Un médico veterano es víctima de una mortal trampa biológica, a la vez Fusco es investigado por la muerte del detective Stills(quien fue asesinado por Reese en el episodio piloto).

El equipo recibe el número de Maria Martinez (Nazneen Contractor), una ingeniera que trabaja para la compañía internacional de energía HydralCorp. La siguen y se enteran de que ella está trabajando para limpiar el nombre de Omar Risha (Haaz Sleiman), un hombre de Irak sospechoso de ser un terrorista.

Reese se presenta voluntario como instructor en la policía para vigilar a un brillante joven oficial cuya actitud ha despertado sus sospechas. Mientras tanto, Martine, con información de Samaritano, trata de dar caza a un miembro del equipo.

Reese y Finch intentan rescatar el código fuente de la máquina antes de que se deteriore irreparablemente. Además, Root lucha por su vida ante la arremetida de agentes de Samaritan y Fusco se enfrenta a preguntas difíciles tras la muerte de Dominic y Elias.

Reese y Finch quedan atrapados en un hospital que se convierte en el epicentro de un brote viral mortal. También, el nuevo recluta de Samaritan tiene dudas y Shaw continúa luchando con la realidad.