Dok Reese i Finch pokušavaju pronaći i spasiti novu metu, Finchu se javlja sin njegovog partnera. Dečko pokušava otkriti pravu istinu o stroju zbog kojeg je njegov otac izgubio život.

Dok je Reese u zatvoru, detektiv Fusco sam istražuje slučaj novog broja.

Stroj je izbacio broj Logana Pierca, vlasnika webstranice za socijalno umrežavanje i samoproglašenog milionera. Kako je Pierce čovjek koji želi pobjeđivati po svaku cijenu, Finch i Reese smatraju da bi mogao biti meta mnogih.

Reese se sreće sa priznatim kardiologom dr. Richard Nelson, potencijalonom metom. Dok pokušava saznati ko predstavlja prijetnju za doktora, otkriva da je on već otrovan i da su on i Finch ovoga puta zakasnili.

U New Yorku su dani mornarice zbog čega Reese, Finch i Shaw u prvoj epizodi treće sezone ne mogu s lakoćom pronaći jednog pripadnika mornarice.

Dok tim traži pravdu za jednog od svojih, Finch uviđa da je jedan član tima možda otišao predaleko u pokušaju okončanja rata s HR-om. Kad Stroj izdvoji jednog od ključnih igrača zločinačke organizacije HR, možda je riječ o korumpiranom njujorškom policajcu Patricku Simmonsu. Slijedi okončanje događaja koji se proteže kroz tri epizode.

Kad nepoznati entitet onemogući Stroju da vidi cjelokupnu sliku buduće katastrofe, tim dobiva pet brojeva s pomoću kojih će pokušati sastaviti širu sliku. U međuvremenu Root hakers tim stiže u New York.

U posljednjoj epizodi treće sezone tim poduzima očajničke mjere kako bi spriječio da se zloćudni umjetno inteligentni program Samaritan spoji na internet i pretvori ih u svoju prvu metu. U međuvremenu višemjesečna borba s terorističkom skupinom Vigilance ulazi u šokantnu završnicu.

Harold nerado pristane pomoći Johnu zaštititi mladu ženu koja sudjeluje u opasnoj i smrtonosnoj igri. U međuvremenu, Shaw radi sa skupinom kriminalaca.

Reese kao detektiv NYPD-a nailazi na komplikacije kad mladi brat i sestra koje štiti postanu mete istrage jedne bande.

Samaritanac napada burzu te prisiljava članove tima da riskiraju život u očajničkom pokušaju da zaustave globalnu katastrofu.

Reese i Finch pokušavaju zaštititi psihologa kojeg bi njegove neobične metode pomaganja pacijentima mogle stajati glave. U međuvremenu flashbackovi otkrivaju Finchevo krhko stanje nakon bombardiranja u kojem je ubijen njegov najbolji prijatelj Nathan Ingram.

U posljednjoj epizodi četvrte sezone Finch i Root hitaju spasiti Stroj koji je locirao njegov umjetno inteligentni protivnik Samaritanac. Reese se zatekne usred finalnog obračuna vođa kriminalnih organizacija.

Reese and Finch attempt to rescue the Machine’s source code before it deteriorates beyond repair. Also, Root fights for her life against an onslaught of Samaritan’s agents and Fusco is faced with hard questions following the deaths of Dominic and Elias.

The Machine experiences a glitch during rebooting, supplying Reese and Fusco with the numbers of dozens of people not actually involved in crimes, while also locking Finch and Root out after identifying them as threats based on past violent behavior.

Shaw escapes her captors, but the team is unsure of her mental state when she begins to act paranoid and reckless.

Finch, Reese, Fusco and Shaw embark on one last mission to prevent Samaritan from destroying The Machine and cementing its hold over mankind.