Os efeitos das ações do final da temporada passada se mostram catastróficos para todos. Agora, Miles, Aaron e Rachel estão em uma pequena e misteriosa cidadezinha no Texas, onde Rachel inesperadamente encontra uma figura importante de seu passado. Charlie está em uma missão, enquanto Neville e Jason procuram um ente querido no campo de refugiados. Para completar, Monroe descobre algo em seu novo ambiente.

Miles fica em perigo ao cair nas garras de Titus Andover. Enquanto isso, Charlie procura Monroe, ao mesmo tempo em que Rachel e o Dr, Porter tentam, desesperadamente, reviver Aaron. Para completar, Neville arquiteta um plano.

Rachel tenta corajosamente resgatar Miles e escapar com a doente esposa de um homem da tribo, enquanto Neville e Jason são surpreendidos quando menos esperavam, e agredidos por refugiados violentos. Charlie e Adam discordam sobre o que fazer com Monroe. Legiões de homens da tribo ameaçam toda a Willoughby, mas com uma liderança questionável, e Aaron encara a morte mais uma vez.

A dinâmica entre Monroe e Charlie começa a evoluir. Enquanto isso, Miles e Rachel começam a se curar, porém a curiosidade e o entendimento maior dela podem ser sua ruína. Já a manipulação de Neville faz com que Machiavelli pareça um anjo, ao mesmo tempo em que Aaron trabalha sem parar. Para completar, Rachel e Miles começam a planejar a resistência do que eles acreditam ser uma ocupação Patriota.

Aaron e Rachel especulam sobre os efeitos extremos da tecnologia nano, enquanto ele também conta algumas confidências para Cynthia. Uma pessoa que conhece Miles, da época que ele era mais severo, o Texas Ranger John Fry (interpretado por Jim Beaver, de Supernatural), aparece. Fry pode ser a chance de Miles de acabar de vez com os Patriots, mas Fry vai precisar ser convencido. Charlie tem uma surpresa para Miles e sua mãe, enquanto a secretária Allenford esconde um segredo importante para Neville.

Enquanto Charlie, Rachel e Gene questionam as verdadeiras alianças de Monroe, o próprio Miles questiona as intenções de seu antigo amigo. Para completar, Aaron continua a ter visões que levam a questões intermináveis.

Enquanto Miles e o grupo tentam escapar dos perigos da situação atual, Rachel e Gene continuam a bater de frente em seu relacionamento de pai e filha, o que afeta Charlie. Enquanto isso, Neville faz uma aposta relacionada aos Patriots.

Charlie demonstra a Rachel o quanto ela está mais madura. Enquanto isso, Neville faz uma proclamação.

Quando Miles leva Monroe e Rachel para o sul da fronteira, eles se deparam com mais do que esperavam, já que Neville e Julia estão se estranhando. Enquanto isso, Charlie e Gene continuam a procurar Aaron.

Monroe se encontra em território desconhecido quando precisa fazer uma escolha a respeito de seu filho, Conner, enquanto Neville e Julia continuam brigando para a tristeza de Jason. Gene leva Charlie a uma descoberta inquietante.

Quando Gene decide ajudar a cidade de Willoughby, Rachel e Charlie se sentem compelidas a ajudar também. Miles e Monroe continuam se unindo para sobreviver.

Monroe leva Connor e Charlie a uma arriscada missão, enquanto Miles e Rachel ficam de olho nas coisas em Willoughby. Neville tem uma nova missão, e Aaron se reúne com uma antiga amizade.

Monroe e Connor encaram uma decisão difícil de sobrevivência. Miles se pergunta se pode confiar em Neville e Jackson. Aaron e Priscilla batem de frente por causa do código nano.

Aaron acorda e se vê em um mundo com energia, casado com Priscilla e gerenciando sua empresa. Ao perceber que algo está errado, ele começa a se deparar com rostos familiares.

Monroe, Charlie e Connor retornam a Willoughby, onde eles descobrem que o centro de reeducação dos Patriots está funcionando. Uma interação com dois jovens cadetes do centro deixa Rachel e Miles questionando até onde querem ir para destruir os Patriots. Enquanto Jason e Neville encontram um novo aliado para a missão, mais é revelado sobre a história dos Patriots.

Enquanto Miles e Dr. Porter procuram por aliados, Monroe tenta surpreender os patriotas; manobras políticas colocam Neville e Jason em perigo; Aaron e Priscilla seguem em frente.

Frustrado com Neville, Jason dá a Miles informações cruciais sobre os próximos passos dos Patriots no Texas. Com isso, Miles e Monroe seguem para Austin ao lado de Jason, Charlie e Connor. Para completar, as suspeitas de Aaron aumentam com o comportamento pouco usual de Priscilla.

Miles, Monroe, Charlie e Connor tentam escapar de Austin e um confronto com os policiais do Texas faz com que Miles se separe do grupo. Durante a busca por Miles, Charlie se depara com Neville, que exige informações sobre o paradeiro de Jason. Para completar, Aaron descobre que a nanotech esteve ocupada.

Miles e Monroe são atacados com gás mostarda e se preparam para retaliar Truman com a mesma brutalidade, o que não agrada a Rachel. Enquanto isso, Aaron teme a força da nanotecnologia, ao mesmo tempo em que Neville lida com seus próprios obstáculos com os Patriots.

Neville e Monroe se juntam para acabar com os Patriots. Enquanto isso, Rachel bate de frente com a nanotech em sua busca por Aaron. Para completar, Charlie, Miles e Gene tentam roubar o suprimento de gás mostarda dos Patriots.

Miles, Charlie e Monroe lançam um ataque aos Patriots, mas devem improvisar num arriscado novo plano para impedir a continuação da guerra entre a Califórnia e o Texas. Procurando vingança, Neville tem como alvo o presidente Davis. Enquanto isso, os esforços de Aaron e Rachel para salvar Priscilla da nanotech têm consequências inesperadas.