Reese wciąga do współpracy detektywów Cartera i Fusco, którzy mają mu pomóc w poszukiwaniu Fincha. Mężczyzna został uprowadzony przez swojego odwiecznego wroga, niejakiego Roota. Tymczasem okazuje się, że Maszyna nigdy nie śpi i generuje Reese'owi nowy numer.

Następny numer, który podaje maszyna należy do Theresy Whitaker (Valentina de Angelis). Problemem jest to, że przypuszczalnie Theresa została zabita dwa lata wcześniej. Zostało to uznane za morderstwo/samobójstwo, a jako zabójce wskazano ojca dziewczynki. Jakkolwiek ciało Theresy nigdy nie zostało odnalezione. Reese szybko odkrywa, że to nie było samobójstwo, lecz zlecenie zabójstwa. Muszą dowiedzieć się kto wynajął zabójce i dlaczego, tylko w ten sposób będą mogli pomóc Theresie.

System naprowadza Reese'a i Fincha na trop byłego żołnierza Joeya Durbana. Okazuje się, że weteran wojny na Bliskim Wschodzie ma tajemnicze powiązania w świecie przestępczym. Reese zmieni tożsamość, by zinfiltrować gang. Bierze udział w jednym z napadów grupy. Tymczasem detektyw Joss Carter jest coraz bliżej odkrycia prawdy o tożsamości Reese'a.

Finch pod pretekstem wypisania recepty udaje się do szpitala, gdzie zamierza sklonować telefon dr Megan Tillman (Linda Cardellini). Podczas obserwacji pani doktor Reese dowiaduje się, że Megan ma prześladowcę - Andrew Bentona (Adam Rothenberg).

Pod opiekę Fincha i Reese'a trafia człowiek, który był świadkiem mafijnej operacji. Nieco później John i Harold muszą zapobiec śmierci niewinnej osoby, która znalazła się w złym miejscu i w złym czasie.

Reese i Finch namierzają kolejną osobę, której życie może być w niebezpieczeństwie. Jest nią Zoe Morgan - atrakcyjna kobieta zamieszana w różne dwuznaczne interesy, co stawia ją w potencjalnym zagrożeniu. Śledztwo ujawnia, że Morgan jest celem dla Marka Lawsona, jej dawnego klienta, dla którego miała zdobyć pewne tajemnicze nagranie. Reese zyskuje zaufanie kobiety. Zaczyna ona z nim współpracować.

Finch (Michael Emerson) dostaje numer należący do Charlie Burton (Enrico Colantoni) nauczyciela historii w szkole Brighton Beach na Brooklynie. Charlie staje się świadkiem morderstwa szefa rosyjskiej mafii. Reese nie tracąc czasu udaje się do domu nauczyciela w celu zapewnienia mu ochrony.

Maszyna generuje dwa numery. W związku z tym agenci muszą się rozdzielić i działać w pojedynkę. Jeden numer należy do Daniela Drake'a, a drugi do jego żony - Sabriny.

Maszyna podaje następny numer, który należy do detektyw Carter (Taraji P. Henson). Finch i Reese dowiadują się, że jest samotną matką oraz weteranem wojennym. Jako policjantka jest sumienna i nie przekupna, przez co ma wielu wrogów wewnątrz policji jak i na ulicach Nowego Yorku. Dlatego Reese postanawia mieć ją na oku i dopilnować aby nic jej się nie stało.

System wskazuje nie na jeden, ale na cztery różne numery ubezpieczenia. Reese obawia się, że tym razem nie uda się mu rozwiązać tej zagadki. Wspólnie z Haroldem próbuje ustalić sieć powiązań między czterema pozornie obcymi sobie osobami i wskazać, kto im zagraża. Tymczasem detektyw Carter nie może pogodzić się z prawdą na temat działalności Reese'a i Fincha.

Prowadząc kolejną sprawę, Reese i Finch zamieniają się rolami. Miliarder próbuje rozwikłać zagadkę właściciela kamienicy, który zbyt dużo wie o swoich lokatorach, natomiast Reese zajmuje się pracami biurowymi. Były agent jeszcze raz usiłuje przekonać detektyw Carter, by dołączyła do ich zespołu.

