese e Finch si occupano della protezione di un dirigente, che deve sottoporsi a una procedura chirurgica segreta, e della moglie del chirurgo in questione, entrambi in pericolo per via di un ex agente dell'MI6 e di un gruppo di ex agenti dell'SAS.

Il team stavolta avrà molto da fare visto che la Macchina ha indicato non una ma ben due persone, un uomo e sua moglie.

Finche e Reese sono messi a dura prova nel caso riguardante un tassista di New York, il cui assassino potrebbe essere chiunque dei suoi clienti.

L'ultimo caso di Reese si trasforma in una faccenda personale quando scopre che la persona che deve proteggere è la sorella di un soldato caduto sul campo di battaglia.

Mentre sta lavorando sotto copertura nel ruolo di insegnante supplente, Finch protegge un giovane genio che gli ricorda sè stesso. Carter è alle prese con un pericoloso incarico per l'FBI.

Carter è impegnato in una guerra di astuzia con l'FBI per far sì che Reese riesca ad evitare l'agente Donnelly. Reese intanto è alle prese con nemici vecchi e nuovi, mentre il detective Fusco è costretto a lavorare da solo mentre cerca di proteggere la top model Karolina Kurkova.

Reese viene rapito da una persona del suo passato che sta organizzando un massiccio e letale attacco nel cyber-spazio.

Finche Reese sono alle prese con un miliardario esperto di tecnologia che minaccia di esporre la loro operazione.

Reese e Finch stanno cercando di salvare la vita di una cameriera d'albergo, ma il numero di sospettati è davvero elevato. Carter intanto riceve un'offerta interessante dall'FBI.

Un'agente governativa che si occupa di neutralizzare minacce terroristiche prima che abbiano luogo si trova in fuga da un pericolo imminente e Reese e Finch decidono di aiutarla. Tuttavia l'impresa è più facile a dirsi che a farsi.

Finch e Reese sono con l'acqua alla gola perché stanno cercando di proteggere sei persone contemporaneamente. Le indagini li portano in una città costiera e durante una tempesta i due sono costretti a rifugiarsi nella stazione di polizia locale con un gruppo di cittadini, con la consapevolezza che tra di loro si nasconde un assassino.

Finch e Reese si recano ad Atlantic City per indagare sulla vita dell'ultima Persona indicata dalla Macchina, un anziano scommettitore la cui vita però sembra assolutamente ordinaria. A New York Carter sta portando avanti una battaglia per smacchiare la reputazione di un collega, ma la sua ricerca la porta pericolosamente vicino al dipartimento delle Risorse Umane.

La Macchina indica una dei principali leader nel settore tecnologico e quando Finch s'infiltra nella sua compagnia per raccogliere informazioni non riesce a determinare se la donna sta lavorando per il successo della società o se intende distruggerla dall'interno. Carter continua a sospettare dell'integrità del Detective Beecher, specialmente dopo che quest'ultimo procura delle prove incriminanti su un collega.

Reese e Carter sono in lotta contro il tempo per salvare la vita di un luminare della medicina che è stato avvelenato con una sostanza che agisce lentamente ma porta a morte certa. Carter intanto decide di prendere in mano la situazione con l'IAB quando Fusco viene accusato dell'uccisione di Stills.

Reese e Finch scoprono che la Macchina è affetta da un virus che ha compromesso la sua capacità di individuare i prossimi obiettivi. Mentre cercano di trovare una soluzione, sono allo stesso tempo a lavoro per rintracciare un ricco genio della tecnologia che ha fama di essere un eremita. Carter è determinata a mettere le mani sull'assassino di Cal Beecher ma l'organizzazione criminale dell'HR sta seguendo ogni sua mossa.

La Macchina è offline e non può fornire informazioni di nessun genre, Finch e Reese devono chiedere aiuto ad alleati inaspettati per risolvere la situazione.