Reese (Jim Caviezel) w końcu postanawia się spotkać z detektyw Carter (Taraji P. Henson), aby pomogła mu w następnym przypadku. Jednak nie zamierza jej mówić o detektywie Fusco (Kevin Chapman), który z nim współpracuje. Reese przedstawia Carter nowy numer, który należy do młodej prawniczki Andrei Gutierrez (April L. Hernandez). Andrea złożyła pozew przeciwko miastu, który dotyczy skazańca Terrenca Kinga (Curtiss Cook), niesłusznie aresztowanego.

System wskazuje na kolejną potencjalną ofiarę. Zagrożony jest Scott Powell, typowy przedstawiciel klasy średniej, oddany rodzinie i miastu konstruktor budowlany. Reese i Finch odkrywają, że został on zwolniony z pracy osiem miesięcy temu. Ukrywa to przed żoną, udając każdego ranka, że wychodzi do firmy. Do jego zwolnienia przyczyniły się decyzje kongresmena Michaela Delanceya. Okazuje się, że Powell wysyła politykowi listy z pogróżkami i planuje zemstę. Wkrótce sprawa się znacznie komplikuje i zostaje w nią zaangażowana Zoe Morgan.

Reese (Jim Caviezel) i Finch (Michael Emerson) muszą ponaprawiać szkody po ostatnim ataku. Tymczasem maszyna wskazuje numer należący do 14-letniego Darrena. Reese dowiaduje się, że niedawno nastolatkowi zamordowano brata, który był też jego prawnym opiekunem. Wszystko wskazuje na to, że chłopak ma zamiar pomścić zabitego brata.

Maszyna wskazała Michaela Cahilla (Michael Aronov), który na pozór wydaje się być przeciętnym obywatelem. Jednak dorabia na szmuglerstwie dla niejakiego Vargasa. Reese (Jim Caviezel) szybko dostrzega, że Cahill jest policjantem, który infiltruje grupę przestępczą. John postanawia chronić życie tajniaka.

Ojciec Eliasa zostaje wypuszczony z więzienia. Wszystko wskazuje na to, że syn chce go zabić. Carter oferuje mu pomoc i ochronę w zamian za doprowadzenie do Eliasa. Tymczasem John i Finch muszą chronić życie małego dziecka.

Detektyw Carter (Taraji P. Henson) po ostatniej nieudanej operacji przestała odbierać telefony od Reese'a (Jim Caviezel) i Fincha (Michael Emerson). Tymczasem kolejna osoba jest w niebezpieczeństwie. Tylko problem w tym, że nie wiadomo która dokładnie. Fakty wskazują, że ktoś ukradł niewinnej osobie tożsamość, dlatego śledzić trzeba dwójkę ludzi.

Maszyna tym razem wydaje Reesowi i Finchowi 5 numerów, które należą do pięciu największych włoskich bossów w Nowym Jorku. Elias chce wykończyć wszystkich aby przejąc pełną kontrolę nad przestępczością zorganizowaną w mieście. Natomiast Carter ma zapewnić im bezpieczeństwo w ramach ochrony przydzielonej przez policję.

Maszyna podaje następny numer należący do Tommy Clay (Pablo Schreiber), który pracuje jako ochroniarz samochodu pancernego. Reese zaczyna pracę pod przykrywką razem z Tommy aby móc w stanie uchronić go od niebezpieczeństwa. Tymczasem widzimy retrospekcje Reesa z czasów pracy dla CIA.

Kiedy Finch dowiaduje się, że następny numer należy do Sarah Jennings (Dagmara Dominczyk). Byłej żony agenta federalnego Brada Jenningsa (Jeremy Davidson) daje Reesowi dzień wolnego, aby nie przypominać mu o bolesnych sprawach z przeszłości.

Kolejna osoba, którą chcą chronić Reese i Finch, okazuje się zamieszana w rządowy spisek. Schemat działania skorumpowanych urzędników jest znajomy Haroldowi. Nowe zadanie pozwala Reese'owi odkryć sekret z przeszłości partnera.

Reese (Jim Caviezel) i Finch (Michael Emerson) biorą pod obserwację młodą psychoterapeutkę Caroline Turing (Amy Acker), do której na sesję przychodzą bogaci ludzie mający wiele, mrocznych tajemnic. Stąd pada podejrzenie, że mogła się ona stać czyimś celem. Sprawy się komplikują, gdy Johna zaczyna ścigać FBI oraz HR.